mise à l'échelle triple diagramme de Venn, en R avec VennDiagram paquet

Personne ne sait comment obtenir le package R VennDiagram à l'échelle des cercles d'un diagramme de Venn, contenant 3 intersection des ensembles selon la taille de l'ensemble?

Je peux parvenir à une telle échelle avec le venneular paquet, mais je trouve que c'est un peu limité en termes de d'autres options graphiques par rapport à VennDiagram.

La VennDiagram de la documentation du paquet propose de fixer l'argument de "l'échelle" à VRAI devrait faire l'affaire, mais je trouve ce produit 3 cercles de taille égale.

La documentation du paquet n'est sibylline suggèrent que l'échelle argument ne peuvent travailler que pour certains schémas:

?draw.triple.venn

révèle:

mis à l'échelle:
"Booléen indiquant si à l'échelle cercle tailles dans certains diagrammes d'Euler selon les tailles ou pas"

et

?venn.diagram

#Argument Venn Sizes    Class    Description
#scaled    2, 3         logical  Enable scaling for two-set and certain three-set Euler diagrams.

Un jouet exemple de mon code:

require(VennDiagram)

venn.plot <- draw.triple.venn(
    area1 = 70,
    area2 = 250,
    area3 = 500,
    n12 = 30,
    n23 = 60,
    n13 = 10,
    n123 = 5,
    category = c("C1", "C2", "C3"),
    fill = c("blue", "red", "green"),
    scaled=TRUE)

tiff(filename = "test.tiff", compression = "none",type = "quartz",antialias = "none")
grid.draw(venn.plot)
dev.off()

De même, ce code à l'aide de la " venn.diagramme de la fonction n'est pas de produire de la nécessaire mise à l'échelle:

venn.diagram(x=list(A=c(1:15,16:20), B=c(6:15,21:30,100:150), C=c(11:30,200:300)),
         filename="test.tiff",
         fill = c("blue", "yellow", "red"), scaled=TRUE)

Grâce v. beaucoup

Jim

OriginalL'auteur user1563570 | 2012-07-30

  1. 4

    Donc, pour répondre à ma propre question:
    pour certaines configurations, il est mathématiquement impossible de créer un
    l'échelle à 3 voies de Venn à l'aide de cercles.

    sur Biostars il y a un fil similaire en disant que c'est impossible. Avec les points de suspension, c'est possible. Avez-vous trouver un moyen pour dessiner à l'aide de R?

    OriginalL'auteur user1563570

  2. 3

    Général de mise à l'échelle pour les trois ensemble des diagrammes de Venn sont désactivés en raison du risque d'induire en erreur représentation visuelle des données

    S'il vous plaît essayez d'utiliser deux outils,

    http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
    http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

    Pour répondre à votre question, veuillez lire les notes suivantes:

    le point clé est de mettre en overrideTriple en tirer.triple.venn

    Euler diagrammes sont dessinés pour 19 cas spéciaux si euler.d == TRUE. Certains d'Euler diagrammes de faire usage de l'échelle, sep.dist, ou de compenser les arguments spécifiques aux deux-définir des diagrammes de Venn, le cas échéant. La fonction par défaut de placer les trois cercles dans une relation triangulaire avec deux ensembles sur le dessus et un dessous. Les cercles correspondent à euro1, euro2 et de la région 3 dans le sens horaire avec euro1 en haut à gauche. N. B. Générale de mise à l'échelle pour les trois ensemble des diagrammes de Venn sont désactivés en raison du risque d'induire en erreur représentation visuelle des données. Pour ré-activer, attribuer aucune valeur à la variable overrideTriple

    http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

    J'ai essayé la définition de cette variable et il ne fonctionne pas. J'ai couru à l'exemple de la question d'origine, avec et sans overrideTriple (je l'ai mis à TRUE) et le résultat était le même.

    OriginalL'auteur Shicheng Guo

  3. 1

    - Je utiliser Vennerable à la place. La lecture des données dans le Venn-objet est un peu compliqué, mais il génère pondérée/mis à l'échelle en trois diagrammes + options graphiques.

    Lien obsolète. Utiliser à la place: github.com/js229/Vennerable

    OriginalL'auteur Linner

  4. 1

    Si vous envisager une autre approche, nous avons développé le nVennR package avec d'autres formes de transmettre la région de tailles.

    mySVG <- plotVenn(list(A=c(1:15,16:20)), list(B=c(6:15,21:30,100:150)), list(C=c(11:30,200:300)))

    Quasi-proportionnelle diagramme de Venn

    Ce package R est préliminaire, et les options pour la sortie de contrôle sont très limitées. Nous travaillons sur une nouvelle version avec les commentaires que nous recevons. Il y a aussi un Version Web avec plus d'options, et la sortie peuvent toujours être modifiés avec des outils externes comme Inkscape.

    OriginalL'auteur vqf

  5. 0

    Ma solution:

    overrideTriple=T
draw.triple.venn(9, 20, 30, 2, 10, 3, 2, category =
               rep("", 3), rotation = 1, reverse = FALSE, euler.d = F, scaled = F)

    OriginalL'auteur atongsa