r de modifier et de reconstruire paquet

Je suis en train d'utiliser le SemiMarkov paquet et je veux changer une petite ligne de code n'. J'ai fait quelques recherches via:

getAnywhere("semiMarkov")

& j'ai identifié que je veux changer cette ligne:

hessian <- diag(ginv(hessian(V, solution)))

essayer quelque chose comme:

hessian <- diag(ginv(pracma::hessian(V, solution)))

Comment puis-je aller à ce sujet? Ai-je besoin pour reconstruire le paquet à partir de zéro, et si oui, dois-je rTools etc pour cela, ou est-il un simple-ish d'une solution (je suis un R pertinente novice)? J'ai fait quelques recherches en ligne et ne peut pas trouver quelque chose d'évident. Toutes les idées/les pointeurs grandement appréciée.

InformationsquelleAutor Rob | 2016-01-14
  1. 14

    Environnement Linux

    Commencer à télécharger le paquet source de CRAN.

    Télécharger et extraire la source: 

    wget https://cran.r-project.org/src/contrib/SemiMarkov_1.4.2.tar.gz
tar -xvzf SemiMarkov_1.4.2.tar.gz

    Il devrait en résulter un répertoire nommé SemiMarkov. Ouvrir la source (cd SemiMarkov), et de modifier si nécessaire.

    Ensuite, créez les modifications: 

    cd ..
R CMD build SemiMarkov/

    Ce résultat dans un nouveau fichier d'archive nommée SemiMarkov_1.4.2.tar.gz.

    Enfin, installez votre modifiée archive:

    R CMD INSTALL SemiMarkov_1.4.2.tar.gz

    Environnement Windows

    Je suis moins familier avec la plate-forme Windows. *nix outils est disponible dans Cygwin, mais c'est douloureux. Au lieu de cela, comme Josh O'Brien souligne, vous devez suivre les Windows-instructions spécifiques dans la R d'Installation et manuel d'Administration.

    • Le conseil général ici (que vous devez compiler une version modifiée de l'emballage) est grande. En tant qu'utilisateur de Windows moi-même, qui a écrit et a modifié de nombreux paquets, je voudrais fortement vous conseillons de ne pas essayer de le faire avec Cygwin.
    • Au lieu de cela, vous devez avec soin suivre le Windows-instructions spécifiques dans le R d'Installation et manuel d'Administration. (Liés à l'annexe notes, "le Présent appendice contient beaucoup de prescriptive commentaires. Ils sont ici en tant que résultat de l'amère expérience." je vous suggère de vous prendre cet avertissement au sérieux, si vous voulez une relativement sans douleur de l'expérience!) Une fois que vous avez le approprié d'outils en place, l'installation du package modifié sera aussi simple que de faire devtools::install("SemiMarkov").
    • Grand pionts @JoshO Brien 🙂 j'Espère que vous n'avez pas l'esprit, j'ai mis à jour ma réponse avec votre contenu. N'hésitez pas à modifier ça!
    InformationsquelleAutor
  2. 16

    Si vous souhaitez simplement tester l'effet de ce changement interactif des R de la session, vous pouvez le faire en utilisant trace(). Voici comment:

    1. Type trace("semiMarkov", edit=TRUE)
    2. Dans l'éditeur de texte qui s'ouvre, modifiez la ligne d'intérêt.
    3. Enregistrer le fichier modifié.
    4. Fermez l'éditeur de texte
    5. De retour dans R, l'utilisation de la modification de la fonction.
    • Merci beaucoup, cela est également très utile pour un moyen rapide de tester et très facile!
    InformationsquelleAutor Josh O'Brien