Tracer une légende et bien espacées universelle de l'axe des y et les titres principaux dans la grille.organiser

J'ai le code suivant qui va générer deux fichiers pdf contenant des parcelles au répertoire de travail courant:

library(reshape)
library(ggplot2)
require(ggplot2)
source("http://gridextra.googlecode.com/svn/trunk/R/arrange.r")
data<-structure(list(Loci = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 
8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 
21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 
34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 52L, 44L, 45L, 
46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 53L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 
60L, 61L, 62L), .Label = c("Baez", "Blue", "C147", "C204", "C21", 
"C278_PT", "C294", "C316", "C485", "C487_PigTa", "C536", "Carey", 
"Cool", "Coyote", "Deadpool", "Epstein", "Glass", "Harrison", 
"Harvest", "Hazel", "i-113", "i-114", "i-120_PigT", "i-126", 
"i-127", "Imagine", "Jackstraw_", "Jericho", "Jerry-Garc", "Jude", 
"Kitty", "Majesty", "Million", "Monkey", "Mozambique", "Neil", 
"Nettie", "Piggies", "Psylocke", "Queen", "Ramble", "Sinv-25", 
"Sinv12", "Sol-11", "Sol-18", "Sol-20", "Sol-49", "Sol-6", "Sol-J1", 
"Sol-M2", "Sol-M3", "SolB8", "st_stephen", "Starr", "Sun_King", 
"Taxman", "Tombstone_", "Wallflower", "Weight", "Wigwam", "Workingman", 
"Yellow"), class = "factor"), All = c(0.3357, 0.4166, 0.0242, 
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0, 0.3542, 0.0363, 0.0679, 0.2652, 0.122, 0.4025, 0.8155, 2e-04, 
0.2642, 0.3629, 0, 0.2897)), .Names = c("Loci", "All", "X1_only", 
"X78_only", "X8_removed", "X8_only", "X7_removed", "X7_only", 
"X5_removed", "X5_only", "X4_removed", "X4_only", "X3_removed", 
"X3_only", "X2_removed", "X2_only", "X1_removed"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-62L))
#now make subsets of this big dataset 
split1_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[1:8]))
split2_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[9:16]))
split3_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[17:24]))
split4_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[25:32]))
split5_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[33:40]))
split6_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[41:48]))
split7_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[49:56]))
split8_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[57:62]))
#and melt each of them
split1_datam<-melt(split1_data,id="Loci")
split2_datam<-melt(split2_data,id="Loci")
split3_datam<-melt(split3_data,id="Loci")
split4_datam<-melt(split4_data,id="Loci")
split5_datam<-melt(split5_data,id="Loci")
split6_datam<-melt(split6_data,id="Loci")
split7_datam<-melt(split7_data,id="Loci")
split8_datam<-melt(split8_data,id="Loci")
#and make a plot for each of the melted subsets
p1<- ggplot(split1_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))+ geom_bar(position="dodge")+ geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position="none",axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1)) + ylab(NULL)
p2<- ggplot(split2_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position = "none", axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+ scale_fill_grey() + ylab(NULL)
p3<-p <- ggplot(split3_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))
p3<-p3 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position = "none", axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1)) + ylab(NULL)
p4<-p <- ggplot(split4_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))
p4<-p4 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+opts(legend.position="none", axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL)
p5<-p <- ggplot(split5_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))
p5<-p5 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position = "none", axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8))+ scale_y_discrete(breaks=seq(0,1)) + ylab(NULL)
p6<-p <- ggplot(split6_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))
p6<-p6 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+ opts(legend.position = "none", axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL)
p7<-p <- ggplot(split7_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))
p7<-p7 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+ opts(legend.position = "none", axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL)
p8<-p <- ggplot(split8_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))
p8<-p8 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+opts(legend.position="none",axis.text.x  = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL)
#make a bad attempt at creating a legend for the entire multiplot?
leg <- ggplotGrob(p1 + opts(keep="legend_box"))
## one needs to provide the legend with a well-defined width
legend=gTree(children=gList(leg), cl="legendGrob")
widthDetails.legendGrob <- function(x) unit(2, "cm")
#plot the first four plots together
pdf("sensivitity_page_2_plots.pdf") 
grid.arrange(p1, p2, p3, p4, nrow=2, legend=legend, main ="Sensitivity", left = "Pvalue")
dev.off()
#same with the next four
pdf("sensivitity_page_2_plots.pdf")
leg <- ggplotGrob(p5 + opts(keep="legend_box"))
## one needs to provide the legend with a well-defined width
legend=gTree(children=gList(leg), cl="legendGrob")
widthDetails.legendGrob <- function(x) unit(2, "cm")
grid.arrange(p5, p6, p7, p8, nrow=2, legend=legend, main ="Sensitivity", left = "Pvalue")
dev.off()

Les parcelles ressemblera à ceci:
Tracer une légende et bien espacées universelle de l'axe des y et les titres principaux dans la grille.organiser

J'ai les questions suivantes:

Comment puis-je l'espace de l'axe y de l'étiquette de sorte qu'il n'est pas si près du bord?
Comment puis-je faire de même pour le titre principal
Pourquoi la légende n'apparaît pas? (cette partie du code a été levé à partir de la grille.organiser la documentation). Et, quand il le fait, comment puis-je espace correctement? Quelqu'un d'autre utilisation de la grille.organiser?
Si non, est-il une autre manière d'appliquer la mise en page()-comme le positionnement dans ggplot?

Merci beaucoup, tout le monde!

s'il vous plaît, faire un plus exemple minimal. Aussi, je vous recommandons d'utiliser le CRAN version de gridExtra et de regarder cette page pour la légende.
notez également que l'étiquette de gauche peut être un grob, où vous pouvez définir la largeur que vous voulez.

OriginalL'auteur Atticus29 | 2012-06-18

ggplot2 r

Aussi loin que je peux dire, votre p1 n'est pas une légende, donc il n'y a pas de légende à extraire, et donc pas de légende seront tracés dans l'appel à grid.arrange.

Voici un exemple plus simple. Il devrait vous obtenir a commencé.

EDIT: mise à jour du Code pour ggplot2 version 0.9.3.1

# Load the required packages
library(ggplot2)
library(gtable)
library(grid)
library(gridExtra)
# Generate some data
df <- data.frame(x = factor(rep(1:5, 2)), Groups = factor(rep(c("Group 1", "Group 2"), 5)))
# Get four plots
p1 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) +
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank())
p2 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) +
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank())
p3 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) +
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank())
p4 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) +
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank())
# Extracxt the legend from p1
legend = gtable_filter(ggplotGrob(p1), "guide-box") 
# grid.draw(legend)    # Make sure the legend has been extracted
# Arrange the elements to be plotted. 
# The inner arrangeGrob() function arranges the four plots, the main title, 
#   and the global y-axis title.
# The outer grid.arrange() function arranges and draws the arrangeGrob object and the legend.
grid.arrange(arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"), 
p2 + theme(legend.position="none"),
p3 + theme(legend.position="none"),
p4 + theme(legend.position="none"), 
nrow = 2,
top = textGrob("Main Title", vjust = 1, gp = gpar(fontface = "bold", cex = 1.5)),
left = textGrob("Global Y-axis Label", rot = 90, vjust = 1)), 
legend, 
widths=unit.c(unit(1, "npc") - legend$width, legend$width), 
nrow=1)

Notez comment le widths utilise la largeur de la légende. Le résultat est:

Tracer une légende et bien espacées universelle de l'axe des y et les titres principaux dans la grille.organiser

Le titre principal et le mondial de l'axe y de titre ont été positionnées à l'aide de vjust. Si vous voulez, par exemple, le mondial de l'axe y de titre à prendre plus d'espace, puis créer un textGrob, et l'utilisation widths pour définir sa largeur. Ici, l'intérieur arrangeGrob organise les quatre parcelles et le titre principal. La grille extérieure.organiser arrange et attire le mondial de l'axe y de titre, le arrangeGrob objet, et de la légende. La largeur de la mondial de l'axe y de titre est fixé à trois lignes.

label = textGrob("Global Y-axis Label", rot = 90, vjust = 0.5)
grid.arrange(label,
arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"), 
p2 + theme(legend.position="none"),
p3 + theme(legend.position="none"),
p4 + theme(legend.position="none"), 
nrow = 2,
top = textGrob("Main Title", vjust = 1, gp = gpar(fontface = "bold", cex = 1.5))), 
legend, 
widths=unit.c(unit(3, "lines"), unit(1, "npc") - unit(3, "lines") - legend$width, legend$width), 
nrow=1)

MODIFIER

À l'aide de vos données et de votre code. et en modifiant les données, j'ai dessiné les quatre premières parcelles, extrait de la légende de la première parcelle, puis arrangé les parcelles, de la légende, et l'étiquette. Le code a couru avec pas de problèmes.

Il y avait quelques problèmes avec les parcelles (et aussi, votre code pourrait ne pas avoir produit les parcelles indiqué dans votre post). J'ai fait quelques modifications mineures.

# Load the libraries
library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(reshape2)
###
# Your code from your post for getting the data, subsetting, and reshaping the data.
###
#and make a plot for each of the melted subsets
p1 <- ggplot(split1_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
theme(axis.text.x  = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
ylab(NULL)
p2 <- ggplot(split2_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
theme(axis.text.x  = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
ylab(NULL)
p3 <- ggplot(split3_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
theme(axis.text.x  = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
ylab(NULL)
p4 <- ggplot(split4_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
theme(axis.text.x  = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
ylab(NULL)
# Extracxt the legend from p1
legend = gtable_filter(ggplotGrob(p1), "guide-box") 
# grid.draw(legend)    # Make sure the legend has been extracted
# Arrange and draw the plot as before
label = textGrob("p value", rot = 90, vjust = 0.5)
grid.arrange(label,
arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"), 
p2 + theme(legend.position="none"),
p3 + theme(legend.position="none"),
p4 + theme(legend.position="none"), 
nrow = 2,
top = textGrob("Sensitivity", vjust = 1, gp = gpar(fontface = "bold", cex = 1.5))), 
legend, 
widths=unit.c(unit(2, "lines"), unit(1, "npc") - unit(2, "lines") - legend$width, legend$width), nrow=1)

Tracer une légende et bien espacées universelle de l'axe des y et les titres principaux dans la grille.organiser

Sandy, vous êtes génial! Je vais essayer ton code, et j'obtiens des erreurs tout à fait comme ceux décrits ici:stackoverflow.com/questions/5453840/...
Je suis un peu confus. Le poste vous référer aux mentions ggExtra, mais ggExtra a été à la retraite il y a quelques temps. Voulez-vous dire que vous êtes gettinng erreurs lors de l'exécution de mon code est, en utilisant le jouet de données que j'ai mis en place? Dans ce cas, ce sont des versions que vous utilisez? Je suis en version R 2.15.0; ggplot2 version 0.9.1; et gridExtra version 0.9. Je viens de lancer le code en le copiant directement dans le R de la console. Il n'y avait pas de problèmes.
Et le code fonctionne avec vos données, mais avec des modifications mineures à l'parcelles - voir la modifier dans ma réponse.
Salut, Sable! Je me demandais pourquoi je ne pouvais pas obtenir la dernière version de ggplot, et il s'avère que c'était parce que je n'avais pas la dernière version de R. Merci beaucoup pour tout, et j'apprécie tout le travail dur. Il est très beau maintenant!
Salut @Sandy Muspratt! J'ai essayé de résoudre un problème similaire et j'ai juste trouvé cela étonnant de réponse. Comment pourrais-je utiliser ce même code (la dernière version) afin de tracer la légende au bas de l'échelle? Merci.

OriginalL'auteur Sandy Muspratt

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