R - la Lecture des lignes à partir d'un .txt-fichier après une ligne spécifique

J'ai un tas de sortie .txt-des fichiers qui se compose d'une grande liste de paramètres et un X-Y-coordonner l'ensemble. J'ai besoin d'extraire ces coordonnées de tous les fichiers de sorte que seules ces lignes sont importés à un vecteur. Cela fonctionnerait très bien avec

impcoord<-read.table("file.txt",skip= ,nrow= ,...)

mais les fichiers sont imprimés le jeu de coordonnées après les différentes longueurs d'appui paramètres.

Heureusement, les coordonnées commencent toujours après une ligne contenant certains mots.

Donc ma question est, comment puis-je commencer la lecture de la .txt-fichier après ces mots? Disons qu'ils sont:

coordinatesXY

Merci beaucoup pour votre temps et de votre aide!

-Olli

--Edit--

Désolé pour la confusion.

La partie du fichier est la suivante:

##XYDATA= (X++(Y..Y))
131071    -2065
131070    -4137
131069    -6408
131068    -8043 
...       ...
...       ...

La première ligne étant celle où skip devrait prendre fin et les coordonnées suivantes doivent être importés à un vecteur. Comme vous pouvez le voir les coordonnées X de début de 131071 et à la fin de 0.

Il n'y a plus à ce fichier, votre problème de mon post mentionné une ligne qui a commencé avec ##END=, c'est que la ligne d'après les coordonnées des lignes?
Il est. Peut-être que je devrais intégrer nrow= pour le paramètre de ligne?

InformationsquelleAutor Olli J | 2014-09-05

import r

7

1) lire.modèle read.pattern dans gsubfn peut être utilisé pour lire uniquement les lignes correspondant à un modèle spécifique. Dans cet exemple, nous match en début de ligne, espace facultatif(s), 1 ou plusieurs chiffres, 1 ou plusieurs espaces, une option moins suivi par 1 ou plusieurs chiffres, espace facultatif(s) à la fin de la ligne. Les portions correspondant à la mise entre parenthèses des portions de la regexp sont retournés comme des colonnes de données.cadre. text = Lines dans ce autonomes exemple peut être remplacé par "myfile.txt", disons, si les données sont à venir à partir d'un fichier. Modifier le modèle pour répondre.
```
Lines <- "junk
junk
##XYDATA= (X++(Y..Y))
131071    -2065
131070    -4137
131069    -6408
131068    -8043"

library(gsubfn)
DF <- read.pattern(text = Lines, pattern = "^ *(\\d+) +(-?\\d+) *$")
```
donner:
```
> DF
      V1    V2
1 131071 -2065
2 131070 -4137
3 131069 -6408
4 131068 -8043
```
2) de le lire deux fois une Autre possibilité en utilisant uniquement de la base de R est simplement de la lire une fois pour déterminer la valeur de skip= et une deuxième fois pour faire le lire à l'aide de cette valeur. Pour lire à partir d'un fichier myfile.txt remplacer text = Lines et textConnection(Lines) avec "myfile.txt" .
```
read.table(text = Lines, 
    skip = grep("##XYDATA=", readLines(textConnection(Lines))))
```
Ajouté Quelques révisions et ajouté de la deuxième approche.
- Je vous remercie pour votre réponse. Votre deuxième méthode fonctionne bien!
InformationsquelleAutor G. Grothendieck
5

Cela ressemble à un travail pour data.table's fread
```
library(data.table)
impcoord <- fread("file.txt",skip="coordinatesXY")
```
--edit--

C'est pourquoi il est bon de donner un exemple reproductible. Cette erreur signifie que votre dossier est à l'origine de la difficulté.

De la commande skip correspond au texte que vous donnez au fichier pour identifier ce que la ligne de commencer à l', si vous avez besoin de lui donner une unique chaîne de caractères à partir du début de la ligne que vous souhaitez démarrer la lecture à partir d'. Cette fonction serait de travailler pour quelque chose comme ceci:
```
## some random text
## some more random text
## More random text
table_heading1, table_heading2, table_heading3 ...etc
value1, value2, value3 ... etc
etc

Just_The_Table <- fread("the_above_as_a_text_file.txt", skip="table_heading1", header=T)
```
- Merci pour votre réponse! Cependant, cette méthode renvoie une erreur ends field 1 on line 2 when detecting types: ##END= indépendamment de ce que les valeurs ou les déclarants, je donne en skip=.
- fichier de sons spécifiques, voir la modifier dans ma réponse pour un exemple de la façon dont fread sauter œuvres.
- Cette solution est vraiment génial. Merci
InformationsquelleAutor JeremyS
1

Une approche possible pourrait être la suivante:
```
     conn<-file("file.txt",open="rt")
     x<-TRUE
     while (x)
        {x<-!grepl("coordinatesXY",readLines(conn,n=1))}
     ret<-read.table(conn,...) #insert additional parameters to read.table
     close(conn)
```
Vous lire une ligne à la fois à partir du fichier d'entrée et arrêtez-vous quand vous trouver l'indicateur de chaîne. Puis vous lisez le fichier par le biais de read.table. Avec cette approche, vous n'avez pas stocker l'intégralité du fichier en mémoire, mais juste la pièce dont vous avez besoin.
- Merci pour votre réponse!
InformationsquelleAutor nicola

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