taille maximale d'une matrice dans la R

Je suis avec igraph à faire une certaine analyse de réseau. Dans le cadre de cela, j'ai créer une matrice avec 2 colonnes et autant de lignes qu'il y a des liens. J'ai un réseau de grande taille (plusieurs millions de liens) et la création de cette matrice n'a pas de travail au bout de 3 heures de temps d'exécution (pas d'erreurs, pas seulement de résultat, et il affiche "pas de réponse").

Quelle est la taille maximale d'une telle matrice de caractère? Combien de temps faut-il courir?

Je suis en cours d'exécution 64 bits R 2.14.1, sur une machine Windows 7 avec 4 GO de mémoire à 2,67 Ghz

grâce

AJOUTÉ
Merci pour les réponses rapides. Cela m'a fait positif, il n'était pas de la taille de la matrice; il s'est avéré être une erreur dans les colonnes de l'autre de la matrice que j'utilisais pour créer cette matrice.

Pouvez-vous élaborer sur comment de la création de la matrice?
il s'est avéré être une erreur de ma part

OriginalL'auteur Peter Flom | 2012-04-02

  1. 12

    La limite théorique d'un vecteur dans R est 2 147 483 647 éléments. Donc, c'est environ 1 milliard de lignes /2 colonnes.

    ...mais que la quantité de données ne correspond pas à 4 GO de mémoire... Et surtout pas avec des chaînes de caractères dans un caractère de vecteur. Chaque chaîne est au moins 96 octets (object.size('a') == 96), et chaque élément de votre matrice sera un pointeur (8 octets) pour une chaîne (il n'y a qu'une seule instance de chaque chaîne unique).

    Donc ce qui se passe en général, c'est que la machine commence à utiliser la mémoire virtuelle et le début de permutation. Lourd permutation typiquement tue tout espoir de jamais finir dans ce siècle - en particulier sur Windows.

    Mais si vous utilisez un package (igraph?) et vous êtes en lui demandant de produire la matrice, il est sans doute beaucoup de travail interne et crée beaucoup d'auxiliaire des objets. Donc, même si vous n'êtes nulle part près de la limite de mémoire pour le résultat unique de la matrice, l'algorithme utilisé pour produire de l'il peut exécuter de mémoire. Il peut également être non-linéaire (quadratique ou pire) dans le temps, qui serait à nouveau de tuer tout espoir de jamais finir dans ce siècle...

    Un bon moyen d'étudier pourrait être à temps sur un petit graphique (en utilisant par exemple system.time), et le nouveau, en doublant le graphique de la taille d'un couple de fois. Ensuite, vous pouvez voir si le temps est linéaire ou quadratique et vous pouvez estimer combien de temps il faudra pour terminer votre grand graphe. Si la prédiction dit une semaine, alors vous savez 😉

    Il y a une surcharge sur un vecteur, à la limite object.size(character(n))/n montre que les caractères sont de 8 octets.
    Vrai. Les chaînes de taille augmente de 8 pour 8 caractères. Donc object.size('abcdefgh') == 104 (sur les systèmes 64 bits)

    OriginalL'auteur Tommy

  2. 2

    R les matrices peuvent être abordées dans le seul indice de notation comme ils sont vraiment un vecteur avec un faible attribut de longueur 2 et dans la R vecteurs sont adressés par un entier signé de 32 bits, même si vous utilisez la version 64 bits. Donc un 2-colonne de la matrice peut avoir un maximum de 2^30-1 lignes.

    Un data.frame vous permettrait d'utiliser 2^31-1 des lignes et des colonnes.

    OriginalL'auteur James