L'importation de fichiers Excel dans R, ou xls xlsx

Svp quelqu'un peut m'aider sur la meilleure façon d'importer un fichier excel 2007 (.xlsx) fichier dans R. j'ai essayé plusieurs méthodes et aucun ne semble fonctionner. J'ai mis à jour à 2.13.1, windows XP, xlsx 0.3.0, je ne sais pas pourquoi le message d'erreur revient sans cesse. J'ai essayé:

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")

OU

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx",1)

mais j'obtiens l'erreur:

 Error in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : 
  java.io.FileNotFoundException: C:\AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx (The system cannot find the file specified)

Merci.

  • Combien de fois faites-vous cela? Si juste une fois, il est presque toujours préférable d'utiliser Excel pour l'exportation d'un plus format ouvert, comme .csv.
  • gsk3: Oui, ou Google Docs, qui a eu Excel 2007 soutien d'importation depuis '09: google.com/support/forum/p/Google%20Docs/... (j'espère que maintenant il fonctionne bien.)
  • Quelle est la version de R est-ce? Ce système d'exploitation? Quelle est la version de read.xlsx? Avez-vous lu la publication du guide? </ripleybot>
  • Pouvez-vous expliquer comment cette question est différente de stackoverflow.com/questions/6099243/...
  • J'ai mis à jour à 2.13.1, windows XP, xlsx 0.3.0, je ne sais pas pourquoi le message d'erreur revient sans cesse..... Erreur dans .jnew("java/io/FileInputStream", fichier) : java.io.FileNotFoundException: C:\AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx (Le système ne peut pas trouver le fichier spécifié)
  • Je suppose que la principale différence est que l'OP veut lire .fichiers xlsx, le nouveau format utilisé par MS Excel.
  • Vous avez vérifié que R est en fait capable de trouver le fichier, par exemple file.exists("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx") ?

InformationsquelleAutor nolyugo | 2011-08-13
  1. 94

    Pour une solution qui est gratuite délicats dépendances externes*, il est maintenant readxl:

    La readxl package permet d'obtenir des données à partir d'Excel et dans R.
    Par rapport à beaucoup de paquets existants (par exemple, gdata, xlsx,
    xlsReadWrite) readxl n'a pas de dépendances externes de sorte qu'il est facile de
    installer et utiliser sur tous les systèmes d'exploitation. Il est conçu pour fonctionner avec
    tableaux de données stockées dans une seule feuille.

    Readxl prend en charge à la fois l'héritage .xls format et le moderne basé sur xml
    .format xlsx. .xls soutien est rendu possible la avec libxls de la bibliothèque C,
    qui fait abstraction de la complexité du sous-jacent binaire
    format. Pour analyser .xlsx, nous utilisons la RapidXML de la bibliothèque C++.

    Il peut être installé comme suit:

    install.packages("readxl") # CRAN version

    ou

    devtools::install_github("hadley/readxl") # development version

    Utilisation

    library(readxl)

# read_excel reads both xls and xlsx files
read_excel("my-old-spreadsheet.xls")
read_excel("my-new-spreadsheet.xlsx")

# Specify sheet with a number or name
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = "data")
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = 2)

# If NAs are represented by something other than blank cells,
# set the na argument
read_excel("my-spreadsheet.xls", na = "NA")

    * pas strictement vrai, elle exige de la Rcpp le paquet, qui à son tour nécessite Rtools (pour Windows) ou Xcode (pour OSX), qui sont des dépendances externes à R. Mais ils n'ont pas besoin de tout tripoter les chemins, etc., donc, c'est un avantage par rapport à Java et Perl dépendances.

    Mise à jour Il est maintenant le rexcel paquet. Cela promet d'obtenir Excel mise en forme, les fonctions et de nombreux autres types d'informations à partir du fichier Excel et en R.

    InformationsquelleAutor Ben
  2. 35

    Vous pouvez également essayer de le XLConnect paquet. J'ai eu plus de chance avec elle que xlsx (de plus, il peut lire .les fichiers xls trop).

    library(XLConnect)
theData <- readWorksheet(loadWorkbook("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx"),sheet=1)

    aussi, si vous rencontrez des problèmes avec votre fichier n'est pas trouvé, essayez de le sélectionner avec fichier.sélectionnez().

    • Plutôt que de readWorksheet(loadWorkbook(...)) vous pouvez faire la même chose un peu plus succinctement avec readWorksheetFromFile(...).
    • Il a travaillé sur l'un de mes gênants que les feuilles read.xlsx s'est écrasé sur "java.lang.IllegalArgumentException: Cellule d'index doit être >= 0"
    InformationsquelleAutor Ian Fellows
  3. 22

    Je voudrais certainement essayer la read.xls fonction dans le gdata paquet, qui est beaucoup plus mature que les xlsx paquet. Il peut exiger Perl ...

    InformationsquelleAutor Ben Bolker
  4. 20

    Mise à jour

    Que la Réponse ci-dessous est aujourd'hui quelque peu dépassée, je voudrais simplement attirer l'attention sur le readxl paquet. Si la feuille Excel est bien formaté/lain alors, j'aimerais maintenant utiliser readxl à lire à partir du classeur. Si les feuilles sont mal mis en forme/gît alors je serais encore les exporter au format CSV et de gérer les problèmes de la R soit par l'intermédiaire de read.csv() ou tout simplement l' readLines().

    D'origine

    Mon manière préférée est à enregistrer que des feuilles de calcul Excel en valeurs séparées par des virgules (CSV) des fichiers. Sur Windows, ces fichiers sont associés avec Excel afin de ne pas perdre le double-clic-ouvert-dans-Excel "fonctionnalité".

    Les fichiers CSV peuvent être lus dans R à l'aide de read.csv(), ou, si vous êtes dans un endroit ou à l'aide d'un ordinateur mis en place avec certains paramètres (où , est utilisé comme la virgule), à l'aide de read.csv2().

    Ces fonctions ont des valeurs par défaut raisonnables qui rend la lecture le bon format de fichiers simple. Il suffit de garder toutes les étiquettes pour les échantillons ou les variables dans la première ligne ou colonne.

    Ajouté avantages de stocker des fichiers au format CSV que, tant que les fichiers texte en clair, ils peuvent être passés très facilement et vous pouvez être certain qu'ils vont ouvrir n'importe où; l'on n'a pas besoin d'Excel pour consulter ou modifier les données.

    • Le csv ne serait pas de l'aide car le classeur contient plusieurs feuilles de calcul et chacun a jusqu'à 100k lignes. Merci
    • J'ai fait dire de sauvegarder les feuilles sous forme de fichiers CSV - puisque ceux-ci sont en texte brut, la taille de la feuille de calcul n'est pas pertinent. Si vous insistez sur le travail avec les classeurs Excel puis les options disponibles pour la lecture des données dans R devenir beaucoup plus complexe - voir les paquets RODBC, RDCOM pour des solutions de rechange. Enfin, si vous êtes certain que vous avez suivi les instructions pour l'utilisation de read.xlsx() et les dernières versions de ce package et R, puis l'envoyer par courriel le responsable du paquet pour signaler un bug potentiel.
    • Cela dépend vraiment sur les données et le niveau d'interopérabilité que votre exigent entre les os. Dès qu'il y a non-ascii dans vos étiquettes ou des facteurs ET vous avez besoin de travailler à travers Mac/Win/Lin, assortis étrangeté va commencer à se produire si vous avez l'exportation/importation et à partir d'excel. Excel ne peut pas gérer l'utf-8 gracieusement (ou csv pour cette question). Donc, dans ce cas, soit vous restez dans Excel, ou de passer à une autre application de feuille de calcul (ce dernier n'est pas toujours possible).
    InformationsquelleAutor Gavin Simpson
  5. 18

    Exemple 2012:

    library("xlsx")
FirstTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 1 , stringsAsFactors=F)
SecondTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 2 , stringsAsFactors=F)
    • Je voudrais essayer "xlsx" ensemble pour il est facile à manipuler et semble assez mature
    • a bien fonctionné pour moi et n'a pas besoin de additionels comme Perl ou quoi que

    Exemple 2015: 

    library("readxl")
FirstTable  <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 1)
SecondTable <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 2)
    • aujourd'hui, j'utilise readxl et ont fait une bonne expérience avec elle.
    • pas de trucs supplémentaires nécessaires
    • de bonnes performances
    InformationsquelleAutor petermeissner
  6. 14

    Ce nouveau paquet a l'air sympa http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/openxlsx.pdf
    Il ne nécessite pas rJava et est à l'aide de 'Rcpp' pour la vitesse.

    • et il est en cours de développement
    • Je travaille avec une assez grande des classeurs excel, et openxlxs est sur le seul capable de gérer de tels fichiers volumineux.
    • Malheureusement, il exige "rtools"
    • ne le pense! Juste pour créer le paquet une fois. Pas pour une autre utilisation.
    InformationsquelleAutor RockScience
  7. 5

    Si vous rencontrez le même problème et R est de vous donner une erreur -- ne pouvait pas trouver de fonction ".jnew" -- il suffit d'installer la bibliothèque rJava. Ou si vous l'avez déjà, il suffit d'exécuter la ligne de la bibliothèque(rJava). Que devrait être le problème.

    Aussi, il devrait être clair pour tout le monde que csv et txt sont plus faciles à travailler avec, mais la vie n'est pas facile et parfois vous avez juste à ouvrir un xlsx.

    • lorsque je charge la version 2.8.2 de gdata j'obtiens le message de démarrage gdata: read.xls support for 'XLSX' (Excel 2007+) files ENABLED. Sonne pour moi comme il se doit ouvrir les fichiers xlsx, bien que, certes, je n'ai pas testé récemment ...
    • Je peux confirmer que gdata version 2.8.2 lit xlsx les fichiers avec l' read.xls fonction.
    InformationsquelleAutor Wilmer E Henao
  8. 4

    J'ai récemment découvert Schaun Wheeler fonction d'importation de fichiers excel dans R après la réalisation, que le xlxs colis n'avait pas été mis à jour pour la R 3.1.0.

    https://gist.github.com/schaunwheeler/5825002

    Le nom de fichier doit avoir l' ".xlsx" et de l'extension de fichier ne peut pas être ouvert lorsque vous exécutez la fonction.

    Cette fonction est très utile pour accéder à d'autres peuples de travail. Les principaux avantages par rapport à la lire.csv fonction sont quand

    • L'importation de plusieurs fichiers excel
    • De l'importation de fichiers volumineux
    • Fichiers sont mis à jour régulièrement

    À l'aide de la lecture.csv fonction nécessite manuel de l'ouverture et de l'enregistrement de chaque document Excel qui est fastidieux et très ennuyeux. À l'aide de Schaun fonction d'automatiser le flux de travail est donc une aide massive.

    Un grand respect à Schaun pour cette solution.

    InformationsquelleAutor Jonno Bourne
  9. 4

    Pour moi le openxlx paquet travaillé dans la manière la plus simple. 

    install.packages("openxlsx")
library(openxlsx)
rawData<-read.xlsx("your.xlsx");
    InformationsquelleAutor Henrik Bata
  10. 2

    Quel est ton système d'exploitation? Quelle est la version de R êtes-vous en cours d'exécution: 32 bits ou 64 bits? Quelle est la version de Java que vous avez installé?

    J'ai eu une erreur similaire lorsque j'ai commencé à utiliser le read.xlsx() fonction et découvert que mon problème (qui peut ou peut ne pas être liée à la vôtre; au minimum, cette réponse doit être considérée comme "essayer cette, trop") était liée à la incompatability de .xlsx paquet avec la version 64 bits de Java. Je suis assez certain que l' .xlsx package requiert 32 bits de Java.

    Utiliser 32 bits R et assurez-vous que la version 32 bits de Java est installé. Cela peut résoudre votre problème.

    InformationsquelleAutor user2755425
  11. 2

    Vous avez vérifié que R est en fait en mesure de trouver le fichier, par exemple: fichier.existe("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx") ? – Ben Bolker 14 Août '11 à 23:05

    Commentaire ci-dessus devraient ai résolu votre problème:

    require("xlsx")
read.xlsx("filepath/filename.xlsx",1)

    devrait fonctionner correctement après.

    InformationsquelleAutor contradirony
  12. 1

    Vous pourriez être en mesure de conserver plusieurs onglets et de mise en forme plus d'informations si vous les exporter vers une feuille de calcul OpenDocument fichier (ods) ou un ancien format Excel et de les importer avec la ODS lecteur ou Excel reader que vous avez mentionné ci-dessus.

    InformationsquelleAutor Benjamin Atkin
  13. 1

    Comme indiqué par beaucoup ici, je suis en train d'écrire la même chose, mais avec un point supplémentaire!

    Au premier abord, nous devons nous assurer que nos R Studio a ces deux paquets installés:

    1. "readxl"
    2. "XLConnect"

    Afin de charger un package dans R, vous pouvez utiliser la sous fonction:

    install.packages("readxl/XLConnect")
library(XLConnect)
search()

    recherche affiche la liste des paquets disponibles dans votre R Studio.

    Maintenant un autre attraper, même si vous pourriez avoir ces deux paquets, mais encore, vous pouvez rencontrer de problème lors de la lecture de "xlsx" fichier et l'erreur peut être comme "erreur: plus de colonnes que le nom de la colonne"

    Pour résoudre ce problème, vous pouvez simplement enregistrer à nouveau votre feuille excel "xlsx" à

    "CSV (délimité par des Virgules)"

    et votre vie va être super facile....

    Amusez-vous!!

    InformationsquelleAutor Rajeev Kumar Barnwal
  14. 1

    J'ai essayé très dur sur toutes les réponses ci-dessus. Cependant, ils n'ont pas réellement de l'aide, car j'ai utilisé un mac. Le rio bibliothèque a cette fonction d'importation qui peut, en gros, importation de tout type de fichier de données dans Rstudio, même ceux de fichier en utilisant d'autres langues que l'anglais!

    Essayer les codes ci-dessous:

        library(rio)
    AB <- import("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx")
    AB <- AB[,1]

    Espérons que cette aide.
    Pour plus de détails référence: https://cran.r-project.org/web/packages/rio/vignettes/rio.html

    InformationsquelleAutor Suyang Xu