Moyenne des colonnes en R, à l'exclusion des AN

Je ne peux pas imaginer que je suis la première personne à cette question, mais je n'ai pas trouvé de solution pour le moment (ici ou ailleurs).

J'ai un peu de colonnes, que je tiens à la moyenne dans R. La seule peu difficile, c'est que certaines colonnes contiennent des NAs.

Par exemple:

Trait Col1 Col2 Col3
DF    23   NA   23
DG    2    2    2
DH    NA   9    9

Je veux créer un Col4 que la moyenne des entrées dans les 3 premières colonnes, en ignorant le NAs.
Donc:

 Trait Col1 Col2 Col3 Col4
 DF    23   NA   23   23
 DG    2    2    2    2
 DH    NA   9    9    9

Idéalement quelque chose de ce genre:

data$Col4 <- mean(data$Chr1, data$Chr2, data$Chr3, na.rm=TRUE)

mais il ne le fait pas.

source d'informationauteur mfk534

  1. 21

    Vous voulez rowMeans() mais surtout, remarque il a un na.rm argument que vous souhaitez définir pour TRUE. E. g.:

    > mat <- matrix(c(23,2,NA,NA,2,9,23,2,9), ncol = 3)
> mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]   23   NA   23
[2,]    2    2    2
[3,]   NA    9    9
> rowMeans(mat)
[1] NA  2 NA
> rowMeans(mat, na.rm = TRUE)
[1] 23  2  9

    Pour correspondre à votre exemple:

    > dat <- data.frame(Trait = c("DF","DG","DH"), mat)
> names(dat) <- c("Trait", paste0("Col", 1:3))
> dat
  Trait Col1 Col2 Col3
1    DF   23   NA   23
2    DG    2    2    2
3    DH   NA    9    9
> dat <- transform(dat, Col4 = rowMeans(dat[,-1], na.rm = TRUE))
> dat
  Trait Col1 Col2 Col3 Col4
1    DF   23   NA   23   23
2    DG    2    2    2    2
3    DH   NA    9    9    9