R produit non pris en charge “scheme” erreur lors de l'obtention de données de sites https

R version 3.0.1 (2013-05-16) pour Windows 8 knitr version 1.5 Rstudio 0.97.551

Je suis en utilisant knitr faire la démarque de mes R code.
Dans le cadre de mon analyse, j'ai téléchargé les différents ensembles de données à partir du web, knitr est tout à fait bien avec l'obtention de données à partir de sites http, mais à partir de https ceux où il génère un unsupported URL scheme message.
Je sais que lors de l'utilisation de la download.file fonction sur un mac le method paramètre doit être réglé à curl pour obtenir des données à partir d'un https mais ce n'est pas de l'aide lors de l'utilisation de knitr.

Que dois-je faire pour que knitr permettra de recueillir des données à partir de sites web Https?

Edit:
Voici le morceau de code qui renvoie une erreur dans Knitr mais lorsqu'il est exécuté par R fonctionne sans erreur.

```{r}
fileurl <- "https://dl.dropbox.com/u/7710864/data/csv_hid/ss06hid.csv"
download.file(fileurl, destfile = "C:/Users/xxx/yyy")
```
double possible de Lire un fichier CSV à partir de github en R
merci pour la suggestion mais ce problème n'est pas à propos de se R pour lire un fichier à partir d'un site web, il s'agit d'obtenir Knitr pour exprimer la R code qui lit un fichier de données à partir d'un site web. À l'aide de windows c'est pas une question accès à des sites Https avec un R toutefois, si vous écrivez du code markdown avec Knitr cela devient un problème.

OriginalL'auteur Jonno Bourne | 2013-11-10

  1. 9

    Édition (Mai 2016): R 3.3.0, download.file() doit gérer le SSL automatiquement les sites web sur toutes les plates-formes, rendant le reste de cette réponse discutable.

    Vous voulez quelque chose comme ceci:

    library(RCurl)
data <- getURL("https://dl.dropbox.com/u/7710864/data/csv_hid/ss06hid.csv",
               ssl.verifypeer=0L, followlocation=1L)

    Qui lit les données dans la mémoire comme une seule chaîne. Vous aurez encore à analyser dans un ensemble de données d'une certaine façon. Une stratégie est:

    writeLines(data,'temp.csv')
read.csv('temp.csv')

    Vous pouvez également séparer les données directement, sans l'écriture dans le fichier:

    read.csv(text=data)

    Edit: Une option beaucoup plus facile est en fait d'utiliser le rio package:

    library("rio")
import("https://dl.dropbox.com/u/7710864/data/csv_hid/ss06hid.csv")

    Cela permettra de lire directement à partir de l'URL HTTPS et le retour de données.cadre.

    Lorsque j'ai chargé le RCurl paquet et substitué dans votre code dans le Knitr markdown fichier ensuite tricoté en HTML et tout a fonctionné parfaitement, merci beaucoup!

    OriginalL'auteur

  2. 19

    Vous pouvez utiliser https avec des téléchargement.fichier() fonction en passant "curl" à la méthode :

    download.file(url,destination,method="curl")

    OriginalL'auteur

  3. 9

    Utilisation setInternet2(use = TRUE) avant d'utiliser le download.file() fonction. Il fonctionne sur Windows 7. 

    setInternet2(use = TRUE)
download.file(url, destfile = "test.csv")
    résout le problème.
    setInternet2(use = TRUE) fait le tour, Merci!

    OriginalL'auteur

  4. 5

    Je suis sûr que vous avez déjà trouvé la solution à votre problème maintenant.

    J'ai été un travail, droit maintenant, et finit par obtenir la même erreur. J'ai essayé quelques trucs, mais cela ne fonctionne pas pour moi. Peut-être parce que je suis en train de travailler sur une machine Windows.

    De toute façon, j'ai changé le lien: http: plutôt que de https: et qui a fait le tour.

    Suivante est la partie de mon code: 

    if (!file.exists("./PeerAssesment2")) {dir.create("./PeerAssessment2")}
fileURL <- "http://d396qusza40orc.cloudfront.net/repdata%2Fdata%2FStormData.csv.bz2"
download.file(fileURL, dest = "./PeerAssessment2/Data.zip")

install.packages("R.utils")
library(R.utils)
if (!file.exists("./PeerAssessment2/Data")) {
    bunzip2 ("./PeerAssessment2/Data.zip", destname = "./PeerAssessment2/Data")
}
list.files("./PeerAssessment2")

noaaData <- read.csv ('./PeerAssessment2/Data')

    Espère que cette aide.

    OriginalL'auteur

  5. 4

    J'ai eu le même problème avec knitr et téléchargement.fichier() avec une url https, sur Windows 8.

    Vous pouvez essayer de setInternet2(TRUE) avant d'utiliser le download.file() fonction. Cependant, je ne suis pas sûr que ce correctif fonctionne sur les systèmes de type Unix.

    setInternet2(TRUE)  # set the R_WIN_INTERNET2 to TRUE
fileurl <- "https://dl.dropbox.com/u/7710864/data/csv_hid/ss06hid.csv"
download.file(fileurl, destfile = "C:/Users/xxx/yyy") # now it should work

    Source : R de la documentation (?download.file()) :

    Noter que https://URLs sont pris en charge uniquement si --internet2 ou variable d'environnement R_WIN_INTERNET2 ou setInternet2(VRAI) a été utilisé (pour rendre l'utilisation d'Internet Explorer internes), et ensuite seulement si le certificat est considéré comme valable.

    OriginalL'auteur

  6. 1

    J'ai eu le même problème avec un https avec le code suivant fonctionne parfaitement dans R et prise en unsupported URL scheme lors du tricot html:

    temp = tempfile()
download.file("https://d396qusza40orc.cloudfront.net/repdata%2Fdata%2Factivity.zip", temp)
data = read.csv(unz(temp, "activity.csv"), colClasses = c("numeric", "Date", "numeric"))

    J'ai essayé toutes les solutions posté ici et rien n'a fonctionné, dans mon absolu désespoir de cause j'ai juste éliminé le "s" de "https" dans l'url et que tout est bien...

    OriginalL'auteur

  7. 0

    À l'aide de la R télécharger package prend soin de l'excentrique de détails typiquement associés avec les téléchargements de fichiers. Pour vous exemple, tous vous avez besoin à faire aurait été:

    ```{r}
library(download)
fileurl <- "https://dl.dropbox.com/u/7710864/data/csv_hid/ss06hid.csv"
download(fileurl, destfile = "C:/Users/xxx/yyy")
```

    OriginalL'auteur