Supprimer tous les paquets qui ne viennent pas avec des R

Comment puis-je supprimer tous les paquets installés, sauf base et recommended?

  • Juste par curiosité, pourquoi voudrait-on le faire au lieu de frais de R installation?
  • Mise à jour de R 3.0.0 et recompiler tous les paquets. Certains donnent des erreurs, alors j'ai pensé revenir à la vanille et de le réinstaller.
  • c'est la question que j'ai dû poser la question avant de tenter de répondre! 🙂
InformationsquelleAutor ECII | 2013-05-05
  1. 14

    Au lieu de

    Mis à jour pour R 3.0.0 et recompiler tous les paquets.

    il suffit de ne

    update.packages(..., checkBuilt=TRUE)

    qui est ce que j'ai fait sur mon R 3.0.0 (à l'aide de lib.loc=... à point à mes différents répertoires locaux). Cela permettra de mettre à jour tout ce que vous avez et qu'il peut encore obtenir de repos comme CRAN. Pour install_git() etc, vous êtes hors de la chance et à la réinstaller.

    Mais de toute façon vous ne pas besoin de supprimer les paquets en premier.

    • Je n'ai update.packages() sans checkBuilt=T et rencontrer des erreurs. A été que la cause de mes probs?
    • Eh bien, si un paquet n'existe plus, ou construit, ou ... il ne fonctionnera pas en vertu de la présente, mais ne va pas quand vous l'installer manuellement. Cela fait juste votre vie plus facile. YMMV.
    • Oui. checkBuilt vérifie si les paquets ont été construits sous la dernière version majeure de R et de marques comme les vieilles et dans le besoin de mise à jour si elle est VRAIE, et essayer mettre à jour.
    InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
  2. 18

    Être PRUDENT! Et lisez la documentation avant d'essayer ceci:

    # Pasted as a commented to prevent blindly copying and pasting
# remove.packages( installed.packages( priority = "NA" )[,1] )

    Par défaut, cette valeur de supprimer des paquets à partir de la première bibliothèque dans votre .libPaths().

    • sera-ce le retour de mes R de l'installation à la vanille, de l'état?
    • En supposant que l'installation par défaut les paramètres par défaut et de l'utilisation de l'installation. forfaits et rien de fantaisie dans. REnviron fichier ou .RProfile fichier, puis je pense que oui! 🙂
    • J'ai juste couru ce code pour R 3.0.0 et ici sont les seuls paquets encore disponibles: de base, de démarrage, de classe, de cluster, outils de code, un compilateur, des ensembles de données, étranger, les graphiques, les grDevices, grille KernSmooth, de treillis, de MASSE, de la Matrice, des méthodes, des mgcv, nlme, nnet, en parallèle, rpart, spatiale, les splines, les statistiques, l'stats4, la survie, tcltk, des outils, des utils
    • J'ai juste couru le code et a obtenu Error in find.package(pkgs, lib) : there are no packages called ‘assertthat’, ‘backports’, ‘brew’, ‘callr’, ‘cli’, ‘clipr’, ‘clisymbols’, ‘commonmark’, ‘crayon’, ‘curl’, ‘desc’, ‘devtools’, ‘digest’, ‘evaluate’, ‘fansi’, ‘fs’, ‘gh’, ‘git2r’, ‘glue’, ‘highr’, ‘httr’, ‘ini’, ‘jsonlite’, ‘knitr..., Comment pourrais-je résoudre ce problème?
    InformationsquelleAutor Simon O'Hanlon
  3. 1

    Si sur Linux, le plus simple est probablement de supprimer le dossier de la bibliothèque, qui se trouve par défaut dans /home/yourusername/R.

    Sur Fedora, par exemple, il est appelé x86_64-redhat-linux-gnu-library.
    Si le dossier /home/yourusername/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library est supprimé, il est recréé automatiquement lors du démarrage suivant de R. Toutes les bibliothèques par défaut sont disponibles régulièrement.

    • il est recréé automatiquement lors du démarrage suivant de R → n – il n'est recréé une fois que vous demandez pour l'installation d'un paquet, et le système de la bibliothèque n'est pas accessible en écriture pour l'utilisateur.
    InformationsquelleAutor giocomai
  4. 1

    Ici est une solution disponible dans le R-Blogueur: 

    # create a list of all installed packages
 ip <- as.data.frame(installed.packages())
 head(ip)
# if you use MRO, make sure that no packages in this library will be removed
 ip <- subset(ip, !grepl("MRO", ip$LibPath))
# we don't want to remove base or recommended packages either\
 ip <- ip[!(ip[,"Priority"] %in% c("base", "recommended")),]
# determine the library where the packages are installed
 path.lib <- unique(ip$LibPath)
# create a vector with all the names of the packages you want to remove
 pkgs.to.remove <- ip[,1]
 head(pkgs.to.remove)
# remove the packages
 sapply(pkgs.to.remove, remove.packages, lib = path.lib)

    Voici le lien pour le message original: https://www.r-bloggers.com/how-to-remove-all-user-installed-packages-in-r/

    InformationsquelleAutor add-semi-colons