OS X package d'installation dépend de gfortran-4.8

Je suis en utilisant le système d'exploitation X devel version de R

R Under development (unstable) (2014-05-27 r65787)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

avec GNU Fortran (GCC) 4.2.3 (à partir de Simon du site) et la version 5.1.1 de Xcode est outils en ligne de commande.

Lors de la construction de la source, j'ai des erreurs comme:

gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
make: gfortran-4.8: No such file or directory

Je ne suis pas sûr de quoi faire ici. J'ai pu créer un alias pour la version que j'ai mais je ne sais pas si il a vraiment besoin de 4,8 ou pas.

Merci,

Max

Avez-vous vraiment besoin de R devel version?
Oui. CRAN mainteneurs presque toujours vous demander de construire et vérifier à l'aide d'une très récente version devel.
Vous pouvez utiliser le winbuilder service. Voir cran.r-project.org/web/packages/policies.html. Je l'utilise et il fonctionne.
Voir r.research.att.com/libs et cherchez gfortran-4.8.2. Pour l'installer, suivez les instructions à la fin de la page. Et regardez cette R-SIG-Mac mailinglist thread: stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2014-May/010894.html. Si vous avez un processeur Intel Core 2 Duo cette version de gfortran ne wotk.
Bha merci pour la réponse. J'ai déballé et il commence très bien (test avec gfortran-4.8 --version) mais maintenant obtenir l'erreur f951: internal compiler error: Abort trap: 6.
À la suite de la R-SIG-MAC lien que j'ai installé la version Snow leopard et il fonctionne très bien (même si j'ai quad-core Xeon)
Vous avez probablement fait quelque chose de réel ou de nombres double précision. Qu'est ce que j'ai mentionné dans mon post à la R-SIG-Mac liste de diffusion. Vous devriez maintenant aussi répondre à ce thread. Il devrait fonctionner sur un processeur quad-core Xeon aussi loin que je peux dire.
Selon cette page cran.r-project.org/web/checks/check_flavors.html les Mavericks version de R est construit avec gfortran 4.8.2 sur un quad-core Xeon. Si quelque chose n'est pas tout à fait droit. Faire de post sur le fil mentionné.
Je confirme, j'ai également rencontré un manque gfortran-4.8 sur OS 10.9. @Bha merci de poster votre commentaire est une réponse!

InformationsquelleAutor topepo | 2014-05-28

fortran r

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Type de ces deux lignes dans votre terminal, citation directe:
```
curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /
```
Il vous télécharger les gfortran pour Mavericks (qui est manquant dans votre système à l'heure actuelle) et les installer dans votre système. Au moins, cela a résolu le même problème pour moi

(Je suis en cours d'exécution à la fin de 2011 MacPro, Mavericks).
- Je reçois toujours manquant gfortran-4.8 lors de l'installation de igraph après ce. Il semble bien que /usr/local/bin est dans le CHEMIN d'accès dans la R de la session, le processus de compilation ignore cela et ne peut pas trouver gfortran-4.8.
- Cela fonctionne pour moi! (Mavericks)
- Cela a fonctionné parfait pour moi aussi. Ce n'est pas une Rstudio problème, depuis que j'ai rencontré l'erreur de l'installation de source de package à partir de la console. Cheers
- grande réponse. google+stackoverflow = problème résolu en 30 secondes
- Résout le problème pour moi (Yosemite)
- Actuellement, j'ai gfortran-5 est installé sur mon Mac (installé via homebrew, je crois)--utilisation de votre code pour le télécharger gfortran-4.8 la cause des problèmes en bas de la route?
- Oui, cela va provoquer des problèmes avec Homebrew; c'est un peu sophistiqué pour installer gfortran et va provoquer des conflits avec les Homebrew de la gcc formule.
- bouée de sauvetage......
- Problème gênant. Excellente solution. Merci!!!!!!
InformationsquelleAutor TheBigMike
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Modifier: maintenant, je pense que c'est mieux accomplie en utilisant Homebrew:
```
brew reinstall gcc48 --with-fortran
```
Alors que je pense que la procédure de travail, il n'est pas aussi propre. Cependant, je continue de recommander la configuration ~/.R/Makevars comme décrit ci-dessous.

À construire sur la réponse de @TheBigMike, j'ai utilisé la procédure suivante pour installer gfortran-4.8 aux côtés de homebrew, puis configuré R pour sélectionner ce compilateur fortran.

Tout d'abord, téléchargez et décompressez gfortran 4.8:
```
su admin
curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
mkdir /tmp/gfortran
tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /tmp/gfortran
```
Supprimer la gfortran fichier d'alias qui interfère avec l'homebrew:
```
rm /tmp/gfortran/usr/local/bin/gfortran
```
Installer gfortran 4.8
```
cp -r /tmp/gfortran/usr/local/ /usr/local
```
À dire R à utiliser gfortran 4.8, créez un fichier appelé ~/.R/Makevars:
```
mkdir -p ~/.R
touch ~/.R/Makevars
```
Ajouter la ligne suivante dans ~/.R/Makevars:
```
FLIBS=""
F77="gfortran-4.8"
FC="gfortran-4.8"
```
Maintenant redémarrer R. une Fois R a été redémarré, tous les paquets qui dépendent de fortran 4.8 devrait maintenant fonctionner. homebrew devrait être tranquille.
- Merci pour la réponse idéale. J'ai fatigué brew reinstall gcc48 --with-fortran, mais toujours une erreur: ld: library not found for -lgfortran. Cependant, lorsque j'ai suivi votre procédure ci-dessous, ça marche!!! brasser puis se plaint: Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib. Devrais-je m'en soucier?
- Ahah! Si j'ajoute FLIBS = "" à mon ~/.R/Makevars, le brew reinstall gcc48 --with-fortran méthode fonctionne.
InformationsquelleAutor Ian Dennis Miller
9

J'ai rencontré le même problème, mais sur la R Studio.
La suite travaillé pour moi, bien que j'ai dû réinstaller tous mes packages R après (note: la ré-installations a pris du temps et ressemble un peu a se passe, vous ne savez pas si elles ont été les mesures appropriées, l'utilisation à vos propres risques):

Téléchargez la dernière version R version Studio et ensuite suivantes dans le terminal:
brew install gcc brew update && brew reinstall r brew link --overwrite r
- La question de la demande spécifiquement au sujet de la R version développeur. Downvote de moi.
InformationsquelleAutor grantog
4

Ceci est expliqué bien en Rcpp FAQ, section 2.16. Fondamentalement, vous avez besoin pour installer gfortran (homebrew install gcc ou dans l'autre sens) et ensuite modifier Makeconf à point FLIBS à la fortran bibliothèques.

Ces ont été les étapes qui ont travaillé pour moi:
1. Installer gcc48 via homebrew
2. Assurez-vous que gfortran et gfortran-4.8 point pour le nouvellement installé les versions.
3. Commentaire le FLIBS variable dans /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf.
L'étape 3 était le plus important, car il est conçu pour fonctionner avec le gfortran qui est installé dans la façon @TheBigMike suggéré, c'est à dire par le téléchargement et l'extraction de l'archive gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2.
- Pourriez vous m'expliquer comment le numéro 3 est en fait exactement?
- Désolé, incontournable de la partie finale.
InformationsquelleAutor mpiktas
3

La suite a fonctionné pour moi sur OSX High Sierra et RStudio 1.1.423:
1. Installer gcc/gfortran via Homebrew: brew install gcc
2. Modifier /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf et remplacer toutes les instances de gfortran-4.8 avec gfortran
3. Également remplacer FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 avec FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/-lgfortran -lquadmath -lm.
4. Retenter l'installation du paquet.
- Cela a bien fonctionné pour se débarrasser de l'fortran erreur pour moi, mais est à l'origine de la compilation à l'échec pour les autres (divers) raisons pour tout ce que j'ai essayé. MacOS High Sierra, R version 3.3.3
- Il a travaillé pour moi. Gcc via Homebrew était déjà installé sur mon ordinateur portable (donc j'ai sauté l'étape 1), ce qui manquait était la bonne configuration dans le Makeconf fichier.
InformationsquelleAutor Emaad Ahmed Manzoor
1
1. Installer gcc/gfortran via Homebrew: brew install gcc
2. Assurez-vous de remplacer ce n'est pas fait automatiquement: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf et remplacer toutes les instances de gfortran-4.8(ou plusieurs) avec gfortran
3. Remplacer FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm à
  FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/-lgfortran -lquadmath -lm
4. Réinstaller le paquet pour moi a été robustbase qui a été requis par fpc bibliothèque
InformationsquelleAutor dguardia
1

Eu le même problème et trouvé une déclaration dans la R cran site (https://cran.ism.ac.jp/) Dans le dernier OSX comme la High Sierra, quelques libs ne sont pas inclus et ceux-ci doivent être installés. La page de bien vouloir explique cette, citant

Important: cette version utilise le Clang 6.0.0 et GNU Fortran 6.1, ni
de ce qui est fourni par Apple. Si vous souhaitez compiler R forfaits à partir de
sources, vous aurez besoin de télécharger et d'installer ces outils - voir le
outils répertoire.

J'ai résolu les problèmes (manque gfortran etc.) avec l'application de la deux packages suivants, ici.
1. clang-6.0.0.pkg (OS X 10.11+, signé, 64-bit)
  MD5 hash: c29700c4e7b2914073ef7e741eb105bc
  (ca. 418Mb)
2. gfortran-6.1.pkg (OS X 10.11+, signé, 64-bit)
  MD5 hash: 201026216e8b373d9cd2efc0cc474bb8
  (ca. 73Mb)
InformationsquelleAutor Tsuney
0

Version mise à jour de RStudio (Version 0.98.1091) semble résoudre ce problème.
- Cela devrait être posté un commentaire plutôt comme une réponse. Ou s'il vous plaît à liste de fournir une source (note de version qui dit quelque chose sur le bug, etc)
- J'ai eu cette erreur avec 0.99, si cela ne semble pas être fixe (sauf si on est revenu la correction).
InformationsquelleAutor Brian Mac Namee
-1

L'installation de gcc via homebrew me donner gfortran:
```
brew install gcc
```
Alors:
```
$which gfortran
/usr/local/bin/gfortran
```
- Le comman appels gfortran-4.8, pas gfortran.
InformationsquelleAutor Zach

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