R tirage kmeans clustering avec heatmap

Je voudrais cluster une matrice avec des kmeans, et être en mesure de tracer heatmap. Il semble tout à fait banale, et j'ai vu beaucoup de parcelles de ce genre. J'ai essayé de google atround, mais ne peut pas trouver un moyen de les contourner.

J'aimerais être capable de tracer quelque chose comme panneau A ou B sur cette figure.
Disons que j'ai une matrice avec 250 lignes et 5 colonnes. Je ne veux pas de cluster les colonnes, juste les lignes.

m = matrix(rnorm(25), 250, 5)

km = kmeans(m, 10)

Alors comment puis-je tracer ces 10 clusters comme une heatmap ? Vous avez des commentaires et de l'aide est plus que bienvenue.

Grâce.

R tirage kmeans clustering avec heatmap

Cette question est similaire à celui-ci (stackoverflow.com/q/5687891/597069), qui a de belles réponses.
Jetez un oeil sur question

OriginalL'auteur Benoit B. | 2011-02-22

  1. 6

    Quelque chose comme la suivante devrait fonctionner:

    set.seed(100)
m = matrix(rnorm(10), 100, 5)
km = kmeans(m, 10)
m2 <- cbind(m,km$cluster)
o <- order(m2[, 6])
m2 <- m2[o, ]
library(pheatmap) # I like esoteric packages!
library(RColorBrewer)
pheatmap(m2[,1:5], cluster_rows=F,cluster_cols=F, col=brewer.pal(10,"Set3"),border_color=NA)

    R tirage kmeans clustering avec heatmap

    Merci Paolo pour la réponse. Cependant je suis un peu confus, comment se fait-nous de perdre les 5 colonnes dans l'intrigue ?
    Nous ne sommes pas! Essayez: pheatmap(m2[,1:5], cluster_rows=F,cluster_cols=F, col=brasseur.pal(10,"Set3"))

    OriginalL'auteur Paolo

  2. 0

    Je pense que les deux les deux les chiffres devraient provenir de deux chiffres combinés. celui de gauche est heatmap et le droit est de couleur basé sur le cluster résultats. Bien sûr, les données doivent être réorganisées par le résultat de la grappe. BTW, la question n'est pas semblable avec les deux questions comme indiqué ci-dessous à la question.

    OriginalL'auteur Zhilong Jia