La lecture DICOM-RT créer des fichiers 3D matrice binaire?
Je suis actuellement en train de travailler avec DICOM-RT fichiers (qui contiennent DICOM avec la dose de livraison des données et de la structure de fichiers). Je m'intéresse principalement à la "structure" du fichier (c'est à dire RTSS.dcm), qui contient l'ensemble des points des contours pour un ROI d'intérêt. En particulier, les points des contours autour d'un volume de la tumeur. Par exemple, une tumeur aurait un ensemble de 5 contours, chaque profil étant un ensemble de points qui entourent cette tranche de la tumeur.
Je suis en train d'utiliser MatLab pour utiliser ces points de découpe pour la construction d'un volume de la tumeur dans un système binaire d'une matrice 3D (0 = non tumorales, 1=tumeur), et ont besoin d'aide.
Une approche possible est de remplir chaque contour défini comme un binaire tranche, puis d'interpoler le volume entre les tranches. Jusqu'à présent, j'ai utilisé le remplir ou patch fonction pour créer des binaires sur des sections de chaque contour de la tranche, mais je vais avoir de la difficulté à trouver comment interpoler ces binaire tranches dans un volume 3D. Aucun des fonctions intégrées semblent s'appliquer à ce problème particulier (bien que peut-être que je suis juste à l'aide de leur trompe?). Une simple interpolation linéaire ne semble pas appropriée, car les bords de l'un contour doit se fondre dans le adjacente contour dans toutes les directions.
Une autre option serait de prendre les points et tesselate (sans en faire des tranches d'abord). Cependant, je ne sais pas comment faire MatLab seulement tesselate la surface de la tumeur et ne se coupant pas le volume de la tumeur. Actuellement, il semble de trouver des triangles à l'intérieur de la tumeur. Si je pouvais le faire en surface, je ne suis pas sûr de la façon de prendre et de le convertir en un fichier binaire matrice 3D de volume.
Quelqu'un a une expérience avec 3D tranche d'interpolation OU de tesselation techniques qui pourraient s'appliquer ici? Ou peut-être tout à outils qui existent? Je suis coincé... 🙁
Je suis ouvert à des approches dans d'autres langues que: je suis un peu familier avec le C# et Python, bien que je suppose MatLab serait en mesure de gérer les opérations matricielles un peu plus facile.
Merci d'avance!
Oui. Les contours sont juste un ensemble de points (pas de lignes de contour), mais ils ne sont définies que tous les 2mm (dans la tranche de direction). Afin d'assembler une isotrope 3D matrice binaire, j'ai besoin d'interpoler les tranches entre chaque définis ensemble des contours.
Une autre façon de la formulation de la question: étant Donné un ensemble de parcimonieusement distribué les points qui se trouvent sur la surface de la tumeur, comment dois-je aller sur la création d'une surface à partir d'eux et de le remplir pour faire une 3D matrice binaire de volume?
Cela pourrait aider: mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/...
Merci, même si, ce que je suis actuellement à la recherche est donc quelque chose à traiter avec DICOM-RT fichiers. Matlab peut lire dicoms seulement beaux, mais le DICOM-RT fichiers contiennent également de la "structure" des fichiers qui contiennent sectorielle de la tumeur contour des points qui se superposent sur le dessus de la normale des images DICOM. Je suis à la recherche d'un moyen de modéliser ces points de découpe, pas les images dicom eux-mêmes.
OriginalL'auteur superwillis | 2011-03-14
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Je ne suis pas sûr de ce que le programme que vous souhaitez exporter votre dicom-rt structure des fichiers, mais je crois que j'ai trouvé une solution plus élégante pour vous, a déjà décrit dans un logiciel open-source (GDCM, CMake, ITK) dans un Aperçu d'un article de journal.
J'était en train de discuter d'un problème similaire avec l'un de nos physiciens, et nous avons vu votre solution. C'est bien si quelle que soit la structure, vous êtes en tentant de binariser n'a pas de concavities, mais si oui, ils vont être rendus à tort.
Cette méthode est vérifiée pour dicom-rt structure se définit à partir de l'Éclipse et le Masterplan. Espérons que cela aide.
http://www.midasjournal.org/download/viewpdf/701/4
OriginalL'auteur emt409
Je pense que j'ai trouvé la réponse dans un autre post (ici). Plutôt que d'essayer de les interpoler les "disparus tranches" entre le défini les contours, en traitant les points des contours comme un nuage de points et de trouver l'enveloppe convexe peut être un moyen plus efficace de le faire. Cette méthode créée le binaire volume 3D que j'étais après.
Voici le code que j'ai utilisé, l'espoir qu'il pourrait être utile à ceux qui ont besoin de travailler avec DICOM-RT fichiers:
Cette méthode est une version légèrement modifiée de la méthode posté par @gnovice dans le lien ci-dessus.
OriginalL'auteur superwillis
iTk est une excellente bibliothèque pour ce genre de chose: http://www.itk.org/
HTH
Ouch sur le bas de vote. L'OP n'demander, "est-ce que quelqu'un a de l'expérience avec 3D tranche d'interpolation OU de tesselation techniques ... je suis ouvert à des approches dans d'autres langues que: je suis un peu familier avec le C# et Python, bien que je suppose MatLab serait en mesure de gérer les opérations matricielles un peu plus facile." J'ai de l'expérience avec ITK et de la tranche d'interpolation et de l'ITK les bibliothèques sont bien adaptés pour faire face à ce problème, à mon humble avis. Je pensais que le contexte et le lien vers le très polyvalent et stable ITK projet avait au moins une certaine valeur. Où est l'amour?
OriginalL'auteur Perry Horwich