Parcelle de catégories de données à l'aide de R

J'ai une liste de protéines noms(P1,P2,...,Pn) et ils sont classés en trois différents niveaux d'expression de Haut(H), moyen(M) et Faible(L) mesurées dans les trois conditions expérimentales (Exp1,Exp2, et Exp3).
Parcelle de catégories de données à l'aide de R

Je souhaite faire un terrain comme indiqué dans la partie inférieure de la figure, avec le nom de l'protéines à gauche et le nom de l'expériences dans le haut et élevé, moyen et faible catégories sont indiquées en Rouge,vert et bleu respectivement.

Je suis nouveau sur R, je serais bien reconnaissant de toute aide.

Merci d'avance

OriginalL'auteur WoA | 2011-04-22

  1. 7

    Vous pouvez créer un fichier avec les données de formaté comme ceci (séparateur: tabulation):

    pv   exp  val
1    1    H
2    1    L
3    1    L
4    1    M
1    2    H
2    2    H
3    2    M
4    2    H
1    3    L
2    3    L
3    3    L
4    3    M

    Et utilisé les commandes suivantes pour saisir et de les indiquer:

    mat <- read.table(file.choose(),header=T) # lire le fichier dans la mémoire

    attach(mat) # carte les noms d'en-tête pour les noms de variables

    plot(pv~exp,col=val) # tracer les catégories les unes contre les autres et d'utiliser val (H,M,L) que la gamme de couleurs. R va assigner les valeurs de couleurs sur son propre. Vous pouvez également créer une gamme de couleurs à l'aide de la val de la matrice de traduire (H,M,L) (Bleu,Rouge,Vert)... mais il y a d'autres documents pour qu'.

    Il est plus sûr à utiliser avec() que l'usage de la attach(): avec(tapis, de la parcelle(pv~exp,col=val) )
    Vous utilisez une formule, de sorte que alimentation argument de données au lieu de() ou attach().
    merci pour le code
    Vous êtes les bienvenus, veuillez-vote de ma réponse, si vous l'aimez.

    OriginalL'auteur Damian

  2. 5

    Ici est une approche qui utilise une partie de la magie de la ggplot2 et reshape2 paquets.

    D'abord, recréer les données dans le format que vous avez décrit:

    df <- data.frame(
    P    = paste("P", 1:4, sep=""),
    Exp1 = c("L", "H", "L", "M"),
    Exp2 = c("M", "M", "L", "H"),
    Exp3 = c("H", "L", "L", "M"))

    Ensuite, charger les packs complémentaires:

    library(reshape2)
library(ggplot2)

    Ensuite, utilisez melt() convertir vos données de grand format grand format. La variable id est "P", et nous dire à la fonction pour renommer la "variable", "Exp":

    mdf <- melt(df, id.vars="P", variable="Exp")

    Parce que la L - M - H a sémantiques commande, nous utilisons la ordered paramètre de factor() pour les informer de la R de cet ordre:

    mdf$value <- factor(mdf$value, levels=c("H", "M", "L"), ordered=TRUE)

    Enfin, nous sommes prêts pour tracer vos données:

    ggplot(mdf, aes(x=Exp, y=P, colour=value)) + 
    geom_point(size=3) + 
    scale_colour_manual(value=c("red", "green", "blue")) +
    xlab("") + 
    ylab("")

    Parcelle de catégories de données à l'aide de R

    merci beaucoup andrie

    OriginalL'auteur Andrie