R: heatmap.2 changer la couleur de la clé

J'ai une question à propos du paquet gplots. Je veux utiliser la fonction heatmap.2 et donc je veux changer mon symétrique point clé de couleur de 0 à 1. Normalement, quand symkey=TRUE et que vous utilisez le col=redgreen(), une barre de couleur est créé où les couleurs sont gérés comme ceci:

red = -2 to -0.5
black=-0.5 to 0.5
green= 0.5 to 2

Maintenant, je veux créer une barre de couleur comme ceci:

red= -1 to 0.8
black= 0.8 to 1.2
green= 1.2 to 3

Est quelque chose comme cela possible?

Merci!

OriginalL'auteur Lisann | 2011-12-21

  1. 10

    Si vous regardez la heatmap.2 fichier d'aide, il semble que vous souhaitez le breaks argument. À partir du fichier d'aide:

    breaks (facultatif) Soit un vecteur numérique indiquant la séparation des points de binning x en couleurs, ou un nombre entier de points de rupture pour être utilisé, auquel cas les points de rupture seront espacés de façon égale entre min(x) et max(x)

    Vous utilisez breaks pour spécifier la fréquence de coupure des points pour chaque couleur. par exemple:

    library(gplots)

# make up a bunch of random data from -1, -.9, -.8, ..., 2.9, 3
# 10x10
x = matrix(sample(seq(-1,3,by=.1),100,replace=TRUE),ncol=10)

# plot. We want -1 to 0.8 being red, 0.8 to 1.2 being black, 1.2 to 3 being green.
heatmap.2(x, col=redgreen, breaks=c(-1,0.8,1.2,3))

    L'essentiel est la breaks=c(-1,0.8,1.2,3) être vos critères.

    Merci Mathématique.café. Est-il aussi une façon de créer un peu plus de chevauchement pour les couleurs? Normalement, j'utilise redgreen(75), ce qui crée 75 couleurs!
    Vous souhaitez -1 0,8 à différentes nuances de rouge, de 0,8 à 1,2 différentes nuances de noir (!), 1,2 à 3 différentes nuances de vert? Vous pouvez essayer d'ajouter plus de pauses pour votre breaks. par exemple, c( seq(-1,0.8,length=5),seq(0.8,1.2,length=5),seq(1.2,3,length=5) avoir environ 5 teintes pour chaque pause, et ainsi de suite. Mais vous devez avoir le même nombre de nuances pour chaque pause depuis redgreen évolue linéairement du rouge au vert: si c'est inégal, vous allez obtenir des morceaux de couleurs se glissent dans les uns des autres. Mais depuis redgreen est progressivement dégradé de couleur, comment allez-vous dire quand le rouge s'arrête et noir commence, etc?
    Merci!!!! c'était exactement ce dont j'avais besoin! 🙂

    OriginalL'auteur mathematical.coffee