Y compris la Bibliographie dans RMarkdown document avec l'utilisation de la knitcitations

Je suis en train d'utiliser knitcitations et ajouter la bibliographie à la R Markdown document que je suis de rédaction dans la R Studio. L'en-tête de mon document ressemble à ceci:

---
title: "Some Title"
author: "Me"
date: "September 2015"
bibliography: bibliography.bib
output:
  pdf_document: 
    highlight: tango
    number_sections: yes
    toc: yes
---

Je veux ajouter la bibliographie à la fin en utilisant le code suivant:

```{r generateBibliography, echo=FALSE, eval=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE}
require("knitcitations")
cleanbib()
options("citation_format" = "pandoc")
read.bibtex(file = "bibliography.bib")
```

Le fichier de référence bibliography.bib a le contenu suivant:

@article{debarsy_testing_2010,
title = {Testing for spatial autocorrelation in a fixed effects panel data model},
volume = {40},
issn = {0166-0462},
url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166046210000451},
doi = {10.1016/j.regsciurbeco.2010.06.001},
abstract = {The aim of this paper is to assess the relevance of spatial autocorrelation in a fixed effects panel data model and in the affirmative, to identify the most appropriate spatial specification as this appears to be a crucial point from the modeling perspective of interactive heterogeneity. Several {LM} test statistics as well as their {LR} counterparts, which allow discriminating between endogenous spatial lag versus spatially autocorrelated errors, are therefore proposed. Monte Carlo experiments show their good finite sample performance. Finally, an empirical application is provided in the framework of the well-known Feldstein–Horioka puzzle.},
pages = {453--470},
number = {6},
journaltitle = {Regional Science and Urban Economics},
shortjournal = {Regional Science and Urban Economics},
author = {Debarsy, Nicolas and Ertur, Cem},
urldate = {2015-10-01},
date = {2010-11},
keywords = {Panel data, Spatial autocorrelation, Test statistics},
file = {complex_zotero_path}
}
@article{lamichhane_spatial-temporal_2015,
title = {Spatial-Temporal Modeling of Neighborhood Sociodemographic Characteristics and Food Stores},
volume = {181},
issn = {0002-9262, 1476-6256},
url = {http://aje.oxfordjournals.org/content/181/2/137},
doi = {10.1093/aje/kwu250},
abstract = {The literature on food stores, neighborhood poverty, and race/ethnicity is mixed and lacks methods of accounting for complex spatial and temporal clustering of food resources. We used quarterly data on supermarket and convenience store locations from Nielsen {TDLinx} (Nielsen Holdings N.V., New York, New York) spanning 7 years (20062012) and census tract-based neighborhood sociodemographic data from the American Community Survey (20062010) to assess associations between neighborhood sociodemographic characteristics and food store distributions in the Metropolitan Statistical Areas ({MSAs}) of 4 {US} cities (Birmingham, Alabama; Chicago, Illinois; Minneapolis, Minnesota; and San Francisco, California). We fitted a space-time Poisson regression model that accounted for the complex spatial-temporal correlation structure of store locations by introducing space-time random effects in an intrinsic conditionally autoregressive model within a Bayesian framework. After accounting for census tract–level area, population, their interaction, and spatial and temporal variability, census tract poverty was significantly and positively associated with increasing expected numbers of supermarkets among tracts in all 4 {MSAs}. A similar positive association was observed for convenience stores in Birmingham, Minneapolis, and San Francisco; in Chicago, a positive association was observed only for predominantly white and predominantly black tracts. Our findings suggest a positive association between greater numbers of food stores and higher neighborhood poverty, with implications for policy approaches related to food store access by neighborhood poverty.},
pages = {137--150},
number = {2},
journaltitle = {American Journal of Epidemiology},
shortjournal = {Am. J. Epidemiol.},
author = {Lamichhane, Archana P. and Warren, Joshua L. and Peterson, Marc and Rummo, Pasquale and Gordon-Larsen, Penny},
urldate = {2015-10-01},
date = {2015-01-15},
langid = {english},
pmid = {25515169},
keywords = {food availability, food stores, intrinsic conditionally autoregressive model, neighborhood characteristics, Poverty, sociodemographic factors, spatial-temporal modeling, supermarkets},
file = {complex_zotero_path}
}

Cependant, le produit de sortie apparaît que les commentaires, non pas comme des entrées bibliographiques:
Y compris la Bibliographie dans RMarkdown document avec l'utilisation de la knitcitations

Le fichier est compilé avec ce code:

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS _paper.md --to latex 
--from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures 
--output _paper.pdf --filter pandoc-citeproc --table-of-contents --toc-depth 2 --template "path_\latex\default.tex" 
--number-sections --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable "geometry:margin=1in" --bibliography bibliography.bib 

Par souci de concision, j'ai changé les chemins de _paper et _paper.


Quand j'ai essayé de suivre le des conseils sur la bibliographie dans RStudio le document a été produit avec pas de données bibliographiques. D'où ma question, où je fais l'erreur et comment puis-je forcer la génération de données bibliographiques lorsque l'on travaille dans RStudio?

Modifier

Suite à des commentaires très utiles, idéalement, je voudrais éviter d'indiquer expressément cité travaille dans le document ci-joint. Comme une question de fait, je suis intéressé dans la bibliographie qui sera composé de quelques cité des œuvres, mais aussi des articles qui sont pertinents pour le document principal, mais ne sont pas explicitement mentionnés dans le document.

Peut-être vous avez besoin de fournir csl fichier trop?
ma compréhension est que le csl de fichier n'est fourni que dans le cas de certaines exigences de style. En ce moment, je suis seulement intéressé par l'attachement d'une liste de publications pertinentes. Je peux vivre avec n'importe quel style de référencement dès qu'il aide le lecteur à trouver du travail en question.
Oui, vous avez raison csl est pour le format de style, désolé, je suis encore sur mon bébé étapes dans reproductible monde de la recherche.

OriginalL'auteur Konrad | 2015-10-05