Ne peut pas lire le fichier avec “#” et de l'espace à l'aide de lire.de table ou de lire.csv dans la R

J'ai un fichier où la première ligne est un en-tête. L'en-tête peut contenir des espaces, et le symbole # (il y a peut être d'autres caractères spéciaux). Je suis en train de lire ce fichier à l'aide de lire.csv ou lire.tableau, mais il garde en me jetant des erreurs:

undefined columns selected 

more columns than column names

Mon délimité par des tabulations chromFile fichier ressemble à ceci:

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

Commande:

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

Je veux d'abord de chercher un moyen pour lire le fichier, car il est sans remplacement de l'espace ou de l' # avec quelques autres lisible symbole.

InformationsquelleAutor user1631306 | 2012-10-07
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    À partir de la documentation (?read.csv):

    commentaire.char caractère: un caractère de vecteur de longueur contenant un seul caractère ou une chaîne vide. Utiliser "" pour éteindre l'interprétation des observations tout à fait.

    La valeur par défaut est comment.char = "#" qui est à l'origine de vos ennuis. La suite de la documentation, vous devez utiliser comment.char = "".

    Espaces dans l'en-tête est une autre question qui, comme mrdwab aimablement fait remarquer, ne peut être traitée par la mise en check.names = FALSE.

    chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)
    • Ajouter dans check.names = FALSE et puis je pense que la réponse pourrait être, ce qu'ils recherchent.
    • Il a travaillé merci.. combinaison de commentaire.char="" et cochez la case.noms=False
    InformationsquelleAutor flodel