R intrigue remplie.contour() puissance de sortie en ggpplot2

Je veux tracer cette figure créé avec rempli.contour(), mais dans ggplot2, comment dois-je faire?

Je veux utiliser ggplot2 parce que les conventions graphiques sont plus faciles. La raison pour laquelle je veux utiliser rempli.contour() c'est parce que j'ai essayé geom_tile() et de l'image.plot() et ils ont tous deux créé très tuile comme les sorties, et j'ai besoin d'une sortie similaire à pourvoir.contour().

C'est ma figure:

R intrigue remplie.contour() puissance de sortie en ggpplot2

Code:

library(akima)

df <-read.table("Petra_phytoplankton+POM_xydata_minusNAs_noduplicates.txt",header=T)
attach(df)
names(df)
fld <- with(df, interp(x = longitude, y = latitude, z = d13C))

filled.contour.ungeoreferenced <- 
  (filled.contour(x = fld$x,
                  y = fld$y,
                  z = fld$z,
                  color.palette =
                    colorRampPalette(c("blue", "green", "yellow",
                                       "orange", "red")),
                  xlab = "Longitude",
                  ylab = "Latitude",
                  key.title = title(main = "d13C", 
                                    cex.main = 1)))

Extrait de données:

latitude    longitude   d13C
-65 -70 -27.7
-61 150 -32.2
-61 150 -28.3
-60 116 -26.8
-60 116 -24.7
-47 38  -24.8
-38 150 -20.5
19  -65.7   -19.9
19  -65.5   -18.5
18  -60.7   -20
18  -58.5   -18.2
18  -57.8   -19
17  -55.4   -18.6
17  -50.8   -18
17  -47.1   -18.3
17  -45.5   -19.4
16  -43.3   -17.9
15  -40.7   -18.5
14  -39.3   -19.9
12  -36.7   -19.9
12  -36.2   -19.9
11  -34.4   -19.2
10  -32 -18.5
9   -30.3   -19.3
8   -29.2   -19.4
7   -26.6   -18.2
7   -25.5   -19.3
6   23.9    -20
3   -21.3   -20.4
Vos données extrait contient des doublons et des causes interp des maux de tête. Aussi, pourquoi êtes-vous attacher df?
Je peux probablement se débarrasser des doublons en quelque sorte, mais comme pour attacher uniquement parce que c'est ce quelqu'un m'a dit de faire. Donc, je ne devrais pas?
Donc, avez-vous trouver un moyen pour imiter rempli.contour avec ggplot?

OriginalL'auteur Roseanna | 2015-02-04

  1. 12

    Vous pouvez ajuster les couleurs que vous avez besoin:

    gdat <- interp2xyz(fld, data.frame=TRUE)

ggplot(gdat) + 
  aes(x = x, y = y, z = z, fill = z) + 
  geom_tile() + 
  coord_equal() +
  geom_contour(color = "white", alpha = 0.5) + 
  scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
  theme_bw()

    R intrigue remplie.contour() puissance de sortie en ggpplot2

    Vous pouvez réduire la pixelisation au prix d'un certain temps de traitement par l'augmentation de la densité de l'interpolation:

    fld <- with(df, interp(x = longitude, 
                       y = latitude, 
                       z = d13C,
                       xo = seq(min(longitude), max(longitude), length=400),
                       duplicate="mean"))

    et aussi réduire le bac largeur:

    ggplot(gdat) + 
  aes(x = x, y = y, z = z) + 
  geom_tile(aes(fill=z)) + 
  coord_equal() +
  stat_contour(aes(fill=..level..), geom="polygon", binwidth=0.005) + 
  geom_contour(color="white", alpha=0.5) +
  scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
  theme_bw()

    R intrigue remplie.contour() puissance de sortie en ggpplot2

    NOTE: qui va à croquer pour un notable de quelques secondes, sur un décent système de bureau. Sur mon assez costaud MacBook Pro, c'était:

       user  system elapsed 
  6.931   0.655   8.153
    merci mais comme je l'ai dit dans la question, j'ai essayé geom_tile avant, et de nouveau avec votre code, mais c'est trop pixelisé. Toutes les idées pour le rendre moins pixélisé? Cheers
    Salut @hbrmstr très bonne réponse mais j'ai une autre question. Est-il possible d'ajouter un geom_path sur le champ interpolé? Je ne peux pas réussir.

    OriginalL'auteur hrbrmstr

  2. 2

    À suivre sur @hrbrmstr l'exemple minimal, vous pouvez également avoir ggplot2 calculer "z" pour vous:

    library(ggplot2)
ggplot(data = faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) +
  stat_density2d(aes(colour = ..level.., fill = ..level..), geom = "polygon")

    OriginalL'auteur Carson

  3. 1

    J'ai pris l'exemple de la ggplot2 site web.

     # Generate data
 library(reshape2) # for melt
 volcano3d <- melt(volcano)
 names(volcano3d) <- c("x", "y", "z")

 # Basic plot
 v <- ggplot(volcano3d, aes(x, y, z = z)) +  
     stat_contour(geom="polygon", aes(fill=..level..))

    Où x et y sont de votre Long et Lat et z est d13C

    OriginalL'auteur efrem