L'installation de tous les CRAN les paquets qui ne sont pas déjà installés?

La suite de la R de commandes d'installer tous les CRAN paquets:

availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)

Et la commande suivante liste de tous les paquets installés:

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

Ma question est: Comment puis-je charger R pour installer tous les CRAN les paquets qui ne sont pas déjà installés?

Un autre cas d'utilisation simple de la configuration d'un ordinateur portable à un autre analyste, qui peuvent travailler en mode hors connexion. Plutôt que d'essayer d'anticiper ce que les paquets qu'ils vont utiliser, il suffit de les installer tous. Mon ministère effectue cette approche lors de la configuration d'analystes des ordinateurs portables.
setdiff(letters, letters[5:15])

OriginalL'auteur knorv | 2010-01-30

  1. 17

    Franchement, je pense que c'est laborieux travail... il allait durer pendant des jours, voire des semaines (selon les ressources), mais voici le code (je viens de profiter de faire des choses triviales):

    # get names of installed packages
packs <- installed.packages()
exc <- names(packs[,'Package'])

# get available package names
av <- names(available.packages()[,1])

# create loooong string
ins <- av[!av %in% exc]
install.packages(ins)

    Je ne comprends toujours pas pourquoi vous êtes en train de faire cela, mais, bon... certaines choses sont tout simplement pas destiné à être....
    Quelles merveilles qui m'a le plus est le fait que vous avez déjà répondu à votre propre question! Vous avez ce que vous avez besoin, et c'est juste à vous de mettre des choses ensemble...
    Sommes-nous à côté de l'essentiel? Avez-vous quelque chose d'autre en tête?!?

    OriginalL'auteur aL3xa

  2. 13

    1) Pourquoi voulez-vous faire? Il y a plus de 3500 (Février 2012)?

    2) Avez-vous cherché à CRAN Vues de Tâche et la ctv package qui vous permet d'installer des paquets à partir d'une tâche donnée?

    3) Vous gras question est une simple indexation de la requête vous pouvez le faire à la main (et à côté de ça, voir aussi help(sets))

    R> available <- LETTERS                  # a simple set
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)]  # a simple subset
R> available[ ! available %in% installed ]
[1] "K" "L" "M" "N"
R>

    Edit: en réponse à votre suivi de:

    a) Si un paquet ne passe pas 'R CMD check" sur Linux et Windows, il n'est pas téléchargé à CRAN. Alors que le travail est fait.

    b) à Obtenir toutes dépend à la fin de votre travail est aussi, comme on va le voir. Nous l'avons fait pour cran2deb qui est à http://debian.cran.r-project.org (qui ne prend de plein fouet la construction du paquet Debian qui est plus que juste l'installation). Nous obtenons environ 2050 de 2150 paquets construits. Il y a un peu de nous refuser de construire en raison de la licence, un peu nous ne pouvons pas en raison du manque d'en-têtes ou les libs et de quelques on ne peut pas construire parce qu'ils ont besoin par exemple BioConductor paquets.

    Je veux m'assurer que mon système a toutes les bonnes dépendances, et je suis en essais qu'en essayant de construire l'ensemble de la CRAN 🙂 N'CRAN contiennent de nombreux paquets cassés que je devrais attendre de ne pas construire?
    Il y a quelques-uns que vous devriez vous attendre à ne pas construire si vous n'avez pas bibliothèques installées dans les endroits standard. rgdal par exemple suppose GDAL est installé quelque part c'est de configurer le script peut trouver. Si vous l'avez installé dans un emplacement non standard, vous devrez manuellement point R CMD INSTALL à la bonne place.
    deux mille" reste une estimation valable, mais j'ai, euh, a pris la liberté de la réduction de la résiduelle.
    Veuillez ne pas modifier mes messages. Il a été clairement datées et le nombre /a clairement pertinents au moment où il a été donné/. Si vous êtes troublés par la valeur et vous devez le modifier à moins d'horodatage de votre modifier et de le signer.
    Des excuses. Si des modifications de mise à jour semblent être à l'intérieur du site intentions, c'est aussi pourquoi j'ai laissé tomber une note, pour vous permettre de savoir - dans le cas où il importait. Comme pour l'horodatage - ce sont tous partie de l'édition des installations & exploitation forestière (c'est la version contrôlée)...

    OriginalL'auteur Dirk Eddelbuettel

  3. 2

    tapez cette commande, puis tous les paquets seront installés automatiquement:

    install.packages(available.packages()[,1])
    comment améliorer sur aucune des réponses précédentes??
    Si cela fonctionne, son plus propre
    L'inconvénient de cette approche est que votre session risquez de rencontrer un problème à un certain moment et à la fin. À l'aide de aL3xa de l'approche signifie que chaque fois que vous exécutez le code, il a moins de paquetages à installer que la dernière fois que vous avez essayé de l'exécuter.

    OriginalL'auteur Raddad Abooraig

  4. 0

    Je l'ai testé et ça marche

    availablePackages=available.packages()
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1])
installedPackages=.packages(all.available = TRUE)
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages)
for (i in 1:length(missedPackages))
{
pkgName <- missedPackages[i]
install.packages(pkgName)
}
print("END")

    Ce qui concerne

    combien de temps cela prend-il?

    OriginalL'auteur José Fernando Giraldo Jimenez

  5. 0

    Mieux si vous utilisez:

        check.and.install.Package<-function(package_name){
        if(!package_name%in%installed.packages()){
           install.packages(package_name)
        }
     }

    appel de la fonction et vérifier si le package est installé:

        check.and.install.Package("pkgName")

    OriginalL'auteur José Fernando Giraldo Jimenez