Mettre des étoiles sur ggplot barplots et boxplots pour indiquer le niveau de signification (p-value)
Il est courant de mettre des étoiles sur barplots ou boxplots pour montrer le niveau de signification (p-value) d'un ou entre deux groupes, ci-dessous quelques exemples:
Le nombre d'étoiles sont définis par la p-valeur, par exemple on peut mettre 3 étoiles pour la valeur de p < 0.001, deux étoiles pour la valeur de p < 0,01, et ainsi de suite (bien que cela change d'un article à l'autre).
Et mes questions: Comment générer des graphiques semblables? Les méthodes qui mettent automatiquement étoiles basées sur un niveau de signification sont plus que bienvenus.
- C'est une question assez vaste question. Pouvez-vous préciser? Et peut-être montrer ce que vous avez essayé jusqu'à présent?
- La plupart des revues aujourd'hui n'aiment pas les étoiles de notation, même si certains de table en R encore les imprimer. Vérifiez auprès de votre journal en premier.
- le bas-gauche est simple: vous mettez en place un ensemble de données.cadre avec la position des étoiles et ajouter un geom_text couche avec des étiquettes "***".
InformationsquelleAutor Ali | 2013-06-13
Vous devez vous connecter pour publier un commentaire.
Veuillez trouver ma tentative ci-dessous.
Tout d'abord, j'ai créé certaines des données factices et un barplot qui peuvent être modifiées comme nous le souhaitons.
L'ajout d'astérisques-dessus d'une colonne est facile, comme baptiste, déjà mentionné. Il suffit de créer un
data.frame
avec les coordonnées.À ajouter les arcs qui indiquent un sous-groupe de comparaison, j'ai calculé les coordonnées paramétriques de demi-cercle, et les a ajoutés connecté avec
geom_line
. Les astérisques besoin de nouvelles coordonnées, trop.Enfin, pour indiquer la comparaison entre les groupes, j'ai construit un cercle plus large et aplatie au sommet.
size
comme: geom_text(size=1)Je sais que c'est une vieille question et la réponse par Jens Tierling offre déjà une solution pour le problème. Mais j'ai récemment créé un ggplot-extension qui simplifie l'ensemble du processus d'ajout d'une importance bars: ggsignif
Plutôt que de faire l'ajout de la
geom_line
etgeom_text
de votre parcelle vous venez d'ajouter une seule couchegeom_signif
:Pour créer une version plus avancée de l'intrigue similaire à celui illustré par Jens Tierling, vous pouvez le faire:
La documentation du package est disponible à CRAN.
Il y a aussi une extension de la ggsignif paquet appelé ggpubr, qui est plus puissant quand il s'agit de multi-comparaisons entre les groupes. Il s'appuie sur ggsignif, mais gère également l'analyse de la variance et de kruskal-wallis ainsi que des comparaisons par paires contre la global veux dire.
Exemple:
geom_boxplot
deggplot
?Fait ma propre fonction:
De données et d'appels:
Résultat:
J'ai trouvé cette une est utile.