Où R magasin de packages?

La install.packages() fonction dans R est l'utilitaire de décompression automatique qui obtient et installer les paquets dans R.

  1. Comment puis-je savoir ce répertoire R a choisi de stocker les paquets?

  2. Comment puis-je modifier le répertoire dans lequel R magasins et accède à des paquets?

InformationsquelleAutor Milktrader | 2010-04-10
  1. 210

    L'installer.paquets de commande recherche par le biais de la .libPaths variable. Voici ce que le mien est par défaut sur OSX:

    > .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library"

    Je n'ai pas installer les paquets par défaut, je préfère les avoir installés dans mon répertoire home. Dans mon .Rprofile, j'ai cette ligne:

    .libPaths( "/Users/tex/lib/R" )

    Ceci s'ajoute le répertoire "/Users/tex/lib/R" sur le devant de la .libPaths variable.

    • c'est ce que j'aimerais faire, mais comment puis-je accéder à et de .Rprofile? L'invite de ne pas le reconnaître comme un objet ou une fonction
    • C'est un fichier. Encore une fois, lisez le manuel approprié, et/ou de l'aide(de Démarrage).
    InformationsquelleAutor James Thompson
  2. 39

    C'est documenté dans le "R de l'Installation et de la gestion" manuel fourni avec votre installation.

    Sur mon Linux:

    R> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
[3] "/usr/lib/R/library"           
R>

    ce qui signifie que le chemin d'accès par défaut est le premier de ces. Vous pouvez remplacer que par le biais d'un argument à la fois install.packages() (de l'intérieur R) ou R CMD INSTALL (hors R).

    Vous pouvez aussi remplacer par la définition de la R_LIBS_USER variable.

    • J'ai un ordinateur Windows Vista, mais en supposant que la même procédure existe, avez-vous de spécifier le répertoire dans l'installation.les packages() argument de la liste avec le nom du package?
    • Avez-vous découvert l'aide d'installer.paquets)' encore? Voir également 'l'aide de(Démarrage) pour mon dernier commentaire. Et faire lire ces manuels. Enfin, sur *doze j'ai tendance à tout simplement définir R_LIBS="C:/opt/R/library" dans un fichier .Renviron. Je sais que vous allez demander à ce sujet aussi, afin de ne lire l'aide(de Démarrage). Ok? 😉
    • J'ai une douzaine de R manuels sur mon Kindle (y compris les 3 000+ page) et n'était pas au courant du Démarrage du fichier d'aide. J'ai lu les manuels et a frappé une impasse. Allez savoir, c'était une simple réponse tout au long de. Dois-je perdre des points pour RTFM questions <- je n'ai pas beaucoup à perdre. Merci encore Dirk. Rendez-vous à R/Finances la semaine prochaine. Rampe sur la R des compétences du mieux que je peux, donc je n'ai pas saupoudré pendant les présentations.
    • Le 3000+ page est une compilation de toutes l'aide de la page -- la moins utile. Le aforemention d'Installation et d'Admin " devrait être très utile pour ce que vous êtes après ici.
    • est-t-il un équivalent moyen de trouver ces à partir de la ligne de commande bash? c'est à dire, une variable d'environnement qui spécifie l'endroit où la R bibliothèques sont installées si $R_LIBS et $R_LIBS_USER ne sont pas ensemble? (Je veux être en mesure d'exécuter un script R dans le inst/ répertoire d'un paquet installé) sur tout système Unix.
    • Bulle le problème: définir R_LIBS / R_LIBS_USER ailleurs à la fois votre script et R peuvent accéder, peut-être ~/.bashrc ou /etc/environment.
    • J'ai découvert la manière dure que le répertoire R_LIBS_USER doit exister pour être utilisé.

    InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
  3. 9

    Merci pour l'orientation de la droite au-dessus de deux answerers. James Thompson suggestion qui a le mieux fonctionné pour les utilisateurs de Windows.

    1. Allez où votre R programme est installé. C'est dénommé R_Home dans la littérature. Une fois que vous trouver, allez à l' /sous-répertoire etc.

      C:\R\R-2.10.1\etc

    2. Sélectionnez le fichier dans ce dossier nommé Rprofile.site. Je l'ai ouvert avec VIM. Vous trouverez c'est un bare-bones fichier avec moins de 20 lignes de code. J'ai inséré le texte suivant à l'intérieur le code:

      # my custom library path
.libPaths("C:/R/library")

      (Le commentaire ajouté à garder une trace de ce que j'ai fait pour le fichier.)

    3. Dans R, taper le .libPaths() fonction des rendements de la première cible à C:/R/Library

    REMARQUE: il y a probablement plus d'une façon d'atteindre cet objectif, mais d'autres méthodes que j'ai essayé ne fonctionne pas pour une raison quelconque.

    • J'ai copier collé la ligne .libPaths=("C:/R/library") à mon Rprofile.site fichier. Je lance R 2.13.1 64 bits et obtiens cette erreur: Erreur: impossible de modifier la valeur de verrouillé de liaison pour '.libPaths' je suis avec Windows 7.
    • Voir Dave réponse: il doit être .libPaths("...") (un appel, et non une cession).
    InformationsquelleAutor Milktrader
  4. 0

    Vous ne voulez pas que le '='

    Utilisation .libPaths("C:/R/library") en vous Rprofile.site fichier

    Et assurez-vous que vous avez la bonne " symbole (Maj-2)

    InformationsquelleAutor Dave