L'ajout d'un nuage de points à une boîte à moustaches à l'aide de matplotlib

J'ai vu cette magnifique boîte à moustaches dans cet article (Fig.2).

L'ajout d'un nuage de points à une boîte à moustaches à l'aide de matplotlib

Comme vous pouvez le voir, c'est une boîte à moustaches qui superpose un nuage de points noirs: x les index, les points noirs (dans un ordre aléatoire), y est la variable d'intérêt. Je voudrais faire quelque chose de similaire à l'aide de Matplotlib, mais je n'ai aucune idée de par où commencer. Jusqu'à présent, les boxplots que j'ai trouvé en ligne sont beaucoup moins cool et ressembler à ceci:

L'ajout d'un nuage de points à une boîte à moustaches à l'aide de matplotlib

Documentation de matplotlib:
http://matplotlib.org/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.boxplot

Façons de colorer les boxplots:
https://github.com/jbmouret/matplotlib_for_papers#colored-boxes

Peut-être liés: stackoverflow.com/q/28521828/376454
Notez que plus actuelle solution à ce problème serait probablement utiliser seaborn à cette fin. python-graph-gallery.com/36-add-jitter-over-boxplot-seaborn

OriginalL'auteur Wok | 2015-04-21

  1. 17

    Ce que vous cherchez est un moyen d'ajouter de la gigue à l'axe des abscisses.

    Quelque chose comme cette prise de ici:

    bp = titanic.boxplot(column='age', by='pclass', grid=False)
for i in [1,2,3]:
    y = titanic.age[titanic.pclass==i].dropna()
    # Add some random "jitter" to the x-axis
    x = np.random.normal(i, 0.04, size=len(y))
    plot(x, y, 'r.', alpha=0.2)

    L'ajout d'un nuage de points à une boîte à moustaches à l'aide de matplotlib

    Citant le lien:

    Une façon d'ajouter de l'information supplémentaire pour une boîte à moustaches est superposé à l'
    données réelles; c'est généralement le plus approprié avec des petites ou des
    de taille modérée série de données. Lorsque les données sont denses, quelques astuces
    utilisé au-dessus de l'aide de la visualisation:

    1. la réduction de l'alpha niveau pour faire les points partiellement transparent
    2. ajout aléatoire de "jitter" le long de l'axe x pour éviter overstriking

    Le code ressemble à ceci:

    import pylab as P
import numpy as np

# Define data
# Define numBoxes

P.figure()

bp = P.boxplot(data)

for i in range(numBoxes):
    y = data[i]
    x = np.random.normal(1+i, 0.04, size=len(y))
    P.plot(x, y, 'r.', alpha=0.2)

P.show()

    OriginalL'auteur Kyrubas

  2. 12

    Expansion sur Kyrubas de la solution et en utilisant uniquement matplotlib pour le tracé de la partie (j'ai parfois de la difficulté à mise en forme de pandas parcelles avec matplotlib).

    from matplotlib import cm
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import numpy as np

# initialize dataframe
n = 200
ngroup = 3
df = pd.DataFrame({'data': np.random.rand(n), 'group': map(np.floor, np.random.rand(n) * ngroup)})

group = 'group'
column = 'data'
grouped = df.groupby(group)

names, vals, xs = [], [] ,[]

for i, (name, subdf) in enumerate(grouped):
    names.append(name)
    vals.append(subdf[column].tolist())
    xs.append(np.random.normal(i+1, 0.04, subdf.shape[0]))

plt.boxplot(vals, labels=names)
ngroup = len(vals)
clevels = np.linspace(0., 1., ngroup)

for x, val, clevel in zip(xs, vals, clevels):
    plt.scatter(x, val, c=cm.prism(clevel), alpha=0.4)

    L'ajout d'un nuage de points à une boîte à moustaches à l'aide de matplotlib

    Pour Python 3 utilisateurs, vous aurez besoin de mettre la carte dans une liste, comme suit: 'group': list(map(np.floor, np.random.rand(n) * ngroup))

    OriginalL'auteur hwang