Pourquoi le système est-il temps CPU (% sy) de haut?

Je suis en cours d'exécution d'un script qui se charge de gros fichiers. J'ai couru le même script dans un seul core OpenSuSe serveur et PC quad core. Comme prévu dans mon PC, il est beaucoup plus rapide que dans le serveur. Mais, le script ralentit le serveur et il est impossible de faire autre chose.

Mon script est

for 100 iterations
Load saved data (about 10 mb)

temps myscript (PC)

real    0m52.564s
user    0m51.768s
sys    0m0.524s

temps myscript (dans le serveur)

real    32m32.810s
user    4m37.677s
sys    12m51.524s

Je me demande pourquoi "sys" est si élevé lorsque j'exécute le code dans le serveur. J'ai utilisé la commande top pour vérifier la mémoire et le processeur.
Il semble qu'il est encore libre de la mémoire, de sorte que la permutation n'est pas la raison. % sy est si élevé, c'est probablement la raison pour laquelle la vitesse du serveur, mais je ne sais pas ce qui est à l'origine de % sy si haut. Le processus qui utilise le plus fort pourcentage de CPU (99%) est "myscript". %wa est égal à zéro dans la capture d'écran, mais parfois, il devient très élevé (50 %).

Lorsque le script est en cours d'exécution, la charge moyenne est supérieure à 1, mais n'ont jamais vu pour être aussi élevé que 2.

J'ai aussi vérifié mon disque:

strt:~ # hdparm -tT /dev/sda

/dev/sda:
 Timing cached reads:   16480 MB in  2.00 seconds = 8247.94 MB/sec
 Timing buffered disk reads:   20 MB in  3.44 seconds =   5.81 MB/sec

john@strt:~> df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda2       245G  102G  131G  44% /
udev            4.0G  152K  4.0G   1% /dev
tmpfs           4.0G   76K  4.0G   1% /dev/shm

J'ai vérifié ces choses, mais je ne suis toujours pas sûr de ce qu'est le vrai problème dans mon serveur et comment le résoudre. Quelqu'un peut-il identifier une raison probable de la lenteur? Quelle pourrait être la solution?
Ou est-il autre chose que je dois vérifier?

Merci!