ValueError: ndarray n'est pas C contigus dans cython

J'ai écrit la fonction suivante dans cython pour estimer le la log-vraisemblance 

@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
def likelihood(double m,
double c,
np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] r_mpc not None,
np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] gtan not None,
np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] gcrs not None,
np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] shear_err not None,
np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] beta not None,
double rho_c,
np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] rho_c_sigma not None):
cdef double rscale = rscaleConstM(m, c,rho_c, 200)
cdef Py_ssize_t ngals = r_mpc.shape[0]
cdef np.ndarray[DTYPE_T, ndim=1, mode='c'] gamma_inf = Sh(r_mpc, c, rscale, rho_c_sigma)
cdef np.ndarray[DTYPE_T, ndim=1, mode='c'] kappa_inf = Kap(r_mpc, c, rscale, rho_c_sigma)
cdef double delta = 0.
cdef double modelg = 0.
cdef double modsig = 0.
cdef Py_ssize_t i
cdef DTYPE_T logProb = 0.
#calculate logprob
for i from ngals > i >= 0:
modelg = (beta[i]*gamma_inf[i] / (1 - beta[i]*kappa_inf[i]))
delta = gtan[i] - modelg
modsig = shear_err[i]
logProb = logProb -.5*(delta/modsig)**2  - logsqrt2pi - log(modsig)
return logProb

mais quand je lance la version compilée de cette fonction, j'obtiens le message d'erreur suivant:

  File "Tools.pyx", line 3, in Tools.likelihood 
def likelihood(double m,
ValueError: ndarray is not C-contiguous

Je ne pouvais tout à fait comprendre pourquoi ce problème se produit??!!! Je vous en seront reconnaissants pour obtenir tous les conseils utiles.

  • Est-il plein de la source? Peut-être ajouter de cimport numpy as np serait-il vous aider?
  • bien sûr, il ne l'est pas! C'est un long code, et j'ai posté la partie de code qui génère l'erreur de message.
  • En effet, c'est sur le haut de la longue code.
InformationsquelleAutor Dalek | 2014-11-06
  1. 21

    Juste avant vous obtenez le message d'erreur, essayez d'imprimer le flags attribut du tableau numpy(s) vous êtes de passage à likelihood. Vous verrez probablement quelque chose comme:

    In [2]: foo.flags
Out[2]: 
C_CONTIGUOUS : False
F_CONTIGUOUS : True
OWNDATA : True
WRITEABLE : True
ALIGNED : True
UPDATEIFCOPY : False

    Note où il est dit C_CONTIGUOUS : False, parce que c'est la question. Pour le fixer, il suffit de le convertir en C-ordre:

    In [6]: foo = foo.copy(order='C')
In [7]: foo.flags
Out[7]: 
C_CONTIGUOUS : True
F_CONTIGUOUS : False
OWNDATA : True
WRITEABLE : True
ALIGNED : True
UPDATEIFCOPY : False
    InformationsquelleAutor perimosocordiae