Une version de Python 2.7: XML ElementTree: Comment parcourir certains éléments d'un enfant de l'élément afin de trouver une correspondance

Je suis un novice en programmation et que rarement l'utilisation de python, de sorte s'il vous plaît garder avec moi comme je l'ai essayer d'expliquer ce que je suis en train de faire 🙂

J'ai le code XML suivant:

<?xml version = "1.0" encoding = "utf-8"?>
<Patients>
<Patient>
<PatientCharacteristics>
<patientCode>3</patientCode>
</PatientCharacteristics>
<Visits>
<Visit>
<DAS>
<CRP>14</CRP>
<ESR/>
<Joints>
<DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
<SWOL28>20</SWOL28>
<TEN28>20</TEN28>
</Joints>
</DAS>
<VisitDate>2010-02-17</VisitDate>
</Visit>
<Visit>
<DAS>
<CRP>10</CRP>
<ESR/>
<Joints>
<DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
<SWOL28>15</SWOL28>
<TEN28>20</TEN28>
</Joints>
</DAS>
<VisitDate>2010-02-10</VisitDate>
</Visit>
</Visits>
</Patient>
<Patient>
<PatientCharacteristics>
<patientCode>3</patientCode>
</PatientCharacteristics>
<Visits>
<Visit>
<DAS>
<CRP>14</CRP>
<ESR/>
<Joints>
<DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
<SWOL28>34</SWOL28>
<TEN28>0</TEN28>
</Joints>
</DAS>
<VisitDate>2010-08-17</VisitDate>
</Visit>
<Visit>
<DAS>
<CRP>10</CRP>
<ESR/>
<Joints>
<DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
<SWOL28></SWOL28>
<TEN28>2</TEN28>
</Joints>
</DAS>
<VisitDate>2010-07-10</VisitDate>
</Visit>
<Visit>
<DAS>
<CRP>9</CRP>
<ESR/>
<Joints>
<DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
<SWOL28>56</SWOL28>
<TEN28>6</TEN28>
</Joints>
</DAS>
<VisitDate>2009-07-10</VisitDate>
</Visit>
</Visits>
</Patient>
</Patients>

Tout ce que je veux faire ici est de mettre à jour certaines 'SWOL28 valeurs si elles correspondent à la patientCode et VisitDate que j'ai stocké dans un fichier texte. Ce que je comprends, elementtree ne comprend pas un parent de référence, comme si elle le faisait, je pouvais findall() à partir de la racine et de travailler à rebours à partir de là. Comme il se trouve ici, c'est mon psuedocode:

Pour chaque ligne dans le fichier texte:
Mettre Visit_Date Patient_Code New_SWOL28 dans des variables
Pour chaque patient élément:
Si patientCode = Patient_Code
Pour chaque Visite de l'élément:
Si VisitDate = Visit_Date
Si SWOL28 élément existe, pour cette visite
Mise à jour SWOL28 à New_SWOL28

Mais je suis bloqué à l'étape numéro 5. Comment puis-je obtenir une liste des visites à itérer? Toutes mes excuses si c'est un très bête question, mais j'ai cherché haut et bas pour la réponse, je vous assure! J'ai dépouillé mon code pour le nu-exemple de la partie j'ai besoin de fixer ci-dessous:

import xml.etree.ElementTree as ET
tree = ET.parse('DB3.xml')
root = tree.getroot()
for child in root: # THIS GETS ME ALL THE PATIENT ATTRIBUTES
print child.tag 
for x in child/Visit: # THIS IS WHAT I CANNOT FIND THE CORRECT SYNTAX FOR
# I WOULD THEN PERFORM STEPS 6, 7 AND 8 HERE

Je serais extrêmement reconnaissante de toutes les idées tout de vous pouvez avoir sur ce. Je ne suis pas une programmation naturel, c'est sûr!

Merci d'avance,
Sarah

Edit 1:

Sur les conseils de la SVK ci-dessous, j'ai essayé le suivant:

import xml.etree.ElementTree as ET
tree = ET.parse('Untitled.xml')
root = tree.getroot()
for child in root:
print child.tag 
child.find( "visits" )
for x in child.iter("visit"):
print x.tag, x.text

Mais la seule sortie que j'obtiens est:
Patient
Patient
et aucun des baisse des balises. Des idées?

Vous ne semblent pas avoir un haut niveau de la balise, par exemple <Patients> avez-vous modifier ce que, ou est-ce votre document?
Désolé, oui, juste ajouté ça là maintenant. Merci!
Je voudrais utiliser lxml ici (API compatible bibliothèque) et d'utiliser des expressions xpath. Avec le droit de l'expression XPath la sélection de la bonne des visites est assez facile.

OriginalL'auteur Sarah-Ann | 2013-03-26

Ce n'est pas testée par il devrait être assez proche de ce que vous voulez.

for patient in root:
patient_code =  patient.find('PatientCharacteristics').find('patientCode')
if patient_code.text == code:
for visit in patient.find('Visits'):
visit_date = visit.find('VisitDate')
if visit_date.text == date:
swol28 = visit.find('DAS').find('Joints').find('SWOL28')
if swol28.text:
visit.find('DAS').find('Joints').set('SWOL28', new_swol28)

Qui fonctionne! Beaucoup beaucoup beaucoup de grâce, je ne peux pas croire que c'était facile, les coups de pied moi-même!!! BTW, vous êtes un génie 🙂

OriginalL'auteur Peter Enns

5

Vous pouvez effectuer une itération sur l'ensemble de la "visite" des balises directement sous l'élément "élément", comme ceci:
```
for x in element.iter("visit"):
```
Vous pouvez trouver le premier enfant direct de l'élément correspondant à un certain tag:
```
element.find( "visits" )
```
Il semble que vous devrez d'abord de localiser les "visites" de l'élément, qui est le parent de "visite", et puis itérer sur sa "visite" des enfants. Mettre ensemble, vous auriez quelque chose comme ceci:
```
for patient_element in root:
print patient_element.tag 
visits_element = patient_element.find( "visits" )
for visit_element in visits_element.iter("visit"):
print visit_element.tag, visit_element.text
# ... further processing of each visit element here
```
En général œil à la section "Trouver des éléments intéressants" dans la documentation de xml.programme etree.ElementTree: http://docs.python.org/2/library/xml.etree.elementtree.html#finding-interesting-elements

Merci beaucoup, j'ai essayé votre réponse, mais en vain, voir modifier 1.
Désolé, la réponse a été un peu brouillon. Je crois que la chose que vous avez manqué était enfant.find( "bla" ) ne fait rien par lui-même-il retour le nœud qu'il a trouvé. Vous devez utiliser la valeur de retour pour continuer votre recherche.

OriginalL'auteur svk
0

Vous pouvez utiliser un CssSelector pour obtenir les nœuds que vous voulez à partir du Patient élément:
```
from lxml.cssselect import CSSSelector
visitSelector = CSSSelector('Visit')
visits =  visitSelector(child)
```
vous pouvez faire de même pour obtenir le patientCode Tag et tag SWOL28
ensuite, vous pouvez accéder et modifier le texte des éléments à l'aide de element.text

ma version de python n'a pas de lxml, et j'ai regardé dans de l'installer et il était un peu hors de ma profondeur! Merci bien!
dans la ligne de commande, il est tout simplement: pip install lxml

OriginalL'auteur niroyb

Si vous utilisez lxml.etree, vous pouvez utiliser xpath pour trouver les éléments dont vous avez besoin pour mettre à jour.

E. g.

doc.xpath('Patient[PatientCharacteristics/patientCode=$patient]/Visits/Visit[VisitDate=$visit]',patient="3",visit="2009-07-10")

Donc

from lxml import etree
doc = etree.parse("DB3.xml")
changes = [
dict(patient='3',visit='2010-08-17',swol28="99"),
]
def update_doc(x,d):
for row in d:
for visit in x.xpath('Patient[PatientCharacteristics/patientCode=$patient]/Visits/Visit[VisitDate=$visit]',**row):
for swol28 in visit.xpath('DAS/Joints/SWOL28'):
swol28.text = row['swol28']
update_doc(doc,changes)
print etree.tostring(doc)

Devrait te rapporter quelque chose qui contient:

<Patient>
<PatientCharacteristics>
<patientCode>3</patientCode>
</PatientCharacteristics>
<Visits>
<Visit>
<DAS>
<CRP>14</CRP>
<ESR/>
<Joints>
<DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
<SWOL28>99</SWOL28>
<TEN28>0</TEN28>
</Joints>
</DAS>
<VisitDate>2010-08-17</VisitDate>
</Visit>
</Visits>
</Patient>

OriginalL'auteur MattH

Vous devez vous connecter pour publier un commentaire.