La lecture csv table dans la R

J'ai un fichier csv que je suis en train de lire dans R, pour une raison quelconque R pense que la première ligne de l'en-tête de chaque colonne qui n'est pas vrai. Est-il un moyen de contourner ce problème.
Ceci est mon commandement:

test <- as.matrix(read.csv(file="filetable.csv", sep=",", header=FALSE))

- Je obtenir quelque chose comme ceci

      AATCAGGC   X25070  
 [1,] "ACAAGGCT" " 50687"
 [2,] "ACACGATC" " 47483"
 [3,] "ACACTGAC" " 18339"
 [4,] "ACAGGAGT" " 48550"

la première ligne devrait être une partie des données

Ouverture filetable.csv dans le bloc-notes-je obtenir ce

AATCAGGC,25070
ACAAGGCT,50687
ACACGATC,47483
ACACTGAC,18339
ACAGGAGT,48550

Grâce

  • Je soupçonne il y a quelque chose de mal avec votre fichier ou vous n'êtes pas à la recherche à l'objet de votre read.csv appel.
  • je viens donc de lancer "test <- que.matrice(lire.csv(fichier="filetable.csv", sep=",", header=FALSE))", suivi par "test" et je suis ce qui est indiqué ci-dessus
  • Ouvrir filetable.csv dans le bloc-notes et poster le contenu de votre question.
InformationsquelleAutor Julio Diaz | 2012-01-18
  1. 4

    Il header=FALSE pas la tête: http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/read.table.html

    > tempFile <- tempfile()
> writeLines(c("AATCAGGC,25070",
 "ACAAGGCT,50687",
 "ACACGATC,47483",
 "ACACTGAC,18339",
 "ACAGGAGT,48550"),tempFile,sep="\n")
> readLines(tempFile)
[1] "AATCAGGC,25070" "ACAAGGCT,50687" "ACACGATC,47483" "ACACTGAC,18339" "ACAGGAGT,48550"
> as.matrix(read.csv(tempFile,sep=",",header=FALSE))
     V1         V2     
[1,] "AATCAGGC" "25070"
[2,] "ACAAGGCT" "50687"
[3,] "ACACGATC" "47483"
[4,] "ACACTGAC" "18339"
[5,] "ACAGGAGT" "48550"
    • merci, mais ce n'est pas résoudre le problème depuis header=FALSE est la valeur par défaut de toute façon. J'ai juste édité dans la question.
    • En lire.table oui, pas dans la lecture.csv > read.csv function (file, header = TRUE, sep = ",", quote = "\"", dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "", ...) read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, dec = dec, fill = fill, comment.char = comment.char, ...) <bytecode: 0x101b1be08> <environment: namespace:utils>
    • Je viens de tester le changement, et le résultat n'a pas changé
    • header=TRUE est la valeur par défaut pour read.csv. head=FALSE marchera car les arguments peuvent être des correspondances partielles.
    • Mise à jour de ma réponse, pour montrer qu'il travaille sur 2.14.1 pour moi.
    • Ouais 2.14.1 est ce que j'ai aussi, mais je n'obtiens pas le même résultat
    • Même si vous il suffit de copier coller mon exemple? Peut-être il ya quelque chose de funky avec les retours à la ligne (dans votre fichier. Mais je ne peux pas penser à quelque chose qui serait l'origine de ce genre de sortie que.
    • êtes-vous de tester ce dans un endroit propre / nouvelle session? Êtes-vous l'aide de quelqu'un .Rprofile et/ou est-il un .Rprofile.site?
    • J'ai donc été la création de filetable.csv à l'aide de java et j'ai été en utilisant un println() déclaration j'ai changé d'impression(value+"\n") et cela fonctionne mieux, mais maintenant, je reçois une erreur "argument non-numérique à l'opérateur binaire".
    • vous avez probablement pour convertir la valeur d'un chiffre/nombre entier en une chaîne de caractères. Vous devrez également être prudent sur la fin de vie des différences entre Windows/*nix, mais Java peut prendre soin de cela pour vous.

    InformationsquelleAutor Hansi