Où sont les vertex des noms dans un iGraph graphique

Mon problème est que je lâche le sommet noms /étiquettes (pas sûr du mot juste ici) lors de la génération d'un graphique à l'aide de iGraph.

J'ai un avantage liste IC_edge_sub d'un réseau bipartite, qui se présente comme suit:

  new_individualID new_companyID
1             <NA>     10024354c
3        10069415i      2020225c
4        10069415i     16020347c
5        10069272i      2020225c
6        10069272i     16020347c
7        10069274i      2020225c

J'ai ensuite créer un élément du graphique:

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types = 
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

L'effondrement d'identifier les connexions entre companyIDs

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types =   
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

Et ensuite obtenir la matrice de contiguïté:

CC_matrix_IC_based <- get.adjacency(CC_graph_IC_based); CC_matrix_IC_based

Dans iGraph nœud de numérotation commence à zéro et donc aussi la matrice de nommage commence à zéro. Cependant, je serait plutôt aujourd'hui besoin de la "new_companyID", comme indiqué dans la colonne 2 de la edgelist dans l'éventuelle CC_matrix_IC_based de la matrice.

Pouvez-vous m'aider comment utiliser le formulaire de renseignements sur l'origine edgelist de mettre en rownames et colnames dans l'éventualité d'une matrice de contiguïté?

Je l'ai googlé et recherché de la pile de flux, mais on ne peut pas vraiment trouver un travail de réponse. Merci beaucoup pour votre aide

grâce à Andrie pour l'édition. Je n'avais pas vu les problèmes de mon écriture créée. Vraiment l'apprécier.

OriginalL'auteur Henning Piezunka | 2012-06-08

  1. 24

    Vertex noms sont généralement stockés dans un sommet attribut nommé name dans igraph. Donc, si votre graphique est stockée dans la variable g, alors vous pouvez utiliser V(g)$name pour récupérer les noms de tous les sommets.

    malheureusement, cela ne fonctionne pas dans mon cas. J'ai simplement obtenir NULL dos. Trop mauvais. Toutes les idées alternatives par hasard. Désolé, mais je suis vraiment tuck.
    Comment obtenir la relation du numérique sommet id et le nom?

    OriginalL'auteur Tamás

  2. 1

    Je sais, assez présomptueux pour répondre à ses propres questions.

    Je pense que j'ai résolu. La question clé est de savoir que je n'avais pas enregistré les noms lors de la génération du graphe. Grâce à Tamas. Sans lui répondre, je n'aurais pas compris. Par la suite j'ai eu besoin pour s'assurer de ne pas perdre les données. Dans la suite de la solution globale:

      # Subsetting /triangulating data for selected games
      GC_edge_sub <- subset (GC_edge, mb_titleID %in% loggames_yearly_sample$mb_titleID)
      GC_edge_sub <- subset(GC_edge_sub, select=c("new_titleID", "new_companyID"))
      head(GC_edge_sub)

  # Generating the vertex names
      vertex_new_companyID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_companyID))
      vertex_new_titleID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_titleID))
      vertex <- rbind(vertex_new_companyID,vertex_new_titleID)

  # Creation of GC_twomode
    GC_twomode <- graph.data.frame(GC_edge_sub, vertices = vertex)
    GC_projected_graphs <- bipartite.projection(GC_twomode, types = is.bipartite(GC_twomode)$type)
    GC_matrix_GC_based <- get.adjacency(GC_twomode)
    dim(GC_matrix_GC_based)

  # Collapsing the matrix
      # Be aware that if you use the classical command # CC_graph_GC_based <- GC_projected_graphs$proj2 it collapses, but looses the colnames and rownames
      # I thus a) create a subset of the adjacency matrix and b) create the lookef for matrix by multiplication    
        rowtokeep <- match(vertex_new_companyID$names,colnames(GC_matrix_GC_based))
        coltokeep <- match(vertex_new_titleID$names,rownames(GC_matrix_GC_based))
        GC_matrix_GC_based_redux <- GC_matrix_GC_based[rowtokeep,coltokeep]
    # We now have a CG matrix.Let's build from this a GG matrix.
        CC <- GC_matrix_GC_based_redux %*% t(GC_matrix_GC_based_redux)

    OriginalL'auteur Henning Piezunka