Posthoc étiquettes sur l'analyse de la variance boîte à moustaches dans la R

Si j'ai des données et de faire une ANOVA et des tests post-hoc, comment faire une boîte à moustaches qui ajoute de la post-hoc de classification automatiquement, plutôt que d'avoir à modifier le chiffre à l'extérieur de la R?

Par exemple, voici quelques données pour commencer:

install.packages("reshape", dependencies=T)
library(reshape)

x <- rnorm(30)
y <- rnorm(30)+1
z <- rnorm(30)+0.5

data.1 <- data.frame(x, y, z)
data.2 <- melt(data.1)

Voici le code pour l'exécution d'un simple one-way ANOVA et tous les imprévus de comparaison de tests post-hoc:

linear.model <- lm(value~variable, data=data.2)
anova(linear.model)

# Analysis of Variance Table
# Response: value
#           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)   
# variable   2 10.942  5.4710  5.8628 0.004087 **
# Residuals 87 81.185  0.9332     

TukeyHSD(aov(linear.model))

# Tukey multiple comparisons of means
# 95% family-wise confidence level
# Fit: aov(formula = linear.model)
# $variable
          # diff        lwr        upr     p adj
# y-x  0.8344105  0.2396705 1.42915051 0.0034468
# z-x  0.2593612 -0.3353788 0.85410126 0.5539050
# z-y -0.5750493 -1.1697893 0.01969078 0.0602975

À ce point, je veux classer x dans le groupe "a", y dans le groupe "b" et z dans le groupe "a,b". Je peux faire une boîte à moustaches, mais comment voulez-vous de les annoter avec les lettres?

boxplot(value~variable, data=data.2)

OriginalL'auteur user1006644 | 2011-10-21

  1. 6

    Si vous n'avez pas l'esprit en utilisant le package ggplot2, voici comment je ferais la figure:

    D'abord, ajouter une colonne à votre bloc de données (des données.2) avec les étiquettes de texte:

    data.2$posthoc[data.2$variable == "x"] <- "a"
data.2$posthoc[data.2$variable == "y"] <- "b"
data.2$posthoc[data.2$variable == "z"] <- "a,b"

    Installer et charger le package ggplot2:

    install.packages("ggplot2", dependencies=T)
library(ggplot2)

    À comprendre le code de la figure, je vais le construire par étapes. D'abord juste tracer le moyen pour chacun des trois groupes:

    qplot(data=data.2,
    x = variable,
    y = value,
    stat = "summary",
    fun.y = "mean",
    geom = c("point")
    )

    Ensuite, ajoutez les étiquettes de texte:

    qplot(data=data.2,
    x = variable,
    y = value,
    stat = "summary",
    fun.y = "mean",
    label = posthoc,
    vjust = -12,
    geom = c("point", "text")
    )

    Enfin, ajouter la boîte à moustaches geom et de la nettoyer un peu:

    qplot(data=data.2,
    x = variable,
    y = value,
    stat = "summary",
    fun.y = "mean",
    label = posthoc,
    vjust = -12,
    ylim = c(-1, 3.5),
    geom = c("point", "text"),
    main="ggplot2 ANOVA boxplot"
    ) + 
    geom_boxplot(aes(fill=posthoc)) + 
    theme_bw()

    Posthoc étiquettes sur l'analyse de la variance boîte à moustaches dans la R

    Qui fonctionne! Est-il un moyen de faire la même annotation dans la base de R graphique?
    Oui, par exemple, text(x=1:3, y=3, c("a", "b", "b, c")) après la boxplot fonction.
    Merci James & RCS!

    OriginalL'auteur James Waters

  2. 2

    Ce serait plus simple

    library(reshape)

x <- rnorm(30)
y <- rnorm(30)+1
z <- rnorm(30)+0.5

data.1 <- data.frame(x, y, z)
data.2 <- melt(data.1)
data.2$newgroup = factor(data.2$variable,labels=c("a","b","ab")) # only line added
boxplot(value~newgroup, data=data.2)
    Merci Dieter, c'est utile!

    OriginalL'auteur Dieter Menne