Le téléchargement .RData et .les fichiers csv à partir de FTP à l'aide de RCurl (ou toute autre méthode)

J'ai téléchargé un .RData fichier (créé à l'aide de save()) à un serveur ftp, et je suis en train d'utiliser la fonction getURL() pour télécharger ce fichier. Pour tous les exemples et les postes que j'ai lu, je n'arrive pas à obtenir que cela fonctionne.

L' .RData fichier a été enregistré à l'aide de:

save(results, file=RDataFilePath, compress="xz") #save object "results" w/compression
#RDataFilePath is the location of the results.RData file on my harddrive

Ces données ont été téléchargées à l'aide de:

uploadURL <-"ftp://name:password@host/folder/results.RData" #name the url
ftpUpload(RDataFilePath, to=uploadURL, connecttimeout=120) #upload

C'est comment j'ai essayer de télécharger les résultats.RData à l'aide de getURL:

downloadURL <- "host/folder/results.RData"
load(getURL(downloadURL, userpwd="name:password", connecttimeout=120))

qui donne l'erreur suivante:

Error in curlPerform(curl = curl, .opts = opts, .encoding = .encoding) : 
  embedded nul in string: 'ý7zXZ'

Quand je colle le downloadURL chaîne dans mon navigateur, l' .RData les téléchargements de fichiers immédiatement, donc je sais il n'y a pas une faute de frappe. Le message d'erreur suggère que l'url ne peut pas le lire b/c de la compression de mise en forme; cependant, je reçois un message d'erreur similaire lorsque j'utilise save() w/o compression.

J'ai également un message d'erreur lorsque j'essaie de télécharger un .csv sur le FTP:

read.csv(getURL(downloadURL1)) #downloadURL1 is similar to downloadURL, but points to the .csv file
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

et puis un avertissement qui stipule In addition: Warning message:
In file(file, "rt") : cannot open file et puis commence à lister le contenu de la .csv.

J'ai essayé de comprendre cela pour le mieux partie de la matinée, et je sens que je dois être en manque de quelque chose vraiment de base. Je suppose que j'ai besoin de changer certaines curl option, de sorte qu'il sait quel type de fichier qu'il va lire. Ma syntaxe est probablement un peu, et je ne suis pas à l'aide de la fonction getURL correctement, mais je ne suis pas sûr de ce que je devrais faire.

Des conseils seraient grandement appréciés.

p.s. Mon approche est basée sur ce Post

InformationsquelleAutor rbatt | 2013-09-16
  1. 9

    Vous pouvez essayer de le casser en deux étapes: d'abord télécharger le fichier, puis de le charger.

    download.file(downloadURL, "temp.rData")
load("temp.rData")

    ou de coller avec rCurl vous pouvez essayer:

    bin = getBinaryURL(downloadURL, ...yourOtherParams...) 
writeBin(bin, "temp.rData")  
load("temp.rData")
    • Cette méthode fonctionne pour les .fichier csv (j'ai utilisé test=getURL( ) et read.csv(text=test) Merci! Cependant, j'obtiens toujours une erreur lorsque vous tentez de lire la .RData fichier "Erreur dans curlPerform curl (= curl, .opts = opte, .encoding = .codage) : embedded nul dans la chaîne de caractères: 'ý7zXZ'". Lorsque j'essaie de télécharger.fichier, il dit qu'il est impossible d'ouvrir l'URL.
    • Vous êtes sur un système unix? Si vous avez curl le programme d'installation en ligne de commande utilisation vous pouvez essayer quelque chose comme le système("curl xxxx temp.rData") dans R. Si curl ne fonctionne pas, peut-être "wget" va fonctionner?
    • Je suis sur OSX, mes collègues seront sur Windows. Je ne suis pas aller très loin avec des téléchargement.fichier, il ne se connecte pas au serveur. J'ai été en utilisant le RCurl paquet. À l'aide de getBinaryURL() je peux obtenir dans le fichier sous forme binaire, c'est du charabia et je ne peux pas comprendre comment le convertir. C'est la classe est "brut", et save (), puis load() n'a pas à le convertir en arrière à l'original de l'objet R (ou quelque chose de valable).
    • J'ai édité la réponse à coller avec RCurl. Espérons que cette aide.
    • Cela a fonctionné comme un charme! Je venais à peine de donné... merci beaucoup! J'ai cherché une solution pour cela est de 6,5 heures, et c'est ce qui m'là. J'espère que d'autres personnes tentent de résoudre ce problème à trouver votre réponse 🙂 Il convient également de noter que je n'ai pas eu à passer d'autres paramètres spéciaux pour getBinaryURL, les valeurs par défaut travaillé (sauf que j'ai dû passer mon nom:passer de " userpwd=').
    InformationsquelleAutor kith
  2. 4

    J'ai passé un peu de temps sur ce sujet que bien, en espérant l'utiliser dans une Brillante application donc je ne veux pas écrire sur le disque. 

    library(RCurl)
url <- "ftp://[email protected]/ALLF1Data.Rda"
userpwd <- "name:password"
bin = getBinaryURL(url, userpwd = userpwd, verbose = TRUE,
                   ftp.use.epsv = TRUE)

load(rawConnection(bin))

    En Utilisant rawConnection (), j'ai été en mesure d'éviter de l'écrire sur le disque étape comme il a traité les données BRUTES de type parfaitement et éviter l'erreur.
    FYI - Ceci est mon premier post alors j'espère que c'est utile

    InformationsquelleAutor Wes Sauder