Logarithmique y-axis Coche les marques dans R plot () ou ggplot2 ()

J'ai vu l'idéal de la marque de graduation de la structure pour une log="y" de l'intrigue dans les ce documentla Figure 3b 3c 3d.

Il a court, logarithmique graduations secondaires sans étiquettes, plus long, logarithmique grandes marques de graduation avec des étiquettes.

Personne ne sait comment y parvenir dans R?

source d'informationauteur isomorphismes

Dans la base de R juste construire les axes toutefois vous le souhaitez. Quelque chose comme cela pourrait être un début.

set.seed(5)
d <- data.frame(x=1:100, y=rlnorm(100, meanlog=5, sdlog=3))
with(d, {
  plot(x, y, log="y", yaxt="n")
  y1 <- floor(log10(range(y)))
  pow <- seq(y1[1], y1[2]+1)
  ticksat <- as.vector(sapply(pow, function(p) (1:10)*10^p))
  axis(2, 10^pow)
  axis(2, ticksat, labels=NA, tcl=-0.25, lwd=0, lwd.ticks=1)
})

Dans latticele latticeExtra paquet a la capacité:

library(lattice)
library(latticeExtra)
xyplot(y~x, data=d, scales=list(y=list(log=10)),
       yscale.components=yscale.components.log10ticks)

Pour ggplot2il semble que la seule option que vous avez pour la spécification des tiques est la size (c'est à dire, la largeur).

# A plot of any old data
dfr <- data.frame(x = 1:100, y = rlnorm(100))
p <- ggplot(dfr, aes(x, y)) + 
  geom_point() +
  scale_y_log10(breaks = breaks, labels = breaks)


#Tick locations
get_breaks <- function(x)
{
  lo <- floor(log10(min(x, na.rm = TRUE)))
  hi <- ceiling(log10(max(x, na.rm = TRUE)))
  as.vector(10 ^ (lo:hi) %o% 1:9)
}

breaks <- get_breaks(dfr$y)
log10_breaks <- log10(breaks)

#Some bigger ticks
p + opts(axis.ticks = theme_segment(
    size = ifelse(log10_breaks == floor(log10_breaks), 2, 1)
  ))

3

Ce qui a été fait dans le paquet::sfsmisc. Voir l'exemple dans l'aide(axTexpr)

Ceci est mis en œuvre dans la version 0.6.0 de ggalt à l'aide de la annotation_ticks couche.

En avril 2018, ggalt 0.6.0 n'est pas encore publié sur CRAN de sorte que vous devez installer la version de développement:

devtools::install_github("hrbrmstr/ggalt")

Voici un exemple:

library(ggplot2)
library(ggalt)

set.seed(20180407)

df = data.frame(x = seq(from = 1, by = 1, length.out = 20),
                y = 2^(seq(to = 1, by = -1, length.out = 20) + rnorm(20, 0, 0.7)))

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_line() +
  scale_y_log10() +
  annotation_ticks(sides = "l", scale = c("log10"))

Logarithmique y-axis Coche les marques dans R plot () ou ggplot2 ()

Vous pouvez faire encore plus que le papier que vous avez associé avec certains thèmes:

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_line(colour = "blue") +
  geom_point(colour = "blue") +
  scale_y_log10() +
  annotation_ticks(sides = "lb", scale = c("log10", "identity")) +
  theme_minimal() +
  theme(panel.grid = element_blank(), axis.line = element_line())

Logarithmique y-axis Coche les marques dans R plot () ou ggplot2 ()

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