Python SciPy besoin BLAS?

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError: 
    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
    Directories to search for the libraries can be specified in the
    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
    the BLAS environment variable.

Qui goudron ai-je besoin de télécharger à partir de ce site?

J'ai essayé de fortrans, mais je reçois ce message d'erreur (après la définition de la variable d'environnement bien évidemment).

  • La question est donc quelle est la bonne version pour votre système afin de télécharger à partir de certains sites, mais ni les détails du système, ni le site sont donnés dans la question? Il n'est pas surprenant qu'aucune réponse n'était à venir.
InformationsquelleAutor jdborg | 2011-09-21
  1. 141

    La SciPy page web utilisé pour fournir de construction et d'installation instructions, mais les instructions qui s'y reposent maintenant sur les OS des distributions binaires. Pour construire SciPy (et NumPy) sur des systèmes d'exploitation sans paquets précompilés les bibliothèques requises, vous devez construire et ensuite lier statiquement à la Fortran bibliothèques BLAS et LAPACK:

    mkdir -p ~/src/
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar xzf blas.tgz
cd BLAS-*

## NOTE: The selected Fortran compiler must be consistent for BLAS, LAPACK, NumPy, and SciPy.
## For GNU compiler on 32-bit systems:
#g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f                     # with g77
#gfortran -O2 -std=legacy -fno-second-underscore -c *.f    # with gfortran
## OR for GNU compiler on 64-bit systems:
#g77 -O3 -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f                     # with g77
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f    # with gfortran
## OR for Intel compiler:
#ifort -FI -w90 -w95 -cm -O3 -unroll -c *.f

# Continue below irrespective of compiler:
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o
export BLAS=~/src/BLAS-*/libfblas.a

    Exécuter seul des cinq g-77/gfortran/ifort commandes. J'ai commenté tous, mais le gfortran que j'utilise. Le subséquente LAPACK installation nécessite un Fortran 90 compilateur, et depuis les deux installations doivent utiliser le même compilateur Fortran, g77 ne doit pas être utilisé pour BLAS.

    Ensuite, vous aurez besoin pour installer le LAPACK choses. Le SciPy de la page instructions m'a aidé, mais j'ai dû le modifier pour l'adapter à mon environnement:

    mkdir -p ~/src
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzf lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc          # On Linux with lapack-3.2.1 or newer
make lapacklib
make clean
export LAPACK=~/src/lapack-*/liblapack.a

    Mise à jour le 3-Sep-2015:
    Vérifié certains commentaires aujourd'hui (merci à tous): Avant d'exécuter make lapacklib modifier le make.inc fichier et ajouter -fPIC option pour OPTS et NOOPT paramètres. Si vous êtes sur une architecture 64 bits ou voulez compiler pour un, également ajouter -m64. Il est important que les BLAS et LAPACK sont compilés avec ces options, les mêmes valeurs. Si vous oubliez le -fPIC SciPy sera effectivement vous donner une erreur sur les symboles manquants et recommandons cet interrupteur. La section spécifique de la make.inc ressemble à ça dans ma configuration:

    FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive -fPIC -m64
LOADER   = gfortran

    Sur des machines anciennes (par exemple, RedHat 5), gfortran peut être installé dans une ancienne version (par exemple 4.1.2) et ne comprend pas l'option -frecursive. Tout simplement le supprimer de la make.inc fichier dans de tels cas.

    La lapack la cible de test du Makefile échoue dans ma configuration car il ne peut pas trouver les bibliothèques blas. Si vous êtes approfondie, vous pouvez déplacer temporairement la bibliothèque blas à l'emplacement spécifié pour tester les lapack. Je suis une personne paresseuse, donc je fais confiance aux devs d'avoir de travail et vérifier que dans SciPy.

    • Il n'y a pas de libfblas dans blas.tgz si.
    • A fonctionné pour moi, mais j'ai dû modifier le make.inc fichier en paramètre OPTS = -O2 -fPIC et NOOPT = -O0 -fPIC.
    • il est apparemment appelé tout à l'liblapack.un maintenant
    • J'ai dû ajouter de l'-m64 options pour les territoires palestiniens occupés et NOOPT paramètres dans le faire.fichier inc. Seulement vous êtes sur un ordinateur 64 bits, bien sûr.
    • Pour ceux qui ont commencé hier à downvote, j'aimerais savoir pourquoi. Downvotes ne doit pas être donné juste parce que vous aimez une autre réponse plus que cela. Ils doivent être donné si cette réponse est en fait incorrect ou n'a pas répondu à la question. Veuillez préciser. Sinon, les downvotes ne sont pas utiles.
    • +1 merci Beaucoup pour cette! Aussi, pour scipy, j'ai eu à faire export LAPACK=~/src/lapack-3.5.0/ au lieu d'ajouter le libflapack.a à la fin.
    • Le scipy site n'héberge plus de ces instructions, donc cette recette est d'une valeur inestimable. Pour ceux sur un récent redhat/fedora/centos distro, la nouvelle procédure est sudo yum install -y "@Development Tools" gcc-gfortran blas-static lapack-static numpy-f2py numpy scipy && pip install --upgrade scipy
    • J'avais besoin d'une bibliothèque partagée, donc voici la commande que j'ai utilisé pour libblas: gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -o libblas.so.3 -shared -Wl,-soname=libblas.so.3 *.f
    • Noter qu'au début de la make processus de sélectionner quelques-uns, les fichiers sont compilés avec des options différentes. Pour compiler ces fichiers correctement, modifier make.inc et changement de LOADER = gfortran -fPIC.

    InformationsquelleAutor cfi
  2. 327

    Si vous avez besoin d'utiliser les versions les plus récentes de SciPy plutôt que la version de paquet, sans passer par les tracas de la construction de BLAS et LAPACK, vous pouvez suivre la procédure ci-dessous.

    Installer algèbre linéaire bibliothèques de dépôt (pour Ubuntu),

    sudo apt-get install gfortran libopenblas-dev liblapack-dev

    Puis installer SciPy, (après avoir téléchargé le SciPy source): python setup.py install ou

    pip install scipy

    Selon le cas.

    • Cela a fonctionné pour moi, tks! Bien que j'ai dû changer libopenblas-dev à libblas-dev (Ubuntu 10.04).
    • a parfaitement fonctionné pour moi la course à la Menthe 13 ( précis de la fourche ).Vous devez télécharger la source séparément, si vous utiliser easy_install -U #mise à jour
    • Il a fonctionné parfaitement. Je n'ai pas eu à faire quelque chose de différent dans mon cas (ubuntu 12.0.4)
    • J'ai toujours fatal error: Python.h: No such file or directory
    • sudo apt-get install python-dev il fixe. stackoverflow.com/a/21530768/125507
    • sudo yum install blas-devel lapack-devel a fonctionné pour moi
    • sudo yum install blas-devel lapack-devel nécessaires sur RedHat ou CentOS.
    • sudo pip3 installer scipy (je suis sur Ubuntu 15.04, Python 3.4.3)
    • Peut-être parce que la question ne dit rien sur Ubuntu?

    InformationsquelleAutor AIB
  3. 66

    Sur Fedora, cela fonctionne: 

     yum install lapack lapack-devel blas blas-devel
 pip install numpy
 pip install scipy

    N'oubliez pas d'installer 'lapack-devel " et " blas-devel' en plus de 'blas" et "lapack' sinon vous obtenez le message d'erreur que vous avez mentionnés ou le "numpy.distutils.system_info.LapackNotFoundError d'erreur".

    • Il dit: "la clé publique de blas-dev.." n'est pas installé. 🙁
    • Utiliser "yum --nogpgcheck installer blas-devel"
    • blas-static & lapack-static ont été nécessaires pour me sur fedora 20.
    • Merci!!!! Cela a fonctionné pour moi sur mon AWS EC2 d'Amazon machine Linux.
    • Cela ne fonctionne pas pour une virtualenvironment bien, c'est-à défaut, à moins que j'utilise sudo pour le pip install. Des idées?
    InformationsquelleAutor Muneeb Ali
  4. 44

    Je suppose que vous parlez de l'installation de Ubuntu. Utilisez simplement: 

    apt-get install python-numpy python-scipy

    Qui devrait prendre soin de la BLAS bibliothèques de la compilation ainsi. Sinon, la compilation des bibliothèques BLAS est très difficile.

    • bâtiment BLAS et LAPACK sont notoirement difficiles. Il est beaucoup plus facile de compiler et de noyaux d'installation à partir de zéro que de la compilation de ces deux damnés paquets à mon humble avis.
    • J'ai compris comment faire cela sur mon système Debian. Devrait fonctionner pour Ubuntu ainsi. check this out: ydevel.tumblr.com/post/37462965735/... [AVERTISSEMENT: je suis l'auteur du post]
    • Il est en effet difficile, mais j'ai réussi à construire ensemble python (Amovibles) + Lapack + ATLAS (Mieux que BLAS) Scipy , Scikit, Maplotlib , NetworkX , et beaucoup d'autres Dépendances . L'ensemble de mon dossier d'Exécution maintenant 900 MO (Python , Perl , Java inclus aussi) haha,. Mais qui rend mes projets totalement déplacé avec son propre moteur d'exécution dans un dossier. Laissez-moi savoir si vous en avez besoin. Beaucoup mieux que Virtualenv.
    • en effet, vous devez être en mesure d'utiliser pip install scipy ou de le construire à partir de la source dans un environnement virtuel.
    InformationsquelleAutor Vishwanath
  5. 12

    Pour les utilisateurs de Windows il y a un beau paquet binaire par Chris (attention: c'est un joli téléchargement volumineux, 191 MO):

    InformationsquelleAutor jmunsch
  6. 2

    Suivant les instructions données par " ami " qui fonctionne pour moi, bien que, il ya quelques morceaux pour elles, que vous pourriez avoir besoin:

    1) Votre lapack répertoire, après décompression, peut être appelé lapack-X-Y (certains le numéro de version), de sorte que vous pouvez renommer que de LAPACK. 

    cd ~/src
mv lapack-[tab] LAPACK

    2) Dans ce répertoire, vous devrez peut-être faire:

    cd ~/src/LAPACK 
cp lapack_LINUX.a libflapack.a
    InformationsquelleAutor RickG
  7. -3

    Essayez d'utiliser 

    sudo apt-get install python3-scipy
    InformationsquelleAutor 李华强