L'installation de lapack pour numpy

Sous Ubuntu 11.10 + python2.7...construit numpy à partir de la source et installé, mais quand je vais pour l'installer, j'obtiens 

ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

lorsqu'il tente d'importer lapack_lite de numpy.linalg. J'ai essayé de reconstruire lapack à partir de zéro, mais il semble tout simplement faire 

/usr/local/lib/libblas.a
/usr/local/lib/liblapack.a
/usr/local/lib/libtmglib.a

et la .donc fichier. D'où vient le .donc.3gf viennent et comment dois-je faire?

  • Avez-vous utilisé pip install numpy? Aussi, aucune raison de Ubuntu python-numpy paquet n'a pas fonctionné pour vous?
InformationsquelleAutor Richard Żak | 2012-01-18
  1. 60

    J'ai eu le même problème et en supprimant le paquet libopenblas de la base a fait le tour:

    sudo apt-get remove libopenblas-base

    Comme déjà expliqué par d'autres, plusieurs paquets de fournir des versions incompatibles de liblapack.donc.3gf.

    • Est-il un package qui fournit également une version incompatible de liblapack.donc.3gf? J'ai essayé de l'enlever libopenblas de base, mais apt-get ne pouvais pas trouver ce paquet.
    InformationsquelleAutor soramimo
  2. 9

    Selon certains bugreports je vois autour de vous, vous pouvez avoir plus d'un fournisseur de BLAS/ATLAS/LAPACK installé, comme ATLAS et OpenBLAS/GotoBLAS, qui entrent en conflit les uns avec les autres. Jetez un oeil sur ce:

    $ ls -l /etc/alternatives/*.so.3gf

    et vérifiez que tous entre eux correspondent à la même forfait (par exemple. ils pointent tous dans /usr/lib/atlas-base/)

    • j'ai cette erreur lors de l'import numpy comme un seul utilisateur, mais pas comme un autre utilisateur. Comment cela pourrait-il être?
    • Se pourrait-il que chacun de vous est l'importation d'une version différente de NumPy (eg. à l'échelle du système par rapport à un localement compilé une)? Si non, un LD_LIBRARY_PATH dans someones' environnement pourrait être de faire NumPy pour charger une autre LAPACK.
    • j'ai eu ce parce qu'un utilisateur avait LD_LIBRARY_PATH set, l'autre pas. Et oui, nous avons un système logiciel qui fournit cette bibliothèque et demande à utiliser sa propre version. grrrr
    • Bon à savoir vous pouvez le trouver 🙂
    • que dois-je faire si il y a plus d'un? /etc/alternatives/libblas.donc.3gf -> /usr/lib/libblas/libblas.donc.3 /etc/alternatives/liblapack.donc.3gf -> /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.donc.3gf Si je supprime un ou l'autre, apt-get de le réinstaller
    • Ils sont différents des bibliothèques, c'est juste qu'un certain nombre de paquets offrent à eux et ils ont besoin de faire correspondre les uns des autres. L'idéal serait de garder installé uniquement ceux que vous souhaitez. Aussi, vous pouvez utiliser update-alternatives à partir de la ligne de commande pour forcer un certains version d'une bibliothèque à celui utilisé par l'ensemble du système, quand il n'y a plus qu'une seule alternative.
    • update-alternatives: erreur: alternative liblapack.donc.3gf ne peux pas être secondaire à partir de liblapack.donc.3: c'est l'une des principales alternatives ; j'obtiens cette erreur lors de l'installation. Dois-je utiliser update-alternatives pour résoudre le problème? Merci pour votre temps
    • (J'ai traduit le message à partir d'un français de message d'erreur, je suis désolé si c'est inexact)
    • Je ne suis pas sûr à ce sujet. Je n'ai jamais vu ce message de update-alternatives, et je pense que c'est mieux si vous demandez à une nouvelle question (peut-être à askubuntu, ou ici, dans stackoverflow) à ce sujet

    InformationsquelleAutor Ricardo Cárdenes
  3. 4

    Ce problème survient lorsque vous avez libopenblas-base et libatlas3-base installé, mais n'ont pas liblapack3 installé. Cette combinaison de paquets installe des versions contradictoires libblas.donc (à partir de OpenBLAS) et liblapack.donc (ATLAS).

    Solution 1 (mon préféré): Vous pouvez garder les deux OpenBLAS et ATLAS sur votre machine si vous aussi vous installer liblapack3.

    sudo apt-get install liblapack3

    Solution 2: Désinstaller ATLAS (ce sera fait, installer liblapack3 automatiquement pour vous à cause de certaines paquet deb manigances)

    sudo apt-get uninstall libatlas3-base

    Solution 3: Désinstaller OpenBLAS

    sudo apt-get uninstall libopenblas-base

    Mauvaise configuration

    $ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 153, in <module>
from . import add_newdocs
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 18, in <module>
from .polynomial import *
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 19, in <module>
from numpy.linalg import eigvals, lstsq, inv
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 50, in <module>
from .linalg import *
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 29, in <module>
from numpy.linalg import lapack_lite, _umath_linalg
ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3: undefined symbol: ATL_chemv

    Solution 1

    $ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      amd64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

    Solution 2

    $ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      amd64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

    Solution 3

    $ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'
    InformationsquelleAutor Luke Yeager
  4. 1

    Essayez de vérifier la LD_LIBRARY_PATH. Vous pourriez point il y a une autre version de cette bibliothèque qui ne prend pas en charge le symbole de la numpy appeler besoins. J'ai eu la même situation sur mon Mac.

    Mais attention, le problème peut ne pas être visible directement, parce qu'une bibliothèque peut lien à l'autre à l'aide de la LD_LIBRARY_PATH.

    Vous pouvez vérifier si vous voyez une différence dans la commande suivante, avec et sans le LD_LIBRARY_PATH (pour retirer temporairement pour les actifs de shell: unset LD_LIBRARY_PATH):

    ldd /usr/lib/liblapack.donc.3gf

    Dans mon cas, les bibliothèques fournies par le logiciel ISIS système en conflit avec le bord des bibliothèques numpy exige.

    InformationsquelleAutor K.-Michael Aye