La lecture d'un fichier binaire avec python

Je trouve particulièrement difficile la lecture de fichier binaire avec Python. Pouvez-vous me donner un coup de main?
J'ai besoin de lire ce fichier, ce qui en Fortran 90 est facilement lu par

int*4 n_particles, n_groups
real*4 group_id(n_particles)
read (*) n_particles, n_groups
read (*) (group_id(j),j=1,n_particles)

Dans le détail, le format de fichier est:

Bytes 1-4 -- The integer 8.
Bytes 5-8 -- The number of particles, N.
Bytes 9-12 -- The number of groups.
Bytes 13-16 -- The integer 8.
Bytes 17-20 -- The integer 4*N.
Next many bytes -- The group ID numbers for all the particles.
Last 4 bytes -- The integer 4*N.

Comment puis-je lu avec Python? J'ai tout essayé mais il n'a jamais travaillé. Est-il une chance que je pourrais utiliser un f90 programme en python, la lecture de ce fichier binaire, puis enregistrer les données que je dois utiliser?

  • A ce fichier écrit par un programme Fortran? Si oui, comment était-il écrit, depuis le Fortran, par défaut, ajoute des données avant de les écrire dans un fichier. Vous pouvez avoir besoin de prendre soin lors de la lecture des données.
  • S'il vous plaît ignorer mon commentaire précédent, les entiers 8 et 4*N sont clairement des données complémentaires.
  • Aussi, voir les réponses à la question lire un fichier binaire en python.
InformationsquelleAutor Brian | 2012-01-03
  1. 108

    Lire le fichier binaire contenu comme ceci:

    with open(fileName, mode='rb') as file: # b is important -> binary
    fileContent = file.read()

    puis "décompresser" données binaires à l'aide struct.décompresser:

    Le début octets: struct.unpack("iiiii", fileContent[:20])

    Le corps: ignorer l'en-tête d'octets et de l'octet de fin (= 24); La partie restante des formes du corps, à savoir le nombre d'octets dans le corps entier de la division par 4; Le quotient obtenu est multiplié par la chaîne 'i' pour créer le format correct pour la méthode de décompression:

    struct.unpack("i" * ((len(fileContent) -24) // 4), fileContent[20:-4])

    La fin de l'octet: struct.unpack("i", fileContent[-4:])

    • Pouvez-vous svp un coup d'oeil à cet autre post? stackoverflow.com/questions/8092469/... ... je suis de nouveau à lire un autre fichier binaire, mais dans ce cas je ne sais pas l'octet de structure dans les détails. Par exemple, j'ai compris que parfois il est l'entier 8. Cependant, avec IDL c'est vraiment simple pour lire ces données. Je peux faire la même chose avec python?
    • Veuillez indiquer (à l'intérieur de l'autre post, pas ici) pourquoi vous n'êtes pas heureux avec les réponses et les commentaires. Peut-être vous devriez également mettre à jour la question de donner plus de détails... je vais jeter un oeil à quand il est mis à jour.
    • Voir ceci réponse si vous avez besoin de convertir un déballé char[] pour une chaîne de caractères.
    • import struct
    InformationsquelleAutor gecco
  2. 22

    En général, je recommande que vous regardez dans l'aide de Python struct module pour cela. C'est la norme avec Python, et il devrait être facile à traduire votre question de la spécification en une chaîne de mise en forme adaptée pour struct.unpack().

    Ne remarque que si il est "invisible" padding entre/dans les champs, vous aurez besoin de comprendre cela et de l'inclure dans le unpack() appel, ou vous permettra de lire le mauvais bits.

    Lire le contenu du fichier afin d'avoir quelque chose pour décompresser est assez trivial:

    import struct

data = open("from_fortran.bin", "rb").read()

(eight, N) = struct.unpack("@II", data)

    Ce déballe les deux premiers champs, en supposant qu'ils commencent au début du fichier (pas de rembourrage ou des données superflues), et aussi en supposant natif d'ordre d'octet (le @ symbole). Le Is dans la chaîne de mise en forme signifie "entier non signé de 32 bits".

    • ok, mais je ne sais même pas comment lire les octets du fichier. À partir de ma question comment puis-je lire le fichier à partir d'octets 5 à 8, puis convertir le résultat d'un entier? Désolé, mais je suis de nouveau avec Python.
    InformationsquelleAutor unwind
  3. 11

    Vous pouvez utiliser numpy.fromfile, qui peut lire les données provenant à la fois du texte et les fichiers binaires. Vous avez d'abord la construction d'un type de données, qui représente votre format de fichier, à l'aide de numpy.dtype, puis lire ce type de fichier à l'aide de numpy.fromfile.

    InformationsquelleAutor Chris
  4. 1

    Pour lire un fichier binaire à un bytes objet:

    from pathlib import Path
data = Path('/path/to/file').read_bytes()  # Python 3.5+

    Pour créer un int d'octets 0-3 des données:

    i = int.from_bytes(data[:4], byteorder='little', signed=False)

    Pour décompresser plusieurs ints à partir des données:

    import struct
ints = struct.unpack('iiii', data[:16])
    InformationsquelleAutor Eugene Yarmash
  5. -1
    import pickle
f=open("filename.dat","rb")
try:
    while True:
        x=pickle.load(f)
        print x
except EOFError:
    pass
f.close()
    • Probablement la peine juste une petite explication de pourquoi c'est mieux qu'une (ou au moins aussi bon que) d'autres réponses.
    • avez-vous testé un vérifiée cela fonctionne avec le fortran généré binaire?
    • Et aussi d'expliquer quoi faire... qu'est-Ce que pickle? Ce n' pickle.load charge? Prend-il en charge une Fortran stream, direct ou fichiers séquentiels? Ils sont différents et ne sont pas compatibles.
    InformationsquelleAutor Eeshitri