R devtools échoue comme “Package libxml-2.0 n'a pas été trouvé dans la pkg-config chemin de recherche”

Je suis en train d'installer devtools dans la R version 3.2.1, cependant quand je fais l'erreur suivante est générée:

Package libxml-2.0 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing libxml-2.0.pc
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable

quand je lance dpkg -L libxml2-dev dans un terminal j'ai trouver:

/usr
/usr/bin
/usr/bin/xml2-config
/usr/share
/usr/share/aclocal
/usr/share/aclocal/libxml2.m4
/usr/share/doc
/usr/share/doc/libxml2-dev
/usr/share/doc/libxml2-dev/copyright
/usr/share/man
/usr/share/man/man1
/usr/share/man/man1/xml2-config.1.gz
/usr/share/man/man3
/usr/share/man/man3/libxml.3.gz
/usr/lib
/usr/lib/x86_64-linux-gnu
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig/libxml-2.0.pc
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/xml2Conf.sh
/usr/include
/usr/include/libxml2
/usr/include/libxml2/libxml
/usr/include/libxml2/libxml/globals.h
/usr/include/libxml2/libxml/schematron.h
/usr/include/libxml2/libxml/xlink.h
/usr/include/libxml2/libxml/HTMLparser.h
/usr/include/libxml2/libxml/pattern.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlexports.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlschemas.h
/usr/include/libxml2/libxml/list.h
/usr/include/libxml2/libxml/entities.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlstring.h
/usr/include/libxml2/libxml/encoding.h
/usr/include/libxml2/libxml/hash.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlmemory.h
/usr/include/libxml2/libxml/relaxng.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlsave.h
/usr/include/libxml2/libxml/SAX2.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlIO.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlschemastypes.h
/usr/include/libxml2/libxml/xpathInternals.h
/usr/include/libxml2/libxml/schemasInternals.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlmodule.h
/usr/include/libxml2/libxml/valid.h
/usr/include/libxml2/libxml/c14n.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlwriter.h
/usr/include/libxml2/libxml/tree.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlunicode.h
/usr/include/libxml2/libxml/nanohttp.h
/usr/include/libxml2/libxml/catalog.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlerror.h
/usr/include/libxml2/libxml/nanoftp.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlautomata.h
/usr/include/libxml2/libxml/xinclude.h
/usr/include/libxml2/libxml/HTMLtree.h
/usr/include/libxml2/libxml/chvalid.h
/usr/include/libxml2/libxml/parserInternals.h
/usr/include/libxml2/libxml/xpointer.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlversion.h
/usr/include/libxml2/libxml/dict.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlregexp.h
/usr/include/libxml2/libxml/DOCBparser.h
/usr/include/libxml2/libxml/parser.h
/usr/include/libxml2/libxml/xmlreader.h
/usr/include/libxml2/libxml/SAX.h
/usr/include/libxml2/libxml/threads.h
/usr/include/libxml2/libxml/debugXML.h
/usr/include/libxml2/libxml/xpath.h
/usr/include/libxml2/libxml/uri.h
/usr/share/doc/libxml2-dev/README
/usr/share/doc/libxml2-dev/NEWS.gz
/usr/share/doc/libxml2-dev/AUTHORS
/usr/share/doc/libxml2-dev/TODO.gz
/usr/share/doc/libxml2-dev/changelog.Debian.gz
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so

pour tenter et les ajouter à la PKG_CONFIG_PATH j'ai essayé: env PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig toutefois, cela ne semble pas fonctionner.

Vous obtenez seulement ces deux lignes lors de votre course dpkg -L libxml2-dev? Si oui, libxml2 est probablement pas installé.
Non Il y a de plus j'ai juste ajouté les deux qui semblaient pertinentes. J'ai ajouté la sortie complète de l'appeler maintenant pour plus de clarté.

OriginalL'auteur mattbawn | 2015-08-03

  1. 14

    OK, donc en fin de compte, j'ai dû installer manuellement libxml2 même si mon système dit-il deja eu le plus à jour la version installée après: sudo apt-get install libxml2 libxml2-dev

    J'ai installé manuellement basé sur les infos trouvées ici:

    wget ftp://xmlsoft.org/libxml2/libxml2-2.9.2.tar.gz

    puis après le déballage et le déplacer dans le dossier:

    ./configure --prefix=/usr --disable-static --with-history && make

    et

    sudo make install

    après cela, le R de la commande install.packages("devtools") réalisée avec succès.

    Bon à savoir. Il y a une Debian/Ubuntu bug ici, et/ou un bug avec le xml2 paquet. Dans les deux cas, vous devriez vraiment pas changer /usr/local à /usr que vous avez maintenant continuer à mélanger les installations locales avec l'installation des paquets. C'est généralement une mauvaise idée ...

    OriginalL'auteur mattbawn

  2. 4

    De l'intérieur R invite, cette commande fonctionne à condition que libxml2-dev a été installé:

    Sys.setenv(PKG_CONFIG_PATH="/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig")
    Mon problème semble être un problème avec mon système de ne pas reconnaître la configuration de libxml2-dev, mais +1 pour le conseil!
    J'ai eu le même problème. J'ai essayé cela avant d'essayer d'installer libxml2-dev manuellement, il permet de

    OriginalL'auteur biocyberman

  3. 1

    Pour la plus étroite du problème de l'installation le package R "XML", il suffit de faire

     sudo apt-get install r-cran-xml

    Sinon, commencer à la liste des dépendances pour "devtools" (par exemple à partir de ici) et d'installer ces dépendances, un par un.

    Merci pour la réponse mais je crois que je suis en manque de quelque chose. Si je fais cela, et essayez de nouveau d'installer devtools l'installation échoue toujours avec la même erreur. * installing *source* package ‘xml2’ ... ** package ‘xml2’ successfully unpacked and MD5 sums checked Package libxml-2.0 was not found in the pkg-config search path. Perhaps you should add the directory containing libxml-2.0.pc' to the PKG_CONFIG_PATH environment variable. Pouvez-vous la clarté pour moi s'il vous plaît?
    Désolé, c'est donc forfait xml2, pas de package XML et le binaire ne vous aide pas. Ma recommandation de l'installation des dépendances, un par un et vérifier leurs journaux d'erreur, est encore debout. Tous les paquets installer très bien sur toutes mes machines Ubuntu ...

    OriginalL'auteur Dirk Eddelbuettel