La lecture DICOM-RT créer des fichiers 3D matrice binaire?

Je suis actuellement en train de travailler avec DICOM-RT fichiers (qui contiennent DICOM avec la dose de livraison des données et de la structure de fichiers). Je m'intéresse principalement à la "structure" du fichier (c'est à dire RTSS.dcm), qui contient l'ensemble des points des contours pour un ROI d'intérêt. En particulier, les points des contours autour d'un volume de la tumeur. Par exemple, une tumeur aurait un ensemble de 5 contours, chaque profil étant un ensemble de points qui entourent cette tranche de la tumeur.

Je suis en train d'utiliser MatLab pour utiliser ces points de découpe pour la construction d'un volume de la tumeur dans un système binaire d'une matrice 3D (0 = non tumorales, 1=tumeur), et ont besoin d'aide.

Une approche possible est de remplir chaque contour défini comme un binaire tranche, puis d'interpoler le volume entre les tranches. Jusqu'à présent, j'ai utilisé le remplir ou patch fonction pour créer des binaires sur des sections de chaque contour de la tranche, mais je vais avoir de la difficulté à trouver comment interpoler ces binaire tranches dans un volume 3D. Aucun des fonctions intégrées semblent s'appliquer à ce problème particulier (bien que peut-être que je suis juste à l'aide de leur trompe?). Une simple interpolation linéaire ne semble pas appropriée, car les bords de l'un contour doit se fondre dans le adjacente contour dans toutes les directions.

Une autre option serait de prendre les points et tesselate (sans en faire des tranches d'abord). Cependant, je ne sais pas comment faire MatLab seulement tesselate la surface de la tumeur et ne se coupant pas le volume de la tumeur. Actuellement, il semble de trouver des triangles à l'intérieur de la tumeur. Si je pouvais le faire en surface, je ne suis pas sûr de la façon de prendre et de le convertir en un fichier binaire matrice 3D de volume.

Quelqu'un a une expérience avec 3D tranche d'interpolation OU de tesselation techniques qui pourraient s'appliquer ici? Ou peut-être tout à outils qui existent? Je suis coincé... 🙁

Je suis ouvert à des approches dans d'autres langues que: je suis un peu familier avec le C# et Python, bien que je suppose MatLab serait en mesure de gérer les opérations matricielles un peu plus facile.

Merci d'avance!

Je suis un peu confus. Le problème est que les contours entourent la tumeur dans quelques tranches? Si vous avez besoin d'interpoler les contours des tranches en 3d pour couvrir l'ensemble du volume de la tumeur?
Oui. Les contours sont juste un ensemble de points (pas de lignes de contour), mais ils ne sont définies que tous les 2mm (dans la tranche de direction). Afin d'assembler une isotrope 3D matrice binaire, j'ai besoin d'interpoler les tranches entre chaque définis ensemble des contours.
Une autre façon de la formulation de la question: étant Donné un ensemble de parcimonieusement distribué les points qui se trouvent sur la surface de la tumeur, comment dois-je aller sur la création d'une surface à partir d'eux et de le remplir pour faire une 3D matrice binaire de volume?
Cela pourrait aider: mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/...
Merci, même si, ce que je suis actuellement à la recherche est donc quelque chose à traiter avec DICOM-RT fichiers. Matlab peut lire dicoms seulement beaux, mais le DICOM-RT fichiers contiennent également de la "structure" des fichiers qui contiennent sectorielle de la tumeur contour des points qui se superposent sur le dessus de la normale des images DICOM. Je suis à la recherche d'un moyen de modéliser ces points de découpe, pas les images dicom eux-mêmes.

OriginalL'auteur superwillis | 2011-03-14