La migration des R bibliothèques

J'aimerais déplacer plusieurs R bibliothèques (*) à partir d'un disque à l'autre, sur Linux, et je voudrais savoir si un mouvement simple est faisable et sans danger, ou si je dois désinstaller et réinstaller les paquets. Je me rends compte que les emplacements des bibliothèques sont identifiés au moyen d' .libPaths() et ont regardé à travers les "R d'Installation et d'Administration" manuel pour en savoir plus sur la migration des bibliothèques, mais de ne pas voir un processus recommandé.

Je perçois trois options:

Exécuter remove.packages() pour tous les non-paquets de base, et de l'installer à nouveau via install.packages(lib = "/path/to/new/location").
Déplacer les bibliothèques (répertoires) à l'aide de mv et utiliser des liens symboliques pour pointer vers le nouvel emplacement (et éventuellement supprimer le lien symbolique)
Utiliser le mv de commande sous Linux pour déplacer les répertoires de gros et de mise à jour .Library.site dans R_HOME/etc/Rprofile.site, comme le suggère le R d'Installation et manuel d'Administration

Option #1 est émoussé. Option #2 devrait fonctionner, mais semble un peu malsain.

#3-fort ou il y a de sérieux problèmes avec elle? Les problèmes que j'ai identifiés sont les suivants: autorisations de répertoire et de la possibilité que n'importe quel package du programme d'installation de magasins de chemins absolus plutôt que des chemins relatifs (ce qui semble malsain et inutile).

Ce qui concerne le stockage des chemins absolus, j'ai trouvé que rJava l'emplacement des magasins de R_HOME dans un fichier appelé run. Ce n'est pas une bibliothèque problème soi, mais c'est une indication d'un paquet (et un bon paquet à l') garder une copie privée d'un chemin d'accès absolu.

(*) Il y a plusieurs bibliothèques et de nombreux paquets. Naturellement, juste les bibliothèques (répertoires) sont déplacés, mais les paquets pourraient être touchés.

Mise à JOUR de 1 /Précisions: Juste pour clarifier: je suis seulement la migration des bibliothèques, de ne pas changer la version de R ou les versions des paquets. La mise à jour de R ou les paquets peuvent être prises séparément, mais la question est simplement de savoir si ou de ne pas déménager les bibliothèques est faisable. Il semble que, s'il est nécessaire de mettre à jour ou réinstaller tous les paquets afin d'être sûr que les choses sont installés correctement, alors que c'est un chemin plus proche de l'option n ° 1 que l'option #3.

Mise à JOUR 2: Réponses à une autre SORTE de post avez quelques bonnes idées sur la façon d'éviter ce problème lors de la mise à niveau. Je ne suis pas la mise à niveau de R, mais Dirk Eddelbuettel la suggestion de ne pas installer les paquets dans le filetree de R est sage.

Vous ne savez pas exactement ce que vous essayez de faire, mais vous voudrez peut-être regarder dans le this question et qui y sont liées.
+1 pour connaître la différence entre une bibliothèque et un paquet 🙂
J'espère que j'ai corrigé toutes les erreurs de ce type. Je ne veux pas me brutalisés pour un problème terminologique. 🙂
la portabilité est une autre question, mais, si rien d'autre, la discussion de la portabilité & un complètement autonome de l'installation m'a fait réaliser que je dois conserver toutes les sources de paquets. Que serait la rendre insignifiante pour être sûr que les versions sont les mêmes si j'ai désinstaller et réinstaller.

InformationsquelleAutor Iterator | 2011-08-20

administration installation r r-faq

28

Option #3 (copie d'une ancienne bibliothèque, à la nouvelle bibliothèque) devrait fonctionner ... mais si et seulement si vous exécutez ensuite:
```
update.packages(checkBuilt=TRUE)
```
De cette manière les paquets qui ont besoin d'être reconstruit pour les nouvelles versions seront mis à jour. C'est souvent le cas que les nouvelles versions ajouter des obligations (telles que la nécessité imminente dans 2.14.x pour les espaces de noms).

Edit: à Voir c'est juste déplacer autour de l'utilisation des chaises longues .... Je vais revenir d'endosser #3 si vous déplacez l'un de la base de R installation. Il a travaillé pour moi dans un Mac, mais je n'ai pas vu une promesse dans la R d'Installation et Guide d'Administration ou la R de la FAQ qu'il devrait travail. Vous pouvez accomplir #1 (qui est probablement la plus sûre dans des conditions différentes) par cette séquence:
```
# In original installation, get the non-default package list:
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine. 
# Or just delete their directories.
```
Avec un fraîchement installé la version de R avec le .Libpaths définir vos préférences (ou même l'ancienne installation):
```
load("pkglist.Rdata")
install.packages(save.pkg.list)
```
Simplement déplacer les paquets d'une nouvelle bibliothèque si la R exécutables n'a pas été modifié pourrait réussir (en supposant que vous modifiez également l' .Libpaths) mais je n'ai pas d'installation de Linux pour tester ou de savoir comment les pointeurs définis par configurer les opérations seraient touchés.
- Merci, c'est intéressant. Pouvez-vous préciser de 3 choses: (1) La mention de versions "besoin d'être reconstruit pour les nouvelles versions", cela fait référence à R, correct? (2) Si (1) est correcte, alors ce qui se passe si le colis n'a pas besoin d'être reconstruit (c'est à dire qu'elle est plus ancienne que la version actuelle de R)? (3) Quand vous dites si & que si, je interpréter cela comme voulant dire que c'est une & condition suffisante ... pensez-vous vraiment dire que? 🙂 Si oui, alors j'ai peut-être raté quelque chose au sujet de pourquoi c'est le cas. Je ne suis pas en désaccord, mais cette option est nouveau pour moi et je n'ai pas encore saisir la logique.
- (1) Oui.par exemple, un changement de R 2.13.x de R 2.14.x, où x peut être égal à 0, 1 ou 2. Si je comprends bien, le simple fait de copier à résultat opérationnel forfait pour une nouvelle version majeure, par exemple, un changement de 2,13 à 2.14, mais il serait en aucun cas être garantie. Donc j'ai probablement été trop catégorique. La "devraient travailler" signifie qu'il y aura un contrôle sur les dépendances du paquet sur la version et si vous ne faites pas une mise à jour.les paquets, alors pas de contrôle sera exécuté..
- Cependant, si je ne fais que déplacer les répertoires et de ne pas mettre à R, alors serait-ce de faire quelque chose de bon?
- Une autre façon de le dire: si il n'y a pas de connexion internet, alors cette méthode semble être problématique. Option #3 ne nécessite pas une connexion internet, mais #1 ne. Cependant, je me rends compte maintenant que si je fais une réinstallation ou mise à jour massive, je vais probablement bénéficier en conservant toutes les sources.
- Cela sonne comme la solution la plus sûre. De plus, lorsque je sauvegarde les sources du paquet, j'ai peut améliorer la probabilité que tout sera reproductible.
- et une fois de plus.... merci pour les réponses utiles
InformationsquelleAutor 42-

Vous devez vous connecter pour publier un commentaire.