Lire et écrire csv.gz fichier dans la R

Il y a très similaire questions sur ce sujet, mais non, il aborde cette sous R assez précisément.

J'ai un csv.gz fichier et je voudrais "dézipper" le fichier et de le faire aussi ordinaire *.fichier csv. Je suppose qu'on pourrait aller sur la première lecture, l'csv.gz fichier et par l'écriture.csv commande crée le fichier csv.

Ici ce que j'ai essayé une partie d'autres choses:

gz.file <- read.csv(gzfile(file.choose()), as.is = TRUE)

donne:

  head(gz.file)
        farmNo.milk.energy.vet.cows
  1     1;862533;117894;21186;121
  2     2;605764;72049;43910;80
  3     3;865658;158466;54583;95
  4     4;662331;66783;45469;87
  5     5;1003444;101714;81625;125
  6     6;923512;252408;96807;135

Fichier prétend être données.cadre, mais ne se comporte pas comme un seul, ce qui me manque ici?

 class(gz.file)
 [1] "data.frame"

Une fois lu en mémoire, je voudrais l'avoir dans le plus pur fichier csv, ce serait d'écrire.csv serait la solution?

write.csv(gz.file, file="PATH")
Vous souhaitez read.csv2 au lieu de read.csv à traiter par des points-virgules comme séparateurs.
Merci Tomas. Mais il semble que juste sep = ";" dans la lecture ordinaire.csv résolu mes problèmes.

OriginalL'auteur Maximilian | 2013-12-16

  1. 1

    Dans les versions récentes de data.table rapide csv reader fread a obtenu le soutien de csv.gz les fichiers. Il détecte automatiquement si elle a besoin de décompresser basé sur le nom de fichier si il n'y a pas grand chose de nouveau à apprendre. Suivant devrait fonctionner.

    library(data.table)
dt = fread("data.csv.gz")

    Cette fonctionnalité nécessite supplémentaire, heureusement léger, la dépendance comme vous pouvez le lire dans ?fread manuel

    Fichiers compressés fin .gz et .bz2 sont pris en charge si le R. utils paquet est installé.

    Comme pour l'écriture compressé au format csv, il n'y a dans l'attente de Pull Request fournir cette fonctionnalité, donc on peut s'attendre à ce que sera bientôt disponible pour rapide csv écrivain fwrite.

    OriginalL'auteur jangorecki

  2. 0

    tidyverse transparente a l'appui de gzip fichiers compressés (et un peu de d'autres)

    library(tidverse)

read_csv("file.csv.gz") -> d

# write uncompressed data
d %>% write_csv("file.csv")

    OriginalL'auteur liborm