R levelplot ajuster les axes

Je veux tracer la fonction de distribution de probabilité (PDF) comme une heatmap dans R à l'aide de la levelplot fonction de "treillis" paquet. J'ai mis en place le format PDF comme une fonction et ensuite généré la matrice pour la levelplot à l'aide de deux vecteurs de la valeur des plages et de la fonction externe.
Je veux les axes pour afficher la Mon problème est que je ne suis pas capable d'ajouter correctement espacés les graduations sur les deux axes de l'affichage de la les deux gammes de valeur plutôt que le nombre de colonnes ou de lignes, respectivement.

# PDF to plot heatmap
P_RCAconst <- function(x,tt,D)
  {
    1/sqrt(2*pi*D*tt)*1/x*exp(-(log(x) - 0.5*D*tt)^2/(2*D*tt))
  }

# value ranges & computation of matrix to plot
tt_log <- seq(-3,3,0.05)
tt <- exp(tt_log)
tt <- c(0,tt)
x <- seq(0,8,0.05)
z <- outer(x,tt,P_RCAconst, D=1.0)
z[,1] <- 0
z[which(x == 1),1] <- 1.5
z[1,] <- 0.1

# plot heatmap using levelplot
require("lattice")
colnames(z) <- round(tt, 2)
rownames(z) <- x
levelplot(z, cex.axis=1.5, cex.lab=1.5, col.regions=colorRampPalette(c("blue", "yellow","red", "black")), at=seq(0,1.9,length=200), xlab="x", ylab="time t", main="PDF P(x,t)")

Sans l'attribution des noms de colonnes et de lignes, je reçois la suite de l'intrigue où les graduations sont naturellement espacées (comme d'autres R-fonctions), mais les valeurs sont la ligne & numéros de colonne:
R levelplot ajuster les axes

Avec l'attribution des noms de colonnes et de lignes, je reçois la suite de l'intrigue où les graduations ne sont pas du tout lisible, mais au moins correspondre à la valeur réelle:

R levelplot ajuster les axes

J'ai déjà passé trop de temps sur ce qui semble être question triviale donc, je serais très reconnaissante de toute l'aide de votre côté!

la doc de treillis est très complet, avez-vous lu deux fois? ?levelplot ?xyplot
Oui. Par exemple, il suggère scale comme argument possible de modifier les axes, c'est à dire par les tiques.numéro. Mais quand j'ai essayé ceci, il ni avait aucun effet, ni le jeta une erreur.

InformationsquelleAutor Patrick | 2013-07-11

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Peut-être cet exemple de base peut aider,
```
d = data.frame(x=rep(seq(0, 10, length=nrow(volcano)), ncol(volcano)), 
               y=rep(seq(0, 100, length=ncol(volcano)), each=nrow(volcano)), 
               z=c(volcano))

library(lattice)

# let lattice pick pretty tick positions
levelplot(z~x*y, data=d)

# specific tick positions and labels
levelplot(z~x*y, data=d, scales=list(x=list(at=c(2, 5, 7, 9), 
                                            labels=letters[1:4])))

# log scale
levelplot(z~x*y, data=d, scales=list(y=list(log=TRUE)))
```
Tout est décrit dans ?xyplot, certes c'est une longue page de documentation.
- Mon problème est simple: je veux l'axe des x pour afficher les valeurs de 0 à 8, et l'axe des y pour afficher les valeurs de 0 à 20 (ou exp(3)). La première image possède la bonne valeur, mais dans un évidemment inutile façon (car il englobe tous d'entre eux). La deuxième photo a nice axes, mais qui affichent complètement fausses valeurs, c'est à dire la ligne et le col des nombres.
- votre question semble manquer un peu de code, je ne vois qu'un appel à levelplot, et aucun exemple de votre utilisation des échelles.
- Je vous remercie pour votre conseil. J'ai effectivement remarqué ce volcan exemple à partir d'un autre post et en effet il semble fonctionner. Je dois avouer que je n'ai pas essayer de l'adapter à mon problème puisque je n'ai aucune expérience avec des trames de données dans R. Cependant, puisque vous l'avez souligné cet exemple encore, j'ai essayé de mon mieux et enfin fonctionné! J'ai simplement écrit: d = data.frame(x=rep(seq(0, 8, length=nrow(zz)), ncol(zz)), y=rep(seq(0, 20, length=ncol(zz)), each=nrow(zz)), z=c(zz)), où zz est la précédente variable z, puis le levelplot fonction comme indiqué dans votre post.
- Maintenant vous référant à votre deuxième remarque: je pense que je vais maintenant voir votre point de vue. Mon code ci-dessus est en fait complet, j'ai maintenant une ligne séparée pour l'utilisation des échelles. J'ai d'abord essayé de définir les échelles dans le levelplot fonction elle-même à l'aide de certains arguments, mais j'ai aussi essayé avec quelque chose comme du panneau.axis(side="bottom", tirage.labels=TRUE, vérifier.chevauchement=TRUE, extérieur=TRUE, les tiques=TRUE)et les treillis.options(ignorer.de limite.labels=0)` mais sans succès.
- Pour mon avenir, pour les parcelles de treillis: puis-je vous demander comment vous avez traité les échelles dans mon exemple? Et comment voulez-vous mettre en œuvre une échelle logarithmique? Merci!!!!
- Je ne comprends toujours pas votre premier post ci-dessus: les deux personnages semblent inversés, si je me réfère au texte, et il n'y a pas de code qui correspond à la première courbe vous montrer (avec de nombreuses étiquettes qui se chevauchent).
- Vous avez raison, les deux parcelles ont bien sûr été échangé. Désolé pour la confusion. Le code ci-dessus est complète. Avec les lignes colnames(z) <- round(tt, 2) et rownames(z) <- x vous obtenez la parcelle avec chevauchement des étiquettes, sans ces deux lignes que vous obtenez la parcelle avec la belle mais mal étiquettes autocollantes numérotées. J'ai exécuté le code ci-dessus afin de vérifier et j'ai été en mesure de reproduire les deux chiffres. Est-ce que vous voulez m'ajouter pour préciser mon problème? Savez-vous comment mettre en œuvre des axes logarithmiques? Je vous remercie.
- Je vois, je n'aurais jamais pensé à utiliser ligne/colnames à cette fin, j'ai donc mentalement sauté de ces lignes.
InformationsquelleAutor baptiste

Ce comment j'ai finalement mis en œuvre la heatmap parcelle de ma fonction P(x,t) à l'aide de levelplotet un data.frameobjet (en fonction de la solution fournie par baptiste):

# PDF to plot heatmap
P_RCAconst <- function(xx,tt,D)
{
1/sqrt(2*pi*D*tt)*1/xx*exp(-(log(xx) - 0.5*D*tt)^2/(2*D*tt))
}
# value ranges & computation of matrix to plot
tt_end <- 20                              # set end time
xx_end <- 8                              # set spatial boundary
tt <- seq(0,tt_end,0.01)                 # variable for time
xx <- seq(0,xx_end,0.01)                 # spatial variable
zz <- outer(xx,tt,P_RCAconst, D=1.0)     # meshgrid for P(x,t)
zz[,1] <- 0                              # set initial condition
zz[which(xx == 1),1] <- 4.0              # set another initial condition
zz[1,] <- 0.1                            # set boundary condition
# plot heatmap using levelplot
setwd("/Users/...")                      # set working dirctory
png(filename="heatmapfile.png", width=500, height=500) #or: x11()
par(oma=c(0,1.0,0,0))                    # set outer margins
require("lattice")                       # load package "lattice"
d = data.frame(x=rep(seq(0, xx_end, length=nrow(zz)), ncol(zz)),
y=rep(seq(0, tt_end, length=ncol(zz)), each=nrow(zz)), 
z=c(zz))
levelplot(z~x*y, data=d, cex.axis=1.5, cex.lab=1.5, cex.main=1.5, col.regions=colorRampPalette(c("blue", "yellow","red", "black")), at=c(seq(0,0.5,0.01),seq(0.55,1.4,0.05),seq(1.5,4.0,0.1)), xlab="x", ylab="time t", main="PDF P(x,t) for RC A, constant population")
dev.off()

Et c'est ainsi que la finale de la heatmap parcelle de ma fonction P(x,t) ressemble à:

R levelplot ajuster les axes

InformationsquelleAutor Patrick

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