Le dessin d'un graphe ou d'un réseau à partir d'une matrice de distance?

Je suis en train de parcelle/esquisse (matplotlib ou une autre bibliothèque python) 2D réseau d'une grande matrice de distance où les distances seraient les bords de l'esquisse du réseau et de la ligne et de la colonne de ses nœuds.

DistMatrix =
[       'a',   'b',     'c',    'd'],
['a',   0,      0.3,    0.4,    0.7],
['b',   0.3,    0,      0.9,    0.2],
['c',   0.4,    0.9,    0,      0.1],
['d',   0.7,    0.2,    0.1,    0] ]

Je suis à la recherche d'esquisse ou de la parcelle de la 2d réseau de tel (le plus grand: des milliers de lignes et colonnes) de la matrice de distance: nœud " a " est lié à un nœud 'b' par un bord de la profondeur de 0,3, nœuds " c " et " d " serait liée par un bord de la profondeur de 0,1.
Quels sont les outils/bibliothèques que je peux utilisé (matrice de distance peut être converti en numpy matrice) pour obtenir de l'esquisse/graphique de la projection d'un tel réseau? (pandas, matplotlib, igraph,...?) et des pistes pour le faire rapidement (je ne voudrais pas définir mon auto Tkinter fonction pour le faire 😉 ) ?
merci pour les réponses.

En théorie, cela pourrait être impossible pour certaines matrices de distance. Imaginez par exemple un 4 x 4 matrice de distance avec toutes les entrées 1. Ceci définit en trois dimensions simplex. Il n'y a aucun moyen d'intégrer ce graphique en deux dimensions isometrically. Ce que le programme devrait-il faire dans ce cas?
à droite, donc pas de "longueur", mais "bord de la profondeur, qui relie deux nœuds

OriginalL'auteur sol | 2012-11-22

  1. 25

    La graphviz programme neato essaie à l'égard de bord de longueurs. doug montre une façon pour exploiter neato à l'aide de networkx comme ceci:

    import networkx as nx
import numpy as np
import string

dt = [('len', float)]
A = np.array([(0, 0.3, 0.4, 0.7),
               (0.3, 0, 0.9, 0.2),
               (0.4, 0.9, 0, 0.1),
               (0.7, 0.2, 0.1, 0)
               ])*10
A = A.view(dt)

G = nx.from_numpy_matrix(A)
G = nx.relabel_nodes(G, dict(zip(range(len(G.nodes())),string.ascii_uppercase)))    

G = nx.drawing.nx_agraph.to_agraph(G)

G.node_attr.update(color="red", style="filled")
G.edge_attr.update(color="blue", width="2.0")

G.draw('/tmp/out.png', format='png', prog='neato')

    rendements

    Le dessin d'un graphe ou d'un réseau à partir d'une matrice de distance?

    Si vous souhaitez générer un point de fichier, vous pouvez le faire en utilisant

    G.draw('/tmp/out.dot', format='dot', prog='neato')

    qui donne

    strict graph {
    graph [bb="0,0,226.19,339.42"];
    node [color=red,
        label="\N",
        style=filled
    ];
    edge [color=blue,
        width=2.0
    ];
    B    [height=0.5,
        pos="27,157.41",
        width=0.75];
    D    [height=0.5,
        pos="69,303.6",
        width=0.75];
    B -- D   [len=2.0,
        pos="32.15,175.34 40.211,203.4 55.721,257.38 63.808,285.53"];
    A    [height=0.5,
        pos="199.19,18",
        width=0.75];
    B -- A   [len=3.0,
        pos="44.458,143.28 77.546,116.49 149.02,58.622 181.94,31.965"];
    C    [height=0.5,
        pos="140.12,321.42",
        width=0.75];
    B -- C   [len=9.0,
        pos="38.469,174.04 60.15,205.48 106.92,273.28 128.62,304.75"];
    D -- A   [len=7.0,
        pos="76.948,286.17 100.19,235.18 167.86,86.729 191.18,35.571"];
    D -- C   [len=1.0,
        pos="94.274,309.94 100.82,311.58 107.88,313.34 114.45,314.99"];
    A -- C   [len=4.0,
        pos="195.67,36.072 185.17,90.039 154.1,249.6 143.62,303.45"];
}

    La png fichier peut alors être généré à l'aide de la graphviz neato programme:

    neato -Tpng -o /tmp/out.png /tmp/out.dot
    J'ai essayé le code que vous suggérez, adapté à mes besoins (suppression de l'A. vue) et il n'a pas fonctionné, même pour seulement 7 nœuds. G est correcte. Ce qui pourrait mal tourner? Je suis à l'aide de graphviz 2.36.
    Ce cas m'erreur 'module' object has no attribute 'to_agraph'. Pour corriger, j'ai utilisé stackoverflow.com/questions/35279733/... et au lieu utilisé nx.drawing.nx_agraph.to_agraph
    Merci pour la mise à jour.
    Comment dessiner le même graphique dans le plus pur graphviz sans python?
    J'ai mis à jour la réponse à inclure le point fichier généré par networkx.

    OriginalL'auteur

  2. 15

    Vous pouvez utiliser le networkx paquet, qui fonctionnent parfaitement avec ce genre de problèmes.
    Ajuster votre matrice pour supprimer un simple tableau numpy comme ceci:

    DistMatrix =array([[0,      0.3,    0.4,    0.7],
[0.3,    0,      0.9,    0.2],
[0.4,    0.9,    0,      0.1],
[0.7,    0.2,    0.1,    0] ])

    puis importer networkx et de l'utiliser

    import networkx as nx
G = G=nx.from_numpy_matrix(DistMatrix)
nx.draw(G)

    si vous voulez dessiner une version pondérée du graphique, vous devez spécifier la couleur de chaque bord (au moins, je ne pouvais pas trouver un moyen automatisé pour le faire):

    nx.draw(G,edge_color = [ i[2]['weight'] for i in G.edges(data=True) ], edge_cmap=cm.winter )

    OriginalL'auteur