Quelle est la meilleure façon d'utiliser R scripts en ligne de commande (terminal)?

C'est très pratique d'avoir R des scripts pour faire simple parcelles à partir de la ligne de commande. Toutefois, l'exécution de la R de scripts bash n'est pas pratique du tout. L'idéal pourrait être quelque chose comme

#!/path/to/R
...

ou

#!/usr/bin/env R
...

mais je n'ai pas été en mesure de faire l'une de ces travaux.

Une autre option est de garder les scripts purement dans R, par exemple script.R, et en l'invoquant avec R --file=script.R ou similaire. Toutefois, à l'occasion d'un script va s'appuyer sur d'obscurs commutateurs de ligne de commande à quel point la partie du code qui existe à l'extérieur du script. Exemple: se faufiler choses dans la R de bash par l'intermédiaire d'un local .Rprofile, le désiré des commutateurs sont alors tout --vanilla implique sauf --no-init-file.

Une autre option est un script bash pour stocker les R drapeaux et être facilement exécutable, qui appelle le script R. Le problème est que cela signifie un seul programme a juste obtenu divisé en deux fichiers qui doivent désormais être conserver la synchronisation, transféré à de nouvelles machines, etc.

L'option actuellement, je les méprise, du moins, est l'intégration de la R dans un script bash:

#!/bin/bash
... # usage message to catch bad input without invoking R
... # any bash pre-processing of input
... # etc
R --random-flags <<RSCRIPT
# R code goes here
RSCRIPT

Tout est dans un seul fichier. Il est exécutable et gère facilement les arguments. Le problème est que la combinaison de bash et R comme ce joli beaucoup élimine la possibilité de tout IDE pas de défaut sur l'un ou l'autre, et rend mon cœur blessé vraiment mal.

Est-il une meilleure façon que je suis absent?

InformationsquelleAutor blahdiblah | 2009-04-15
  1. 126

    Contenu de script.r:

    #!/usr/bin/env Rscript

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
message(sprintf("Hello %s", args[1L]))

    La première ligne est la ligne shebang. Il est préférable d'utiliser /usr/bin/env Rscript au lieu de coder en dur le chemin d'accès à votre R installation. Sinon, vous risquez votre script de rupture sur d'autres ordinateurs.

    Prochain, le rendre exécutable en ligne de commande):

    chmod +x script.r

    Invocation de la ligne de commande:

    ./script.r world
# Hello world
    • Oui, je pense que c'est "officiel" de la façon de le faire.
    • Et en cours d'exécution Rscript --help à partir de la ligne de commande liste de beaucoup d'options utiles qui peuvent être ajoutés à l'arborescence, comme --vanilla.
    • Citons également la commandArgs de la fonction et de la getopt et optparse paquets pour l'analyse de la ligne de commande. De sorte que les arguments et les options peuvent également être transmises à vos scripts lors de l'exécution de la ligne de commande.
    • Notez que cela ne fonctionne que si #!/usr/bin/Rscript (qui est pas la pratique standard pour R les scripts).
    InformationsquelleAutor
  2. 16

    Essayer littler. littler offre de hachage-bang (c'est à dire de script commençant par #!//chemin de la capacité pour GNU R, ainsi que de ligne de commande simple et de la tuyauterie d'utilisation.

    InformationsquelleAutor Jouni K. Seppänen
  3. 10

    Miguel Sanchez réponse est la façon dont il devrait être. L'autre façon de l'exécution de Rscript pourrait être " env " commande à exécuter un vaste système de RScript.

    #!/usr/bin/env Rscript
    • Pas "à l'échelle du système", mais plutôt env vous permettra de lancer la première Rscript trouvé dans votre propre $PATH, permettant ainsi à l'un de réellement exécuter quelque chose de autres que l'ensemble du système par défaut/ Rscript (qui ne peut pas être installé dans /usr/whatever). Je vous conseille d'utiliser env pour R et Rscript choses, depuis, en particulier, ne peuvent pas être installés dans des endroits standard. (Ordinaire bash scripts peuvent toutefois généralement en toute sécurité, utilisez toujours #!/bin/bash.)
    • Non, vous vous trompez concernant Bash, et c'est dangereux de conseils. La seule chose qui peut être en toute sécurité codé en dur est /bin/sh. Tout le reste doit utiliser env de recherche. En particulier, le plus souvent Bash est obsolète sur des clusters de calcul et les utilisateurs disposent de leurs propres installations (généralement dans ~/.local/bin, ou partagée dans quelque chose comme un /software montage NFS). De même, sur macOS, /bin/bash est toujours obsolète en raison de problèmes de licence, et une mise à jour de Bash est le plus souvent situé à /usr/local/bin/bash (je me rends compte que votre commentaire est de 3 ans, mais c'est assez important).
    • Non, désolé, ce n'est tout simplement pas vrai. Vous avez une solide opinion sur la question, cependant, de sorte que je ne vais pas débattre de la question. Si vous utilisez /bin/sh est, dans tous les cas, pas aussi "dangereux", alors vous devez admettre que la même chose pourrait être dite pour /bin/bash. À l'aide de env est de plus en plus imprévisibles, en raison de fiable/incompatible PATH paramètres pour les différents utilisateurs, mais chaque R l'utilisateur peut effectivement que ce comportement, alors que bash scripts ne le font pas. Enfin, pour la CI/cloud invocation de nouveaux scripts bash, il suffit de les appeler à l'aide /path/to/my/bash myscript ou de définir explicitement le chemin & appelez-les à l'aide de env script. EOT
    InformationsquelleAutor The_Cute_Hedgehog
  4. 9

    #!/path/to/R ne fonctionnera pas parce que R est lui-même un script, il execve est malheureux.

    - Je utiliser R --slave -f script

    • Pour info aux lecteurs occasionnels: beaucoup de ces réponses avant la date de Rscript (et littler), dans le cas où vous vous poseriez la question.
    • Aucune des réponses ici sont antérieurs à Rscript, qui a été publié en 2007 avec R 2.5.0.
    InformationsquelleAutor
  5. 6

    Si vous êtes intéressé dans l'analyse des arguments de ligne de commande à un script R essayer RScript qui est livré avec R à partir de la version 2.5.x

    http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html

    InformationsquelleAutor phatrick
  6. 5

    Cela fonctionne, 

    #!/usr/bin/Rscript

    mais je ne sais pas ce qui se passe si vous avez plus de 1 version de R installé sur votre machine.

    Si vous le faites comme ce

    #!/usr/bin/env Rscript

    il dit à l'interprète de juste utiliser quelle que soit la R apparaît en premier sur votre chemin.

    InformationsquelleAutor hernamesbarbara
  7. 4

    Juste une remarque à ajouter à ce poste. Les versions ultérieures de R semblent avoir enterré Rscript un peu. Pour R 3.1.2-1 sur OSX téléchargé Jan 2015 j'ai trouvé Rscript dans 

    /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

    Ainsi, au lieu de quelque chose comme #! /sw/bin/Rscript, j'avais besoin d'utiliser la suivante au début de mon script.

    #! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

    La locate Rscript pourrait être utile pour vous.

    • Est-ce une réponse?
    • Cette réponse est potentiellement utile, car il est difficile de savoir quelle plate-forme (unix ou Mac OS) sur l'OP se réfère. Avec un peu de re-travail (regardez le code de format et de suppression de l'excuse de départ), ce serait un bon ajout pour les réponses ici.
    • C'est une autre raison d'utiliser #!/usr/bin/env Rscript au lieu d'un codée en dur chemin dans R scripts (et d'ajouter que d'un long chemin de votre $PATH)
    InformationsquelleAutor John
  8. 2

    Si le programme que vous utilisez pour exécuter votre script doit paramètres, vous pouvez les mettre à la fin de l' #! ligne:

    #!/usr/bin/R --random --switches --f

    Ne sachant pas R, je ne peux pas tester correctement, mais cela semble fonctionner:

    axa@artemis:~$ cat r.test
#!/usr/bin/R -q -f
error
axa@artemis:~$ ./r.test
> #!/usr/bin/R -q -f
> error
Error: object "error" not found
Execution halted
axa@artemis:~$
    InformationsquelleAutor Andrew Aylett
  9. 0

    Vous pouvez utiliser python rpy2 module. Cependant, la "bonne" façon de le faire est avec R CMD BATCH. Vous pouvez modifier cette fonction pour écrire sur la sortie standard, mais la valeur par défaut est d'écrire d'une .La déroute de fichier. Voir l'exemple ci-dessous: 

    [ramanujan:~]$cat foo.R
print(rnorm(10))
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R
[ramanujan:~]$cat foo.Rout

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]


 ~/.Rprofile loaded.
Welcome at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> print(rnorm(10))
 [1]  1.5891276  1.1219071 -0.6110963  0.1579430 -0.3104579  1.0072677 -0.1303165  0.6998849  1.9918643 -1.2390156
>

Goodbye at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.614   0.050   0.721

    Remarque: vous aurez envie d'essayer le --vanille et d'autres options pour enlever tous les fichiers inutiles de démarrage.

    InformationsquelleAutor ramanujan
  10. 0

    Essayer smallR pour l'écriture rapide R scripts en ligne de commande:

    http://code.google.com/p/simple-r/

    (r commande dans le répertoire)

    Le traçage de la ligne de commande à l'aide de smallR devrait ressembler à ceci:

    r -p file.txt
    • Plutôt que cela (ce qui semble mort), littler aurait certainement préféré (puisqu'il est encore vivant); ou, il suffit d'utiliser Rscript (ce qui est sorti après littler a été créé.)
    InformationsquelleAutor Tom
  11. -1

    Les ouvrages suivants, pour moi, à l'aide de la pme de bash sur Windows, je n'ai pas de R sur mon Linux ne peut donc pas essayer là. Vous avez besoin de deux fichiers: le premier appelé runr exécute R avec un fichier de paramètre

    # this is runr
# following is path to R on my Windows machine
# plus any R params you need
c:/r/bin/r --file=$1

    Vous avez besoin pour rendre ce fichier exécutable avec chmod +x runr.

    Ensuite dans votre fichier de script:

    #!runr
# some R commands
x = 1
x

    Remarque #! runr ligne pourriez avoir besoin d'inclure le chemin d'accès complet à runr, selon la façon dont vous utilisez la commande, comment votre variable PATH est définie etc.

    Pas assez, mais il ne semble pas fonctionner!

    • A propos des différentes R scripts nécessitant des différents paramètres? Qu'en est passer des arguments à la R scripts en ligne de commande?
    InformationsquelleAutor
  12. -1

    Avez-vous jamais savoir que vous pouvez utiliser votre navigateur pour utiliser RStudio sur le serveur?

    http://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

    InformationsquelleAutor czxttkl