R Brillant Serveur package d'installation

Chevauchement Possible:

Manque des paquets de shiny-serveur

R brillant /brillant-serveur - problème à trouver des paquets

R - Comment définir le chemin d'installation.les packages() pour un serveur ? - Ubuntu

J'ai essayé et lire tous les ci-dessus, mais ne peut toujours pas obtenir mon Brillant Serveur pour fonctionner.

J'ai suivi les instructions d'installation sur http://www.rstudio.com/shiny/server/install-opensource, y compris le système d'installation de l'brillant emballage: 

   $ sudo su - \
        -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Brillant Serveur est correctement installé et en cours d'exécution, 

~# sudo start shiny-server
start: Job is already running: shiny-server

mais quand je parcourir pour domain:3838 je peux voir la bienvenue à brillant de la page, avec l'erreur

Error in eval(expr, envir, enclos) :
The Shiny package was not found in the library. Ensure that
Shiny is installed and is available in the Library of the
user you're running this application as.
Calls: local -> eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval
Execution halted

Ouverture R, install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/') , puis library(shiny) ou n'importe quel autre paquet, me dit qu'il ne peut pas être trouvé.

Je suis vraiment coincé, non seulement je ne peux pas installer/charge tous les packages, je n'arrive pas à trouver où ils vont.

EDIT:

install.packages(c("geonames"))
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

> library()
Warning message:
In library() :
libraries ‘/usr/local/lib/R/site-library’, ‘/usr/lib/R/site-library’ contain n o packages

ET

> installed.packages()[,1:2]
           Package      LibPath
base       "base"       "/usr/lib/R/library"
boot       "boot"       "/usr/lib/R/library"
class      "class"      "/usr/lib/R/library"
cluster    "cluster"    "/usr/lib/R/library"
codetools  "codetools"  "/usr/lib/R/library"
compiler   "compiler"   "/usr/lib/R/library"
datasets   "datasets"   "/usr/lib/R/library"
foreign    "foreign"    "/usr/lib/R/library"
graphics   "graphics"   "/usr/lib/R/library"
grDevices  "grDevices"  "/usr/lib/R/library"
grid       "grid"       "/usr/lib/R/library"
KernSmooth "KernSmooth" "/usr/lib/R/library"
lattice    "lattice"    "/usr/lib/R/library"
MASS       "MASS"       "/usr/lib/R/library"
Matrix     "Matrix"     "/usr/lib/R/library"
methods    "methods"    "/usr/lib/R/library"
mgcv       "mgcv"       "/usr/lib/R/library"
nlme       "nlme"       "/usr/lib/R/library"
nnet       "nnet"       "/usr/lib/R/library"
parallel   "parallel"   "/usr/lib/R/library"
rpart      "rpart"      "/usr/lib/R/library"
spatial    "spatial"    "/usr/lib/R/library"
splines    "splines"    "/usr/lib/R/library"
stats      "stats"      "/usr/lib/R/library"
stats4     "stats4"     "/usr/lib/R/library"
survival   "survival"   "/usr/lib/R/library"
tcltk      "tcltk"      "/usr/lib/R/library"
tools      "tools"      "/usr/lib/R/library"
utils      "utils"      "/usr/lib/R/library"

Toute aide est grandement appréciée

SessionInfo:

> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library" 

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
  • Si votre problème se résume essentiellement à ne pas être en mesure d'installer (ou de charge) de la brillante paquet (ou tous les paquets)?
  • Oui, j'ai peur que cela n'a rien à voir avec brillant serveur. J'ai juste ne peut pas sembler à installer et charger un paquet. install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/') Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ mais la navigation à /usr/local/lib/R/site-library me dit qu'il se vide. /usr/local/lib/R/site-la bibliothèque est dans la .libPaths()?
  • Avez-vous vérifié les autorisations?
  • Je ne suis pas sûr, j'ai travaillé avec un système basé sur Linux pour les deux jours (en essayant de le faire fonctionner!). Je suppose donc? - Je me connecter en tant que root et peut fonctionner comme sudo? Veuillez voir mes modifications? Toutes les suggestions?
  • Quelle erreur de ne l'installer.les packages de vous donner? De toute évidence, elle n'est pas réussir...?
  • Peut-être cela peut vous aider: stackoverflow.com/a/32996405/1328355

InformationsquelleAutor Smackboyg | 2014-05-22
  1. 8

    Le problème est que brillant-serveur ne peut pas trouver les paquets que vous avez installer, parce qu'il les exécute en tant qu'utilisateur différent appelé shiny. C'est l'utilisateur est créé lors de l'installation de shiny-server.

    Le plus simple (et la plus sûre, à mon humble avis) pour résoudre ce problème, consiste à installer les paquets nécessaires à l'utilisation de ce compte d'utilisateur (brillant). Cela peut être fait en utilisant les étapes suivantes.

    1. Définir un mot de passe pour le shiny compte d'utilisateur à l'aide de sudo passwd shiny, maintenant, entrez et confirmez un mot de passe
    2. Passer à la brillante compte à l'aide de: su - shiny
    3. Appeler R à l'aide de R (sans sudo)
    4. Installer les paquets nécessaires, dans ce cas: install.packages("shiny")

    Notez que si vous avez rstudio-server est installé sur la même machine, vous pouvez alors effectuer les étapes 2 à 4 à l'aide de cette interface. Il suffit d'aller dans le même domaine/ip et d'utilisation :8787 pour la rstudio-interface du serveur au lieu de :3838 pour brillant-serveur.

    Adapté de ma réponse ici

    InformationsquelleAutor Bastiaan Quast
  2. 3

    J'ai eu le même problème. Après la lecture de le guide de l'administrateur, ici peut-être une solution pour vous.

    Vous rencontrez cette erreur, car quiconque d'accéder à l'application n'a pas le shiny paquet installé. Si vous ne less /etc/shiny-server/shiny-server.conf et vous remarquerez peut-être la suivante sur les deux premières lignes:

    # Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
run_as shiny;

    Dans le but de résoudre le problème, vous pouvez effectuer une des opérations suivantes:

    • Passer à l'utilisateur shiny et installer tous les paquets de là. par exemple, su shiny. Cependant, cela va dupliquer vos bibliothèques installées pour tous les utilisateurs.
    • Un moyen propre est toujours exécuté shiny à partir d'un autre utilisateur avec tous les paquets, par l'édition de run_as dans /etc/shiny-server/shiny-server.conf. Dans ce cas, vous pouvez modifier la deuxième ligne de run_as your_username shiny;, afin qu'il ressemble à votre .libPaths() et puis brillant de .libPaths(). Vous pouvez également ajouter plusieurs utilisateurs ici.
    InformationsquelleAutor Boxuan
  3. 0

    J'ai eu le même soucis. Travaillé après je n'ai la suite au lieu de la ligne de l'installation du package:

    sudo su
R

    puis dans R:

    install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')
library(shiny)
    • Merci pour votre réponse. Malheureusement, il n'a pas aidé. Je n'arrive pas à installer/charger un paquet. install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/') Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ mais la navigation dans /usr/local/lib/R/site-bibliothèque me dit qu'il se vide. /usr/local/lib/R/site-la bibliothèque est dans la .libPaths()
    • Je ne peux pas commenter sur l'autre "thread" donc je l'ai mis ici. Pour voir les autorisations des dossiers à l'intérieur de l'ensemble des dossiers" n': ls -la "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library" Pour voir les autorisations pour les dossiers eux-mêmes ne ls -la /usr/local/lib/R/" "/usr/lib/R/" "/usr/lib/R/"
    InformationsquelleAutor Jan Stanstrup
  4. 0

    Je suis un novice sur Ubuntu et a eu des problèmes similaires. Dans mon cas, le problème était que la R paquets ont été installés dans les dossiers appartenant à l'utilisateur 'ubuntu'. Cependant, ils doivent être disponibles à la racine.

    J'ai changé utilisateur 'root' avec la commande appropriée, puis a couru l'installer.fonction des packages de R

    sudo -i
R

    Espère que ça va vous aider sur votre chemin. À moins que votre problème n'est pas unique. J'ai trouvé beaucoup de conseils utiles par suffit de googler un peu partout. E. g.:

    http://freigeist.devmag.net/r/773-deploying-shiny-server-on-amazon-some-troubleshoots-and-solutions.html

    InformationsquelleAutor user3819568